歷史沿革
建校背景與籌備過程
中科大1956年，黨中央發出“向現代科學進軍”的號召，制定出《1956-1967年科學技術發展遠景規劃》，新中國的科技事業進入了快速發展階段。當時的中國，最新技術的套用尚處在萌芽階段，科技戰線急需補充優秀的後備力量。於是，利用中國科學院自身優勢創辦一所培養新興、邊緣、交叉學科尖端科技人才的新型大學成為當務之急。
1958年5月9日，中科院黨組向聶榮臻副總理呈遞辦學報告，並聘請華羅庚、錢學森、馬大猷、貝時璋、嚴濟慈、吳有訓、柳大綱、趙九章、趙忠堯等一批國內科學家兼任校系領導。
誕生與快速發展
1958年9月20日，中國科學技術大學成立暨開學典禮在中國人民解放軍政治學院大禮堂隆重舉行。郭沫若作題為《繼承抗大的優秀傳統前進》的致辭，聶榮臻副總理作題為《把紅旗插上科學的高峰》的講話。中國人民大學校長吳玉章、北京大學副校長周培源等代表兄弟院校領導到會祝賀並講話。次日，《人民日報》、《光明日報》均以《我國教育史和科學史上的一項重大事件》為題在顯著位置報導了中國科大的誕生。從此，每年9月20日，成為校慶紀念日。
“文革”衝擊與遷校合肥
1966年，“文革”爆發，中國科大的教學科研工作被迫停頓。1970年，遷入安徽省合肥市辦學。南遷使學校儀器設備損失2/3，教師流失50%以上，教學、生活用房嚴重不足，截至1972年，全校講師以上職稱的教師不足百人。1970年代中國科大東區
1970年代中國科大東區
1975年，學校在全國範圍內挑選了300多名1967-1970屆畢業生，舉辦“回爐班”，經過兩年以上的培訓後補充師資。
1977年8月，中國科學院在北京召開了中國科大第一次工作會議，提出科大既要成為教學中心，又要成為科學中心，並制訂了一系列撥亂反正的改革措施。
率先改革，重新崛起
80年代末，科大制定大學生科研計畫，設立專項科研經費，開放部分實驗室供學生使用；大力發展新型工程技術學科。1983年12月，鄧小平在一份關於中國科大的報告上批示：“據我了解，科技大學辦得較好，年輕人才較多，應予扶持。”
1984年，學校被國務院批准為“七五”期間國家重點建設的高校之一。
“三大工程”建設與體制改革
1992年，入選“211”工程。1998年5月，入選“985”工程。
建設一流大學，實施精英教育
1999年12月，合肥經濟技術學院併入中國科學技術大學。
2007年國家第三批重點學科評選中，入選8個一級學科國家重點學科，其中理學6個。
2008年，理學博士點國家重點學科覆蓋率達到100%，工學博士點國家重點學科覆蓋率達到40%。
2012年、2013年，自然出版集團（NPG）發布《自然出版指數中國》報告，中國科大獲選為中國大陸高校第一名。
學術研究
榮譽獎項
中國科學技術大學一貫堅持科學前沿探索，注重原始創新。近年來在量子信息、高分子科學、高溫超導、納米科學、地球環境、生命與健康等前沿領域取得了一批具有世界水平的科研成果。相關成果先後入選由兩院院士評選的年度“世界科技進展”1次、“中國十大科技進展”13次，美國（歐洲）物理學會評選的“國際物理學重大進展”5次。量子信息、鐵基超導成為國家“十一五”科技成就展基礎研究代表成果（共3項）。
| 年度 | 項目名稱 | 入選類別 |
| 1998 | 我國科學家關於夸克質量比的研究國際領先 | 中國基礎科學研究十大新聞 |
| 從四氯化碳催化熱解制金剛石 | 中國高等學校十大科技進展 | |
| 1999 | 我國科學家確定碳60單分子在矽表面的取向狀態 | 中國基礎科學研究十大新聞 |
| 2000 | 過去3000年企鵝數量的變化與環境演變研究 | 中國高等學校十大科技進展 |
| 2001 | 科學家成功直接觀察分子內部結構 | 中國十大科技進展新聞 |
| 中國科技大學C60納米材料與納米結構研究獲重要進展 | 中國基礎科學研究十大新聞 | |
| C60單分子的高分辨表征和新型二維取向疇 | 中國高等學校十大科技進展 | |
| 2003 | 中國科技大學在量子通信實驗領域取得重大進展 | 中國十大科技進展新聞 |
