從元朝末期至清光緒32年(公元1906年)、莫氏世襲土司統治忻城470多年。明萬曆十年(公元1582年)、第八任仕官莫鎮威始建土司衙門，成為衙署主體建築。
以後，歷任土司先後拓建附屬建築，形成規模宏大的土司建築群，衙署建成後，幾經兵災、部分建築先後被毀。解放以後，得到人民政府的高度重視，多次撥款維修。1963年定為區(省)級文物保護單位。1996年定為全國重點文物保護單位。
衙署建築皆磚木結構。具有中原古典宮廷建築的特點。氣勢宏大、格調典雅，古色古香。特別是那深幽的殿堂，精製的屋脊翹角、鏤空花窗、浮雕圖案，更具濃郁的民族特色，有較高的歷史文化、藝術和科學價值，是研究土司制度不可多得的實物材料。其館藏文物有石器、金器、骨器、銅器、織錦等近千件，其中石鏟、土司金器、瓷器等為稀世珍品。
十多年來，電影、電視工作者利用這塊寶地，拍攝了《流亡大學》、《石達開》、《劉三姐》等十餘部影視作品。1992年，莫土司衙署正式對外開放，遊客、學者、外賓紛至沓來，它成了桂中遊覽勝地。
