原理
1998年Maxygen公司的Stemmer等人提出了一種新的分子育種方法——全基因組重排技術,這種技術是分子定向進化在全基因組水平上的延伸,它將重組的對象從單個基因擴展到整個基因組-,因此可以在更為廣泛的範圍內對菌種的目的性狀進行最佳化組合。進行基因組重排首先需要有一個含有各種不同正突變的基因組庫(例如:通過經典的誘變育種得到目的性狀發生改進的不同的正突變菌株就構成了所需的基因組庫),隨後通過原生質體融合將這些正突變菌株的基因組進行隨機重組,並篩選目的性狀得到進一步改進的菌株來進行下一輪基因組重排,這樣通過循環多輪的隨機重組可以快速、高效地選育出表型得到較大改進的雜交菌種。基因組重排技術提出後的短短几年時間,在菌種改進方面已經取得了很突出的成果。