中央研究院設總辦事處於南京。先後在南京﹑上海﹑北平(今北京)等地設立天文﹑氣象﹑物理﹑化學﹑工程﹑地質﹑歷史語言﹑社會科學﹑心理九個研究所和自然歷史博物館(後改為動植物研究所)。設評議會﹐為最高學術評議機構。1935年6月20日﹐第一屆評議會成立﹐李書華﹑莊長恭﹑周仁﹑王家楫﹑謝家聲﹑丁文江﹑竺可禎﹑汪敬熙﹑王世傑﹑胡適﹑李濟等四十二人當選為評議員。各研究所設所長一人﹐由院長在該所專任研究員中聘任。研究人員分為研究員﹑副研究員﹑助理研究員和練習生(或研究生)﹐工作需要時﹐得設編纂﹑技正﹑技士若干人。中央研究院的研究工作﹐包括基礎科學﹑套用科學和理論科學三類。
抗日戰爭爆發後﹐中央研究院及其所屬各研究所先後內遷至四川﹑廣西﹑雲南三省。初集中在重慶﹑桂林﹑昆明三地﹔後在昆明的部分研究所遷移四川南溪﹐桂林各所再遷重慶﹐大多集中到四川。當時物質條件雖簡陋﹐但研究工作並未中斷。1940年蔡元培病逝後﹐朱家驊初任代理院長﹐姜立夫等三十人當選為第二屆評議會評議員﹔研究所也由抗戰前的十個增至十四個﹐人員增至四百一十八人﹐其中絕大多數為研究人員。抗戰勝利後﹐中央研究院一面接收日本人設在上海和北平的研究機構﹐一面遷回南京﹑上海。1947年10月﹐中央研究院為指導﹑聯絡﹑獎勵學術研究﹐正式建立院士制度﹐完成了以院士為主體﹐由院長主持﹐評議會負責學術評議﹐各研究所從事學術研究的體制建設。院士為終身榮譽職。1948年3月﹐第二屆評議會選舉姜立夫等二十八人﹑王家楫等二十五人﹑吳敬恆等二十八人分別為數理﹑生物﹑人文組院士。中央研究院在當時歷史條件下﹐克服諸多困難﹐對中國近代科學和文化教育事業的發展作出過一定貢獻。
1948年12月﹐中央研究院數學﹑歷史語言兩研究所大部遷往台灣省﹔在八十一位院士中﹐遷去台灣者僅有傅斯年﹑林可勝等七人。1949年10月﹐其餘留在大陸各所為中華人民共和國中國科學院接管。
中央研究院遷台灣後﹐設有物理﹑數學﹑化學﹑資料科學﹑地球科學﹑統計學﹑原子分子科學﹑植物﹑動物﹑生物化學﹑生物醫學﹑分子生物﹑歷史語言﹑民族﹑近代史﹑經濟﹑美國文化﹑三民主義等十八個研究所及一個計算中心。
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