| 多光子量子糾纏態的操縱與鑑別 | 中國高等學校十大科技進展 | |
| 2004 | Entanglement breaks new record | 國際物理學重大進展（歐洲物理學會） |
| Five-Photon Entanglement | 國際物理學重大進展（美國物理學會） | |
| 我國量子信息實驗領域取得重大突破 | 中國十大科技進展新聞 | |
| 五光子糾纏和終端未定量子隱形傳態的實驗實現 | 中國高等學校十大科技進展 | |
| 2005 | 我國科學家成功實現首次單分子自鏇態控制 | 中國十大科技進展新聞 |
| 2006 | 實現兩粒子複合系統量子態的隱形傳輸 | 中國十大科技進展新聞 |
| 發現一種可有效通過皮膚傳送大分子藥物的透皮短肽 | 中國基礎科學研究十大新聞 | |
| Attack of the Teleclones | 國際物理學重大進展（美國物理學會） | |
| 在光纖通信中成功實現一種抗干擾的量子密碼分配方案 | 中國基礎科學研究十大新聞 | |
| 2007 | 光量子計算機的物理實現和算法套用 | 中國高等學校十大科技進展 |
| 在多光子糾纏和光學量子計算的實驗方面取得新進展 | 中國基礎科學研究十大新聞 | |
| 實現六光子薛丁格貓態 | 中國十大科技進展新聞 | |
| 2008 | New High-Temperature Superconductors | 年度十大科學進展《SCIENCE》 |
| 鐵基超導材料研究獲重大進展 | 世界十大科技進展新聞 | |
| 新型鐵基高溫超導材料的發現及相圖研究 | 中國高等學校十大科技進展 | |
| 鐵基高溫超導研究取得系列重要進展 | 中國基礎科學研究十大新聞 | |
| 量子中繼器實驗被完美實現 | 中國十大科技進展新聞 | |
| Slow but sure progress towards quantum computing | 國際物理學重大進展（歐洲物理學會） | |
| 2009 | 量子計算研究獲重大突破 | 中國十大科技進展新聞 |
| 基於自鏇的量子調控實驗研究 | 中國高等學校十大科技進展 | |
| 成功實現太陽能冶煉高純矽 | 中國十大科技進展新聞 | |
| 雙功能單分子器件的設計與實現 | 中國高等學校十大科技進展 | |
| 2010 | 實現16公里自由空間量子態隱形傳輸 | 中國十大科技進展新聞 |
| 實驗實現最遠距離自由空間量子隱形傳態 | 中國科學十大進展新聞 | |
| 2012 | Data teleportation: The quantum space race | Features of the Year (NATURE) |
| Quantum hops | 2012 Science News Top 25(SCIENCE NEWS) | |
| 可擴展量子信息處理獲重大突破 | 中國十大科技進展新聞 | |
| 可擴展量子信息處理取得系列重要進展 | 中國科學十大進展 | |
| 2013 | Foiling Quantum Hackers | 國際物理學重大進展（美國物理學會） |
| 實現最高解析度單分子拉曼成像 | 中國十大科技進展新聞 | |
| 基於等離激元增強拉曼散射實現單分子化學成像 | 中國科學十大進展 | |
| 2014 | 量子通信安全傳輸創世界記錄 | 中國十大科技進展新聞 |
科研機構
截止2014年，學校建有國家實驗室2個，國家重大科技基礎設施1個，牽頭協同創新中心1個，國家重點實驗室4個，國家工程（技術）研究中心及國家工程實驗室2個，院、省、部級重點科研機構30餘個。
| 類別 | 機構名稱 | 批准部門 |
|---|---|---|
| 國家實驗室 | 國家同步輻射實驗室 | 國家發改委 |
| 合肥微尺度物質科學國家實驗室（籌） | 科學技術部 | |
| 重大科技基礎設施 | 合肥同步輻射光源 | 國家發改委 |
| 穩態強磁場實驗裝置 | 國家發改委 | |
