如果合成的聚丙烯醯胺凝膠從上至下是一個正的線性梯度凝膠，點在凝膠頂部的樣品在電場中向著凝膠濃度逐漸增高的方向即孔徑逐漸減小的方向遷移。隨著電泳的繼續進行，蛋白質受到孔徑的阻力越來越大。電泳開始時，樣品在凝膠中的遷移速率主要受兩個因素的影響：一是樣品本身的電荷密度，電荷密度越高，遷移速率越快；二是樣品分子的大小Mr越大，遷移速率越慢。當遷移所受到的阻力達到足以使樣品分子完全停止前進時，那些跑得慢的低電荷密度的樣品分子將“趕上”與它大小相同但具有較高電荷密度的分子並停留下來形成區帶。因此，在梯度凝膠電泳中，樣品的最終遷移位置僅取決於分子自身的大小，而與樣品分子的電荷密度無關。樣品混合物中分子質量大小不同的組分，電泳後將依分子質量大小停留在不同的凝膠孔徑層次中形成相應的區帶。由此看出，在梯度凝膠電泳中，分子篩效應體現得更為突出。由於相對遷移率與分子質量的對數在一定範圍內成線性關係，故可以用來測定蛋白質的分子質量，但僅適合於球狀蛋白質，且電泳要有足夠高的伏特小時（一般不低於2000伏特小時）。
連續密度梯度電泳具有以下優點：
1)具有使樣品中各個組分濃縮的作用。稀釋的樣品可以分次上樣，不會影響最終分離效果。
2)可提供更清晰的譜帶，適於純度分析。
3)可在一張膠片上同時測定分子質量分布範圍相當大的多種蛋白質的分子質量。
4)可以測定天然狀態蛋白質的分子質量，這對研究寡聚蛋白是相當有用的。
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參考連結
1、http://www.helixnet.cn/archiver/tid-2721.html
2、http://scitech.people.com.cn/GB/other2137/
3、http://book.sina.com.cn/nzt/spi/gongzuodna/
