目的
減少巨額債務
隨著汽車普及、日本國鐵乘客減少及勞動成本上漲等因素，日本國有鐵路自1964年（昭和39年）開始，東海道新幹線啟用後由盈轉虧，加上政府為防止通膨，壓抑加價，令赤字更大。昭和40年代後半的生產性向上運動失敗更令勞資關係惡化，以致不斷罷工，運貨業務大受打擊。另一方面以首相田中角榮的日本列島改造論為代表，直到1975年（昭和50年）凍結新建設為止，日本國鐵被迫承接不少無法收回成本的地方鐵路建設工程。雖然自日本鐵道建設公團成立後，地方路線的建築費用因此由國家負責，但營運的赤字仍然要日本國鐵承擔，除此之外興建新幹線的巨額費用也直接成為日本國鐵的債務負擔。昭和50年代開始，日本國鐵票價大幅上升意圖追落後，客戶卻因此流失，收入依然無法增加。於是日本國鐵累積下來的債務與利息如雪球般越滾越大，陷入惡性循環之中。為了減輕債務負擔，於1982年8月2日運輸省的1983年度撥款預算中，決定停止招聘新員工。後來只有在1985年，僅招聘大學畢業生為“民營化後的幹部候補生”，翌年連大學畢業生都停止招聘。
國鐵分割民營化的主要目的是經由民營化改善JR各公司業務，出售國鐵資產，藉此償還巨額債務，減輕國家財務負擔等。但中曾根首相事後描述，真正目的在於解散工會。
國鐵工會的解體
日本國鐵與JR被視為兩間獨立的公司，因此JR藉口沒有義務聘請原日本國鐵職員為理由，故意不聘請國鐵工會（國鉄労働組合，簡稱“國労”）的成員，達到排除他們的目的。當時國勞坐擁超過十萬名會員，為當時日本最大的工會，也是當時最有力的在野黨日本社會黨（日本社會民主黨的前身）的最大支持來源，日本勞動組合總評議會的骨幹。另一方面部分主張社會主義革命的激進派滲透入工會，但工會無法自力排除。國鐵分割民營化的目的於是被認為藉機排除國勞內部的激進派，削弱日本勞動組合總評議會，激發社會黨左右兩派對立引致內耗。分割民營化的批評者指該舉動針對特定工會，是“國家級不當勞動行為”。民營化後
日本國鐵分割民營化的時候，累積赤字達到37兆1000億日圓。當中日本國有鐵道清算事業團負責償還25兆5,000億日圓，剩下11兆6000億日圓由JR東日本、JR東海、JR西日本、JR貨物、新幹線鐵道保有機構（於1991年解散）分擔，預計經營將會困難的JR北海道、JR四國、JR九州則免除還債。雖然國鐵改革的最大目的是償還巨額債務，不過算不上成功，其一是累積赤字巨大的利息可以再生利息。如果政府在赤字還小的時候及時出手援助的話，事情不會惡化至此。雖然只計單一年度的話，日本國鐵末期的1984年度已經轉虧為盈。但從還債角度而言不過杯水車薪，連利息也無法償還。
民營化後JR充分利用市場經濟，核心業務因此好轉，負債亦降低到可以還清的水平，然而另一方面國鐵清算事業團還債卻不甚順利。清算事業團的土地資產帳面上雖然值14兆7300億日圓，但賣價預計只值7兆7000億日圓，整個計畫看來極不自然。事實上當時地價高升，資產價格水漲船高，1988年3月的時候實際價格達30兆日圓，甚至有人主張從最初開始根本不需要分割民營化，可是當時政府認為賣地會令土地價格上漲不受控制，內閣會議決定“在地價停止異常上漲之前暫停賣地”，使賣地無法按照原定計畫進行。一般情況而言供應增加的話價值應該回落，有指責認為此決定不合邏輯。之後日本泡沫經濟爆破后土地市價大幅減少的同時，利息繼續滾大，使欠債再進一步增加。1998年10月22日清算事業團解散時，欠款比剛從日本國鐵接收時還要增加2兆8000億日圓，達到28兆3000億日圓。
現在還款事務由行政法人鐵道建設運輸施設整備支援機構的“國鐵清算事業本部”接管。清算事業團解散時的28兆3000億日圓借貸當中，16兆1000億日圓有利息債務撥入國家的一般會計，換言之變成國家的債務，返還退休金等未來開支3兆400億日圓由國鐵清算事業本部負責，厚生年金移換金等7000億日圓由JR負責返還，其餘撇帳。