| 國家重點實驗室 | 火災科學國家重點實驗室 | 國家發改委 |
| 核探測與核電子學國家重點實驗室（聯合） | 科學技術部 | |
| 國家工程實驗室 | 語音及語言信息處理國家工程實驗室（聯合） | 國家發改委 |
| 國家地方聯合工程研究中心 | 熱安全技術國家地方聯合工程研究中心 | 國家發改委 |
| 2011協同創新中心 | 量子信息與量子科技前沿協同創新中心 | 教育部 |
| 國家國際科技合作基地（聯合研究中心） | 大尺度火災國際聯合研究中心 | 科學技術部 |
| 其他 | 國家高性能計算中心（合肥） | 科學技術部 |
| 安徽蒙城地球物理國家野外科學觀測研究站 | 科學技術部 |
| 類別 | 名稱 |
|---|---|
| 率先行動機構 | 中國科學院量子信息與量子科技前沿卓越創新中心 |
| 中國科學院合肥大科學中心 | |
| 中國科學院重點實驗室 | 中國科學院材料力學行為和設計重點實驗室 |
| 中國科學院殼幔物質與環境重點實驗室 | |
| 中國科學院近地空間環境重點實驗室 | |
| 中國科學院能量轉換材料重點實驗室（聯合） | |
| 中國科學院星系宇宙學重點實驗室（聯合） | |
| 中國科學院量子信息重點實驗室 | |
| 中國科學院軟物質化學重點實驗室 | |
| 中國科學院腦功能與腦疾病重點實驗室 | |
| 中國科學院吳文俊數學重點實驗室 | |
| 中國科學院電磁空間信息重點實驗室 | |
| 中國科學院空間信息處理與套用系統技術重點實驗室（聯合） | |
| 中國科學院無線光電通信重點實驗室 | |
| 中國科學院強耦合量子材料物理重點實驗室 | |
| 中國科學院天然免疫與慢性疾病重點實驗室 | |
| 中國科學院城市污染物轉化重點實驗室（聯合） | |
| 其他 | 中國科學院國家數學與交叉科學中心——合肥分中心 |
| 中國科學院強磁場科學中心（聯合） | |
| 中國科學院網路傳播系統與控制重點實驗室（培育建設） | |
| 中國科學院太陽能光熱綜合利用研究示範中心 | |
| 中國科學院量子技術與套用研究中心 | |
| 中國科學院熱安全工程技術研究中心 |
| 名稱 | 批准部門 |
|---|---|
| 多媒體計算與通信教育部—微軟重點實驗室 | 教育部 |
| 高性能計算安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 分子醫學安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 光電子科學與技術安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 計算與通訊軟體安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 生物質潔淨能源安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 安徽細胞動力學與化學生物學省級實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 金融信息研究安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 安徽省生物質能源工程技術研究中心 | 安徽省科技廳 |
| 安徽省污水處理工程技術研究中心 | 安徽省科技廳 |
| 安徽省量子信息工程技術研究中心 | 安徽省科技廳 |
| 先進功能材料安徽省重點實驗室 | 安徽省教育廳 |
| 物理電子學安徽省重點實驗室 | 安徽省教育廳 |
| 網路傳播系統與控制安徽省重點實驗室 | 安徽省教育廳 |
| 無線網路通信安徽省重點實驗室 | 安徽省教育廳 |
| 生物技術藥物安徽省工程技術研究中心 | 安徽省教育廳 |
| 城市公共安全協同創新中心 | 安徽省教育廳 |
| 先進技術與產業協同創新中心 | 安徽省教育廳 |
| 先進核聚變能和電漿科學協同創新中心 | 安徽省教育廳 |
