五育並舉的思想
蔡元培是第一位提出“軍國民教育、實利主義教育、公民道德教育、世界觀教育、美感教育皆近日之教育所不可偏廢”的教育思想家，主張五育並舉，這是蔡元培教育思想的一個顯著特點。
提出背景
辛亥革命勝利不久，南京臨時政府剛剛成立時提出來的。當時，中國的教育正處於一個重要的歷史轉折關頭，隨著辛亥革命的勝利，在中國實行了幾千年的封建統治被推翻了，但是教育領域中封建教育的改革，然而，改革剛剛起步，只是頒布了一些具體的暫行規定，還缺乏明確的教育指導思想，缺乏新的教育宗旨。
要使資產階級對封建教育的改革能夠深入、健康地開展，迫切需要在統一的教育思想指導下，儘快地確定一個反映資產階級要求的教育宗旨，來規定資產階級對於人才培養的目標和要求，只是在這樣的形勢下，1912年2月間蔡元培發表了著名的教育論文《對於新教育之意見》比較系統地提出了五育並舉的思想。
軍國民教育
清末由國外傳出，蔡元培認為，他並不是一種理想社會的教育，然而在中國，卻是“今日所不能不採者”，主要原因：
（一）從國外環境看來，我國處於“鄰強交逼，亟圖自衛，而歷年喪失之國權，非憑藉武力，勢難恢復。”
（二）就國內情況而言，要打破軍人成為“全國中特別之階級”的局面，就“非行舉國皆兵之制，否則無以平均其勢力”。可見，蔡元培主張軍國民教育，是為了對外實行自衛，對內反對軍人的強權統治，這在當時是進步的。
實利主義教育
實利主義教育被蔡元培認為是富國的手段，他認為世界的競爭不僅僅是在武力，尤其是在財力。因此加強科學技術教育，提高生產力，發展國民經濟，國家 富強才能夠在世界競爭中生存下來。
公民道德教育
蔡元培認為軍國民教育，實利主義教育固然重要，但是僅有軍國民教育和實利主義教育還不夠，必須“教之以公民道德”。“何謂公民道德？曰法蘭西之革命也，所標榜者，曰自由、平等、博愛。道德之要旨，盡於是矣。”
由此可見，蔡元培所提倡的是西方資產階級的道德觀念，主張用自由、平等、博愛的資產階級道德，作為進行道德教育的內容。
蔡元培在提倡西方資產階級道德觀念時，並沒有全盤否定中國傳統的道德思想，他把西方近代資產階級“自由、平等、博愛”的道德觀念，分別比做中國古代儒家所提倡的“義、恕、仁”。毋庸諱言，這種比附是牽強的，然而，他這樣做，又是有其深刻用意的。他主張廣泛吸收國外文化，同時，他又強調，吸收國外文化時“必擇其可以消化者而吸收之”，並且“必須以“我”食而化之，而毋為彼此所同化”，他批評有些志行薄弱者，一到國外留學，“即棄捐其“我”而同化於外人”。
世界觀的教育
世界觀的教育為蔡元培在中國近代教育史上所首創的，受到康德哲學的影響，它認為世界分為現象世界和實體世界兩部分，進行世界觀教育就在於培養人對現象世界持超然態度，對實體世界則抱積極進取態度，蔡元培的世界觀教育，是建立在把世界劃分為現象世界和實體世界這個唯心主義世界觀的基礎下，然而，他要求人們遵循思想自由，言論自由的原則，不要被束縛於某一學說的思想，在當時具有打破幾千年思想專制統治的解放作用。
美育教育
蔡元培是我國近代史上提倡美育的“唯一的中堅任務”。他認為美育教育是進行世界觀教育最重要的途徑，使人們從現象世界通向實體世界所必經的橋樑。美育教育的重要性源於其特點，從他看來，人從現象世界通向實體世界存在的障礙不外兩種意識，一是人我之差別、二是幸福之營求。“有人我，則於現象中有種種之界畫，而與實體違。有營求則當其未遂，為無己之痛苦。及其既隧，為過量之要索，循於現象之中，而與實體隔。”因此，仕人我之見，泯營求之念便是從現象世界走向實體世界的關鍵，而美感教育的特性恰恰就在於此，他說在現象世界，人人都有愛惡、驚懼、喜怒、悲樂之情，不過這種情感隨著人的離合、生死、禍福，利害等現象而改變，但美感教育，使人“自美感以外，一無雜念”，人進入這種境界則“已接觸於實體世界觀念矣”，後來在《以美育代替宗教說》一文中，他把美感教育這種特性說得更加明確：“純粹之美育，所以陶養吾人之感情，使有高尚純潔之習慣，而使人之我見，利己損人之私念，以漸消沮者也。”正因為美育具有陶冶人的感情，使人的道德品質高尚純潔的特性。因此蔡元培認為：“故教育家欲由現象世界而引以到達於實體世界之觀念，不可不用美感之教育”。
