不足之處主要有:難以確定PCR是否正處於線性擴增範圍內(只有在此範圍內PCR產物信號才與初始模板的拷貝數成比例);線性擴增範圍確定以後,如何找到一個合適的方法檢測結果;大多數是終點檢測,即PCR到達平台期後進行檢測,重現性差。由此獲得的定量準確度有限,因此,只用於粗略地估計目標基因表達水平的研究。
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