| 安徽大數據套用協同創新中心 | 安徽省教育廳 |
| 微電子與光電子技術研究院 | 安徽省教育廳 |
| 安徽省醫藥生物研究院 | 安徽省教育廳 |
| 安徽省高校人文社科重點研究基地——科學傳播研究與發展中心 | 安徽省教育廳 |
| 安徽省高校人文社科重點研究基地——工商管理創新研究中心 | 安徽省教育廳 |
| 安徽省高校人文社科重點研究基地——科技史與文化遺產研究中心 | 安徽省教育廳 |
| 安徽省語音及語言技術工程實驗室 | 安徽省發改委 |
| 實驗室名稱 | 聯合共建單位 |
|---|---|
| 核探測技術與核電子學聯合實驗室 | 中國科學院高能物理研究所 |
| 化學物理聯合實驗室 | 中國科學院大連化學物理研究所 |
| 智慧型科學與技術聯合實驗室 | 中國科學院瀋陽自動化研究所 |
| 蛋白質科學聯合實驗室 | 中國科學院生物物理研究所 |
| 網路與通信聯合實驗室 | 中國科學院瀋陽計算技術研究所 |
| 星系和宇宙學聯合實驗室 | 中國科學院上海天文台 |
| 綠色合成化學聯合實驗室 | 中國科學院上海有機化學研究所 |
| 數學物理聯合實驗室 | 中國科學院武漢物理與數學研究所 |
| 網路傳播系統與控制聯合實驗室 | 中國科學院聲學研究所 |
| 科技傳播研究所 | 中國科學院科學時報社 |
| 強子物理研究中心 | 蘭州重離子國家實驗室 |
| 新能源材料聯合實驗室 | 中國科學院上海矽酸鹽研究所 |
| 無機固體聯合實驗室 | 中國科學院福建物質結構研究所 |
| 高分子薄膜與溶液聯合實驗室 | 中國科學院長春套用化學研究所 |
| 分析化學研究夥伴小組 | 中國科學院長春套用化學研究所 |
| 超精密控制與系統聯合實驗室 | 中國科學院長春光機所 |
| 微納電子系統集成研究中心 | 中國科學院微電子所 |
| 環境污染控制聯合實驗室 | 中國科學院城市環境研究所 |
| 生物質催化轉化聯合實驗室 | 中國科學院廣州能源研究所 |
| 量子生物物理聯合實驗室 | 中國科學院生物物理研究所 |
| 天然活性多肽聯合實驗室 | 中國科學院昆明動物研究所 |
| 科大華為信息技術研究所 | 深圳華為技術有限公司 |
| 中國科學技術大學－SHINCRON先進薄膜工藝與材料聯合實驗室 | 日本SHINCRON公司 |
| 中國科大-黃山永佳膜技術與膜材料聯合研發中心 | 黃山永佳（集團）有限公司 |
| 中國科大國購機器人研究中心 | 合肥高新區、國購集團 |
學術資源
截至2014年8月，學校圖書館實體館藏中外文書刊220萬冊（含院系資料室），包括4萬多冊的古籍、再造善本等；已累計引進及試用了95箇中、外文資料庫，師生用戶通過校園網可以方便查閱中文電子圖書280萬冊、外文電子圖書20萬冊、外文電子期刊20000多種、中文電子期刊18000種、國際碩士博士學位論文46萬份。
學術期刊
《中國科學技術大學學報》：美國《化學文摘》（CA）、《數學評論》（MR）、《劍橋科學文摘》（CSA）、德國《數學文摘》（Zbl Math）、俄羅斯《文摘雜誌》（AJ）收錄期刊，中國自然科學核心期刊。
《研究生教育研究》：（CSSCI）來源期刊。
《火災科學》
《實驗力學》：（CSSCI）來源期刊、《中文核心期刊要目總覽》力學類核心期刊。
學術交流
中國科大與法國國家科研中心在物理、化學、生物等領域有廣泛合作。
中科大計算機科學與技術學院“中澳自主機器人研究”得到了國家自然科學基金委/澳大利亞科技部的聯合支持，學院與境外Intel公司的合作研究項目共10個，累計經費近200萬元；與英國伯明罕大學姚新教授的合作研究“進化算法性能分析和設計”獲得了國家自然科學基金委員會海外青年學者合作研究基金的支持。
2008年“火災科學國際前沿高層論壇”在中科大召開，此次會議邀請了火災科學領域的國際知名學者共同研討火災科學發展前沿的若干重要問題，包括新材料對火災科學發展的機遇與挑戰；數值模擬技術在火災科學研究中的發展趨勢；性能化防火設計的若干關鍵科學技術問題；火災科學與消防工程學的有機結合；國際合作研究與協調。參加會議計70餘人，其中主題發言的境外學者12人，來自美國、英國、日本、韓國、瑞典、義大利、香港等國家和地區。