蔡元培的美感教育思想的哲學基礎是唯心主義的，受到康德美學思想的影響較深，他反覆宣傳美感的普遍性和超越性，也顯然是超階級的、超現實的，過分誇大了美感教育的作用，主張在教育人對美感教育“應特別注重”，這些都是正確的。
以上的五種教育，蔡元培認為儘管各自的作用不同，然而均是“養成共和國民健全之人格”所必需的，是統一的整體所缺一不可的，同時他又指出，這五種教育並不是平分秋色，沒有重點的，而必須以公民道德教育為根本，“五者以公民道德為中堅，蓋世界觀及美育皆所以完成道德，而軍國民教育及實利主義，則必以道德為根本”。
蔡元培五育並舉的思想，是以公民道德教育為中心的，德智體美諸者和諧發展的思想，這在中國近代教育史上是首創的。但是，他也有它的局限性，首先，把世界分為現象世界和實體世界兩部分，又把教育分為隸屬於政治於超軼於政治兩類，認為軍國民教育、公民道德教育、實利主義教於隸屬於政治，而其他的超軼於政治，這種劃分不科學。其次，認為教育的最終目的並不是為了現世的幸福，而是為了達到那個“不可名言”，如果“不得不強為之名”則“或謂之道，或謂之太極，或謂之黑暗之意識，或謂之無識之意志”的實體世界。此外，他在闡述公民道德教育，世界觀教育、美感教育等問題時，也存在超階級、超現實、牽強附會等弊病。
大學教育思想
在蔡元培整個教育體系中，大學教育思想占有非常突出的地位，這同他重視高等教育密切相關，他認為要發展中國的教育事業，辦好高等教育是關鍵。因此，他說“自己的興趣偏於高等教育，在高等教育方面多參加點意見”，因此，他又較長時間主持北京大學，有豐富的大學教育實踐經驗。因而形成了頗有創建的比較系統的大學教育思想。
關於大學性質的探討
蔡元培認為大學應當成為研究高深學問的學府，這是蔡元培辦學的指導思想，也是他大學教育思想的出發點。早在1912年5月16日，他以教育總長身份出席北京大學開學典禮，在演說中就提出“大學為研究高尚學問之地。”在擔任北京大學校長後。他更是反覆申述這一思想。1917年1月9日，他在就任校長的演說中，明確的向學生說明：“諸君來此求學，必有一宗旨，欲求宗旨之正大與否，必先知大學之性質。今人肄業專門學校，學成任事，此固勢所必然。而在大學則不然，大學者，研究高深學問者也”。
蔡元培如此強調大學性質在於研究高深學問，在當時是為了扭轉學生上大學為做官的陳腐觀念。當時學生入學“仍抱科舉時代思想，以大學為取得官吏資格之機關，而對於學問則沒有什麼興趣。蔡元培指出，這是北大“著名腐敗的總因”。因此，他認為要改革舊北大，“第一要改革的，是學生的觀念。”
由於大學的性質在於研究高深的學問，他還提出，大學不能只是從事教學，還必須開展科學研究。他要求大學教員不是灌輸固定知識，而是對學問有濃厚的研究興趣，並能引起學生的研究興趣；大學生也不是死記硬背教員的講義，而是在教員的指導下自動的研究學問。為了使大學能承擔起教學，科研雙重任務，他極力主張“凡大學必有各種科學的研究所”。他在《論大學應設各科研究所之理由》的文章，詳列了三點理由：
一是“大學無研究院，則教員易陷入抄發講義不求進步之陋習。”
二是設立研究所，為大學畢業生深造創造條件。
三是使大學高年級學生得以在導師指導下，有從事科學研究的機會。
辦學原則——思想自由，兼容並包
