北平研究院隸屬於教育部﹐下分行政事務與研究機構兩部分。行政事務設總辦事處﹐處理全院行政事務。研究機構分理化﹑生物﹑人地三部﹐設物理﹑化學﹑鐳學(後改稱原子學)﹑藥物﹑生理﹑動物﹑植物﹑地質﹑歷史等九個研究所和測繪事務所。除藥物﹑鐳學兩研究所設於上海外﹐其餘各所均設在北平。各研究所設所長一人﹐由專任研究員兼任﹐另有研究員﹑副研究員﹑助理研究員﹑助理員﹑練習生各若干人﹐並聘所外專家為名譽研究員﹑通訊研究員及特約研究員。
1937年7月抗日戰爭爆發後﹐李書華於1938年在昆明成立北平研究院總辦事處﹐遂將物理﹑化學﹑生理﹑藥物﹑動物﹑植物﹑地質﹑歷史八個研究所遷至昆明﹐繼續開展研究工作。抗戰勝利後﹐除生理所暫設上海外﹐其餘各所均遷返北平。1949年10月﹐北平研究院為中華人民共和國中國科學院接管。