2009年5月21日，Nature出版集團（NPG）在其官方網站宣布，將與中國免疫學會（CSI）及中國科學技術大學（USTC）共同出版Cellular&MolecularImmunology（CMI）。
2009年6月21日，挪威科學與文學學院邀請該校侯建國院士擔任Kavli獎委員會成員。
2009年9月5-7日，主辦“2009量子輸運與量子計算前沿國際會議”。
2009年10月19日，主辦第一屆國際硒與環境和人體健康大會。
院系設定
| 學院 | 下屬系部 | ||
|---|---|---|---|
| 中國科學技術大學少年班學院 | |||
| 中國科學技術大學數學科學學院 | 數學系 | 計算與套用數學系 | 機率統計系（籌） |
| 中國科學技術大學物理學院 | 物理系 | 近代物理系 | |
| 天文學系 | 光學與光學工程系 | ||
| 中國科學技術大學化學與材料科學學院 | 化學物理系 | 材料科學與工程系 | 化學系 |
| 高分子科學與工程系 | 化學實驗教學中心 | ||
| 中國科學技術大學生命科學學院 | 分子生物學與細胞生物學系 | 系統生物學系 | |
| 神經生物學與生物物理學系 | 醫藥生物技術系 | ||
| 中國科學技術大學工程科學學院 | 近代力學系 | 精密機械與精密儀器系 | |
| 安全科學與工程系 | 熱科學和能源工程系 | ||
| 中國科學技術大學信息科學技術學院 | 電子工程與信息科學系 | 電子科學與技術系 | |
| 自動化系 | 信息安全專業 | ||
| 中國科學技術大學地球和空間科學學院 | 地球物理與行星科學技術系 | 地球化學與環境科學系 | |
| 中國科學技術大學管理學院 | 工商管理系 | 管理科學系 | 統計與金融系 |
| MBA中心 | MPA中心 | ||
| 中國科學技術大學人文與社會科學學院 | 科技傳播與科技政策系 | 科技史與科技考古系 | |
| 外語系 | 科技哲學教學研究部 | ||
| 馬克思主義理論教學研究部 | 人文素質教學研究部 | ||
| 體育教學部 | 現代藝術中心 | ||
| 中國科學技術大學計算機科學與技術學院 | |||
| 中國科學技術大學核科學技術學院 | |||
| 中國科學技術大學環境科學與光電技術學院 | |||
| 中國科學技術大學軟體學院 | |||
| 中國科學技術大學公共事務學院 | |||
| 中國科學技術大學蘇州研究院 | |||
| 中國科學技術大學上海研究院 | |||
| 中國科學技術大學北京教學與管理部 | |||
師資力量
中國科學技術大學擁有一支高素質的師資隊伍。截至2015年12月共有教學與科研人員1812人，其中教授547人（含相當專業技術職務人員），副教授668人（含相當專業技術職務人員）。目前中國科學院和中國工程院院士50人，開發中國家科學院院士17人，國家“千人計畫”42人，“青年千人計畫”119人，教育部“長江學者”40人，國家傑出青年科學基金獲得者106人，國家級教學名師7人，中國科學院“百人計畫”144人，國家優秀青年科學基金獲得者57人。同時，一批國內外著名學者受聘擔任名譽（客座）教授、“大師講席”教授。
此外，人才隊伍朝氣蓬勃。45歲以下青年教師占教師總數的近60%，其中35歲以下教師約占青年教師總數35%。
兩院院士
中國科學院院士：
劉有成、朱清時、王水、陳顒、馬志明、伍小平、童秉綱、施蘊渝、錢逸泰、歐陽鍾燦、楊國楨、周又元、石耀霖、吳奇、李曙光、李燦、侯建國、洪茂椿、郭光燦、陳國良、張裕恆、張家鋁、俞昌鏇、吳一戎、鄭永飛、萬立駿、包信和、張明傑、楊學明、萬衛星、沈保根、潘建偉、李亞棟、趙政國、尹浩、謝毅、譚鐵牛、劉文清、杜江峰、陳曉非、陳仙輝。
中國工程院院士：
李國傑、何多慧、魏復盛、杜善義、許祖彥、范維澄、吳以成、萬元熙、劉文清、李建剛。
