站點設定
| 站名 | 位置 | 所屬行政區 | 屬性 | 換乘站 |
| 省行政中心東站 | 上海路&中山路 | 包河區 | 地下站 | 合肥捷運5號線，合肥捷運7號線 |
| 杭州路站 | 上海路&杭州路 | 包河區 | 地下站 | |
| 重慶路站 | 重慶路&環湖北路 | 包河區 | 地下站 | |
| 濱湖森林公園站 | 南淝河&環湖北路西側 | 包河區 | 地上站 | |
| 長臨河站 | 店忠路&烔長路 | 肥東縣 | 地上站 | |
| 相影寺站 | 黃麓大道&烔長路 | 巢湖市 | 地上站 | |
| 月亮灣濕地站 | 環巢湖大道&烔長路 | 巢湖市 | 地上站 | 合肥軌道交通s3號線半島支線 |
| 朝陽路站 | 環巢湖大道&朝陽路 | 巢湖市 | 地上站 | |
| 欄濱路站 | 環巢湖大道&欄濱路 | 巢湖市 | 地上站 | |
| 巢湖濕地站 | 柘皋河&環巢湖大道西側 | 巢湖市 | 地上站 | |
| 濱湖景城站 | 觀湖路&健康西路 | 巢湖市 | 地下站 | |
| 巢湖體育館站 | 體育大道&健康西路 | 巢湖市 | 地下站 | |
| 銀屏路站 | 銀屏路&健康西路 | 巢湖市 | 地下站 | |
| 環城河公園站 | 環城路&健康西路 | 巢湖市 | 地下站 | |
| 耳街站 | 巢湖路&健康中路 | 巢湖市 | 地下站 | 巢湖至店埠市域鐵路（遠期） |
| 半湯路站 | 半湯路&長江中路 | 巢湖市 | 地下站 | 巢湖至店埠市域鐵路（遠期） |
| 巢湖火車站 | 世紀大道&太湖山路 | 巢湖市 | 地下站 | |
| 高鐵新城站 | 亞父路&姥山路 | 巢湖市 | 地下站 | |
| 巢湖東站 | 金巢大道&姥山路 | 巢湖市 | 地下站 | 合福高鐵&商合杭高鐵巢湖東站西廣場 |
| 東站東廣場站（預留） | 潛川路&姥山路 | 巢湖市 | 地下站 | 合巢馬城際鐵路巢湖東站東廣場 |
半島支線
| 中廟站 | 環巢湖大道&烔中路 | 巢湖市 | 地上站 | |
| 雲水灣站 | 環巢湖大道&龍西路 | 巢湖市 | 地上站 | |
| 城建學院站 | 環巢湖大道&書香路 | 巢湖市 | 地上站 | |
| 月亮灣濕地站 | 環巢湖大道&疏影路 | 巢湖市 | 地上站 | 合肥軌道交通s3號線 |
建設規劃
s3合巢線與s1機場線，s2合六線，s4合廬線，s5合淮線一併列入合肥市中長期軌道交通網路。其中合巢線因巢湖城市發展的需要，或將於今明兩年內開工建設，其中巢湖市區段將與合六線一樣，敷設地下線。
鑒於加快巢湖市區與濱湖新區聯繫的需要，s3合巢線可能會以快車和慢車兩種交路運營。其中慢車站站都停，快車停靠在一些主要站點，例如：省行政中心東站，月亮灣濕地站，銀屏路站，耳街站，巢湖萬達站，巢湖東站，快車運行全程僅需約40分鐘，即可從巢湖東站抵達省行政中心。
同時，s3合巢線將預留與合肥捷運7號線貫通運營的條件，更加方便巢湖市民的出行。
除去s3號線外，合肥市政府協調巢湖市政府還初步規劃了巢湖到店埠的軌道交通快線(編號未定)，擬於s3號線建成後開工建設，其中巢湖市區段因涉及拆遷問題需先行建設，大致走線為：居巢經開區——安成路——洗耳池——草城街——安徽醫科大學附屬巢湖醫院（四康）——夏閣鎮——高鐵柘皋站——柘皋開發區——合巢產業新城——肥東西山驛——店埠。
不過，截止2019年2月，合肥軌道交通s3號線尚處於規劃階段。
便捷換乘
對於巢湖半島黃麓，中廟等地居民而言，前往巢湖城區可乘坐主支線直通車（巢湖東站-中廟站），前往合肥城區可在月亮灣濕地站同台換乘，亦可乘坐接駁公交至相隱寺站換乘捷運前往合肥。
為方便沿線鄉鎮居民的出行，或分別開行有烔煬鎮至朝陽路站和由中垾鎮至欄濱路站的接駁公交。
價值意義
s3合巢線對於巢湖而言意義重大：
1.它將東部巢湖市區與西部巢湖半島聯繫在一起，加快了巢湖半島科學城的開發。
2.它橫向穿越巢湖市區，聯絡巢湖高鐵東站，對於巢湖主城區的發展和巢湖東站樞紐的建設具有重要意義。
3.它將巢湖市區與合肥濱湖新區連線起來，使得巢湖可以更好的接受合肥的外溢效應，從此“合肥工作，巢湖居住”不再是夢想。
4.它對巢湖北岸旅遊業的發展產生了極大的刺激作用，將濱湖森林公園，中廟-姥山島，月亮灣濕地，巢湖濕地，龜山，紫微洞天，鬱金香高地等景區串聯在一起，猶如項鍊一般鑲嵌在美麗的巢湖大地上。
