歷史沿革
馬相伯南洋公學(交通大學前身)在當時是一所頗具聲望的新式學堂。學校在教
學和管理方面不斷作出變革的同時，聘請來的一部分教師卻是私塾出身，對學生依舊苛令封建禮教之傳統，明顯與學生們渴望的新思想和新文化格格不入，對立情緒日益嚴重。
1902年（清光緒二十八年）11月5日，文科教習郭鎮瀛因一隻倒空洗淨的墨水瓶，斷言此乃生徒羞辱其"肚中無墨"，是大不敬，故而嚴辭追查，後宣布開除全班學生，“以此示做”，引起全校學生公憤，校方卻無意收回成命，遂致全校學生集體退學，是為“墨水瓶事件”。為緩和事態，校方請特班班主任蔡元培先生出面調解。蔡元培說服學生暫緩罷課，然與校方幾番交涉，卻仍無成效，終致一百四十五名學生退學，蔡元培也憤而辭職，與學生一同離校。離校後部分學生經蔡元培介紹，向時任法國天主教神父的馬相伯求學，馬相伯遂於次年租用徐家匯天文台舊址的余屋，創辦震旦大學院，自任院長。
1903年2月27日，受法國天主教耶穌會獎學基金的資助，神父馬相伯在徐家匯天文台舊址創辦震旦學院，又名震旦大學院或震旦公學。震旦是印度對中國的舊稱，英、法文校名分別為Aurora和L'Aurore。建校初始，由發起人馬相伯主持校務，擔任監院（即院長），由項微塵任總幹事。梁啓超獲知此事後，欣然寫道：“今乃始見我祖國得一完備有條理之私立學校，吾欲狂喜。”
馬相伯1905年春，法國天主教耶穌會試圖拿下震旦，將其變為教會學校，以讓馬相伯“養病”為由，委任法國神父南從周為總教習，改變辦學方針，另立規章，學生大嘩，摘下校牌，全體退學。馬相伯看到退學學生的簽名簿時，決意站在學生一邊，率一眾中國教員辭職離校，另圖他處。他誠邀熱心教育事業的張謇、嚴復、熊希齡、袁希濤等28人擔任校董，籌集復旦建校資金。兩江總督周馥也撥出官銀兩萬兩，並出借吳淞提督衙門作為復旦的臨時校舍。
1905年5月27日，復旦公學（復旦大學前身）正式開學。“復旦”二字出自《尚書大傳·虞夏傳》中的名句“日月光華，旦復旦兮”，意在自強不息；另者，“復旦”還有不忘震旦之舊，更含復興中華之意。馬相伯任校長兼法文教授，嚴復為總教習，聘李登輝任教務長。
1905年8月復校，規定為兩年制，南從周仍為教務長。
1908年，震旦遷盧家灣呂班路，占地一百零三畝。
1907年10月8日，震旦學生因紀念孔子誕辰，在校內張燈結彩。此舉被天主教神父視為迷信，遭到制止。部分學生因而罷課離校。
1908年，震旦學院建新校舍，馬相伯不計前嫌，捐現金4萬大洋，為震旦購盧家灣地基103畝，當時地價每畝400元，又捐英法租界地基8處，約值現金10餘萬元，馬相伯將全部家產都捐給了震旦。教會表面上承認馬相伯是震旦創辦人，奉其為震旦學院的董事長，卻不讓他過問校務。遷至呂班路(今重慶南路)之後，耶穌會任命法借教士韓紹康(H．A11ain)為院長。韓把預科、本科共4年的肆業期改為6年，設文、理兩科，授予畢業生學士學位，一改馬相伯原先擬定的將震旦辦成學院的構想，而是參照歐洲大陸學制，開始走上正式大學(Universite)辦學的軌道。
1908年，由耶穌會接辦的震旦大學擬定遷址前往盧家灣（今盧灣區），馬相伯仍以辦學為重，不計前嫌，捐現銀4萬元。遂籌得公共租界和法租界地基8處（當時價值10萬多元），以購置呂班路（今重慶南路）土地100畝，建造新校舍，分文、理兩專科。
1936年9月震旦大學大禮堂落成儀式現場1912年民國建元，孔明道神父(de Lapparent)任院長，按法國大學體制，改稱震旦大學院，並作為天主教大學，在羅馬教廷立案登記。同年震旦首屆文、理科學生畢業，中華民國教育部請馬相伯代行監考，6月30日舉行畢業典禮，授予12名學生學士學位。
從1913年開始，法國政府每年貼補震旦1000法郎，期間有幾年補貼略多些。偶爾或給5千到1萬法郎的特殊補貼。上海法租界當局曾給江南教區銀6萬兩，以支持震旦建設，震旦修建新教學樓時，則另予部分資助。
1914年，南道煌(G．Fournier)任院長，僅一年，死於任期之內。他把本科分成三科：法政文學科(3年)，算術工學科(3年)，博物醫藥科(4年)。另設2年制工程特科，招算術工學科畢業生，從而奠定了震旦大學醫、法、理工三學院的基礎。授課均用法語。學生來源多為徐匯公學（今徐匯中學）以及各地天主教會所辦學校之畢業生。