蔡元培從大學應該是研究高深學問的學府這一思想出發，提出了這一辦學原則。他認為大學應該廣泛吸收各種人才，容納不同學派。如果抱殘守缺，持一孔之論，守一家之言，是不可能成為真正高水平的大學。
思想自由、兼容並包的辦學原則主要體現在對待學說和教員兩方面，由於學說必須由人提倡、宣傳和發展，教員又以研究，傳授學問為己任，所以思想自由、兼容並包的辦學原則，在實際中更多的是體現在對待教員方面。蔡元培聘請教員，最重要的有無專門學問。只要由真才實學，有研究學問的興趣和能力，就聘為教員。反之，如若學術水平低，則不管什麼人，堅持辭退。而對於教員的政治見解，學術派別，只要不妨礙授課，則不作為取捨標準。
當然，蔡元培提倡思想自由，兼容並包，並不是主張對新舊思想採取不偏不倚的態度，恰恰相反，其本意在於打破封建文化專制主義的束縛，發展資產階級新文化。
學科設定——從偏重文理到溝通文理
關於大學學科設定，蔡元培的思想，有一個變化發展過程，最初，他從“大學為研究學理的機關”這一思想出發，主張“要偏重文理兩科”。
蔡元培擔任北大校長後，又進一步主張“學術分校”理由有兩條：第一、文理兩科，專署學裡，其他各科偏重於致用；第二、文理兩科，設有研究所，實驗室等設備，如若遍設其他各科，就要增設病院，工場等，困難更大。
主張學術分校，大學專設文理兩科，顯然是對民國元年“大學以文理兩科為主”見解的發展，目的是為了突出大學的性質在於研究學理，在蔡元培看來，“學”與“術”可分為兩個名詞，“學”為“學理”，“術”為“套用”。文、理是“學”，法、商、醫、工、農皆為套用，為“術”。學與術雖然關係密切，但學為基本，術為枝幹。
更可貴的是，蔡元培在看到了文、理分科所造成的流弊之後，進一步主張“溝通文理”。他說文理是不能分科的，文科的史學、文學均與科學有關，而哲學全以自然科學為基礎。同樣，理科各學科都與哲學有關，自然哲學，尤為自然科學的歸納。而且，由於學科之間的彼此交錯，有些學科簡直無法以文、理科來區分。因此，他主張溝通文理，和為一科。1919年，北大進行改革，撤銷文、理、法三科界限。全校設立14個系，廢學長，設系主任。
教學制度——選科制
與溝通文理思想相連繫 ，在教學制度上，蔡元培主張採用選科制，他認為這種制度使學生於專精之餘，能夠旁設種種有關係的學科，有利於打破學生“專己守殘之偏見”，擴大知識面。有利於學生個性的自由發展。
對於實行選科制，蔡元培認為必須加強指導，為防止學生純粹從興趣出發，忽視對基本理論，基本知識的學習，他強調學生所選的學科必須經教員審定，學生只有相對的選擇，無絕對的選擇，除必修課以外的學科，才有選擇權。同時，他還指出，選科制只能行之於高等以上學校，普通教育只可採用選科精神，而不能行選科制。
行政管理——教授治校
實行教授治校，這是蔡元培關於大學行政管理的基本思想。他主張教授治校，是為了建立民主的管理體制，防止校長主觀專斷，任意辦事，這是他民主思想的反映。更主要的是為了依靠真正懂得教育和學術的專家來管理學校。由此可見，民主精神和依靠專家，這是蔡元培教授治校主張的兩根支柱，教授是學校教學與科研的主力，他們既懂得教育又有學問，蔡元培依靠他們來管理學校，這不僅徹底扭轉了舊北大一切校務有校長等少數幾個人決定的狀況，而且大大調動了教授們的積極性和創造性，出現了民主辦校的生動局面。
綜述
綜上所述，蔡元培大學教育思想的基本特徵是民主和科學，目的是要把大學辦成高水平的教學科研中心，他不僅為中國近現代資產階級大學教育理論的形成打下了堅實的基礎，而且，其中許多真知灼見，如重視大學開展科學研究工作，提倡“思想自由，兼容並包”，注重發展學生個性，主張“溝通文理”，以及“依靠既懂得教育，又有學問的專家實行民主治校”等等，至今對於我們辦好社會主義大學，仍有一定意義。