1915年，姚纘唐(Henry)任院長。是年起，需由羅馬耶穌會總部任命。
1919年，五四運動爆發，學生決定從5月26日起罷課。校方於26日上午命令學生即日複課，並叫來法國巡捕予以彈壓，165名同學憤然離校。
1927年，震旦學生要求收回教育主權，法租界派巡捕駐紮在學校，開除並逮捕了一批學生。
1928年前後，傳說中國政府將收回租界，耶穌會擬將震旦遷往安南(越南)西貢。幸得此事為馬相伯家屬所聞，遂請于右任出面干涉，此事作罷。同年，依照中華民國之政府章程，改稱震旦大學。
1932年1月28日，日軍突然向閘北的國軍第十九路軍發起攻擊，隨後進攻江灣和吳淞，史稱“一·二八事變”。醫學院20多名學生冒險奔赴前線救治傷員，震旦大禮堂西宿舍闢為傷兵醫院，共收容傷兵300名，宋國賓教授率部分學生於安當醫院開設第18傷兵醫院。同年，震旦博物館大樓落成，徐家匯自然史博物館遷入。有自然史、中國古文物和動物等展館，後於1952年8月移交給中國科學院。
1932年12月，民國政府教育部批准震旦大學立案，胡文耀任校長，設立以馬相伯為首的董事會，常務校董才爾孟總攬一切事務，同年上海市教育局批准其附屬中學立案，校長鬍文耀兼任附中校長。同年，聖伯多祿教堂落成。
1936年，震旦大學大操場以南的新教學樓竣工。
震旦歷史資料1937年，美國天主教聖心會於蒲石路（今長樂路）創設震旦女子文理學院（今原址已成向明中學），院長由胡文耀兼任。經費則由天主教美國“聖心會”修道院提供，名義上從屬於震旦大學，實際上經濟、行政、教學均完全獨立。實權為美國修女能理院長(Nowry)獨攬，教學語言使用英語。同年聖心會又增設了震旦高級護士學校二所，一所在廣慈醫院，另一所在聖心醫院，校長都由胡文耀兼任。
1938年起，震旦大學開始招收女生。
1937年8月13日，蔣中正先後投入兵力75萬，正面進攻駐守上海之日軍，淞滬會戰爆發，又稱“八·一三淞滬戰役”。戰鬥極為慘烈。震旦大操場西北隅搭建難民收容所，收容難民2千多人，大禮堂開辦臨時傷兵醫院，收治傷員14l0人。還將新樓一部分供給交通大學。
1945年3一8月，日軍侵占震旦西院大樓，直至戰敗投降。
1947年，開設文學院，由巴黎大學文字學博士、徐匯中學校長、中國神父張伯達兼任院長，1948年夏改稱文理學院，實際只設中國文學一系。
1949年，中華人民共和國成立，震旦女子文理學院脫離震旦大學獨立。
1951年2月1日開始，所有傳教士退出學校，天主教會停止撥給震旦大學經費。同年8月，震旦女子文理學院與震旦大學合併，成立並校委員會，主任委員胡文耀。
1952年初，前上海牙科學校併入震旦大學醫學院牙醫系。
1952年10月高校院系調整，震旦大學被撤銷，醫學院和聖約翰大學醫學院、同德醫學院合於原址組建上海第二醫學院。
1952年10月：經中央人民政府批准，由交通大學、震旦大學、
震旦大學大同大學、東吳大學、江南大學五所高校的化工系合併，創建了中國第一所單科性化工院校——華東化工學院
。
在台灣的震旦大學校友後於台北市杭州南路成立震旦校友會，並興建“震旦中心”大樓（現為天主教震旦外語中心），以示紀念。
2005年，上海第二醫科大學併入上海交通大學，成為上海交通大學醫學院，仍使用重慶南路227號和280號之校區。
辦學條件
院系設定
1932年，設定法（分設法律與經濟兩學系）、文（分設中國文學、英國文學、法國文學、教育、家政、社會六學系）、理工（分設化學、生物、物理和數學、土木工程、電機工程、化學工程六學系）、醫（分設普通醫學與牙醫兩學系）共4個學院。
1937年，美國天主教聖心會創設震旦女子文理學院（今原址已成向明中學），院長由胡文耀兼任。下設中國文學，英國文學、經濟、教育、社會、化學、家政等系。同年又增設震旦高級護士學校二所，一所在廣慈醫院，另一所在聖心醫院，校長都由胡文耀兼任。
1949年，中華人民共和國建立後，收回教育主權，將震旦大學各院系分別歸併上海市各有關高等學校（復旦大學、上海交通大學、同濟大學、華東師範大學、華東化工學院等）。
1952年，全國陸續開始高校院系調整。10月，震旦大學醫學院和聖約翰大學醫學院、同德醫學院合併組成上海第二醫學院(今上海交通大學醫學院)，胡文耀任院長，仍在重慶南路校區辦學。
經濟系、中文系、外文系、化學系等主要系科均併入復旦大學；營養學系併入上海第一醫學院（今復旦大學上海醫學院）；法律系併入華東政法學院（今華東政法大學）；電機系併入交通大學（今上海交大、西安交大前身）；土木系併入同濟大學；化工系併入華東化工學院（今華東理工大學）；外文系法文組併入南京大學；託兒專修科併入南京師範學院（今南京師範大學）；教育系併入華東師範大學；銀行、會計、企業管理等夜專修科併入上海財政經濟學院（今上海財經大學）；附屬中學改為上海市向明中學；從此震旦大學撤銷。
學科建設
1903年，建校初始所定學制為兩年，專業分為文學、質學（科學）兩類，沒過多久又發展為文學、象數（數學）、形性（理科）、致知（哲學）四門。馬相伯親編《拉丁文通》、《致知淺說》等教材親自授課。學校各部事務，由學生自行管理。
文化傳統
震旦大學建校初始，學校以“廣延通儒，培養譯才”為宗旨。同時校方提倡“學
生自由研究之風”，即倡導學術民主、思想自由，並採用“挈舉綱領，開示門徑”的啟發式教學方法，注重文藝、崇尚科學、不談教理更是馬相伯一再強調的辦學方針。在馬相伯的運籌帷幄之下，震旦學院的教學、教務活動均安排得井井有條。為引導熱血青年學習科學文化知識，報效國家，他振臂高呼：“欲革命救國，必自研究近代科學始；欲研究近代科學，必自通其語言文字始。有欲通外國語言文字，以研究近代科學而為科學救國準備者，請歸我。”不出一年的光景，震旦學院的學生數量就翻了數倍，增至132人。
馬相伯對革命也非常支持。1904年夏，震旦學院來了個名叫“劉學裕”的新生。此人雖其貌不揚，卻大有來頭。他就是因刊印《半哭半笑樓詩草》，譏諷時政而被清廷通緝的“要犯”于右任。于右任“潛逃”至上海後無處安身，馬相伯得知後立刻將這名心繫國家社稷的青年學子破格錄取，免去他所有的學膳費，還特意讓于右任易名“劉學裕”以避人耳目。
馬相伯的一系列教學主張和做法雖深得青年學子的推崇，卻遭到天主教會方面的不滿和反對。1905年，天主教會趁馬相伯生病休養之機，派法國傳教士南從周擔任震旦學院的教務長，名為協助馬相伯打理校務，實則為了加強對震旦學院的控制。南從周剛到震旦學院便改弦更張，取消孔子誕辰假期，強迫學生接受宗教課程，頌唱聖歌，早晚禱告、做禮拜，還“盡廢舊章，別定規則”，不許學生談論時事，不許結社，不許閱讀進步書刊等，就連學生出入校門、會客之類的個人自由，也被橫加限制。南從周的“倒行逆施”引發了震旦學子們的公憤，大批學生相繼退學，以示抗議。學生集體離校時，甚至摘下了震旦學院的校牌。馬相伯此時雖在病中，但對學校發生的一切早就有所耳聞。他和進步學生一起，毅然宣布脫離震旦學院，與眾生一同揮淚離開了徐家匯的校舍。
著名校友
戴望舒：現代著名詩人
高平子：現代著名天文學家
何振梁：國際奧委會委員
芮沐：北大著名法學教授
王振義：獲2010年度國家最高科技獎(2011年1月24日在北京人民大會堂舉行)
單聲：英國華僑協會會長；南京大學名譽董事、世界震旦校友會名譽會長
徐悲鴻：現代畫家、美術教育家、傑出的畫家和美術教育家，與張書旗、柳子谷三人被稱為畫壇的“金陵三傑”。
震旦大學舊景震旦三友：胡文耀與翁文灝、孫文耀三人於1908年從震旦預科(
二年制)畢業，一起考取浙江省官費留歐，人稱震旦三友。因為民國政府教育部規定各級學校校長必須由華人擔任。所以震旦男、女大學，附屬高、國中和二所護校都由胡文耀掛名當校長，震旦只付給他一份工資(300元)，實際大權均由中、外神父獨攬。胡主要掌管法租界公董局立薩坡賽國小，任校長，成績卓著。
歷任校長
姚纘唐（Henry 1915-1923）
帥理藹（Seillier 1923-1927）
桑黻翰（Lefebvre 1927-1931）
才爾孟（Germain 1931-1946）
茅若虛（Dumas 1946-1952）
