生平經歷
早年經歷
晉廢帝司馬奕生於鹹康八年（342年），出生當年就被封為東海王。
永和八年（352年），拜任散騎常侍，不久加任鎮軍將軍。
昇平四年（360年），拜任車騎將軍。
昇平五年（361年）五月二十二日，晉穆帝去世無子，司馬奕的哥哥司馬丕被立為皇帝，是為晉哀帝。 五月二十七日，晉哀帝改封司馬奕為琅邪王。
隆和元年（公元362年）七月，轉任侍中、驃騎大將軍、開府儀同三司。
登基為帝
興寧三年（365年）二月二十二日，晉哀帝司馬丕去世，因司馬丕沒有子嗣，所以崇德太后褚蒜子於二月二十三日下詔說，司馬奕德才兼備，又是皇帝的弟弟，應當繼承皇位。於是百官到琅邪王府去迎奉司馬奕，司馬奕當天即皇帝位，大赦天下。 三月二十九日，將晉哀帝葬於安平陵。 第二年，改元太和。
被廢去世
司馬奕即位之時，桓溫掌握朝政，桓溫有意廢掉司馬奕自立為皇帝，但司馬奕本身並無過失可言。太和六年（371年）十一月，桓溫便指司馬奕陽痿而不能生育子嗣，其男寵相龍、計好、朱靈寶等在宮廷參侍，後宮所生三子可能並非皇帝親子，於是逼崇德太后褚蒜子下詔廢司馬奕為東海王。 即日桓溫派散騎侍郎劉亨進宮收繳了國璽，逼司馬奕離宮。時值仲秋，天氣還比較暖，司馬奕穿著單衣步出西堂，乘牛車出神獸門，群臣哭著拜別。桓溫命令部下帶領數百兵士押送他回到原東海王府。
鹹安二年（372年）正月，降封為海西公。同年四月，司馬奕被遷往吳縣西柴里居住，由吳國內史刁彝和御史顧允領兵監管。時人都同情他，不少人假借他的名義，聲稱奉他的詔命，聚眾起事，反對朝廷。司馬奕知道這些情況後，深居簡出，閉門謝客，小心謹慎地度日，儘量避免嫌疑。
鹹安二年（372年）十一月的一天清晨，盧悚派弟子許龍秘密來到司馬奕居處，自稱奉太后密詔來迎司馬奕回京復辟。司馬奕聽了有些心動，想要答應。這時，他的家眷出來極力勸阻，他於是又拒絕出門，並斥退許龍。司馬奕自知復辟無望，又怕再遭禍端，便有意表現得平庸以求平安，整天在家沉迷於酒色。朝廷以司馬奕安於屈辱，總算避免了殺身之禍。
太元十一年（386年）十月十六日，司馬奕病死於吳縣（今江蘇省蘇州市吳中區、相城區一帶），時年四十五歲。
為政舉措
司馬奕即位當天大赦天下。決定將晉哀帝葬於安平陵。第二年，改元太和。太和元年（366年）九月甲午日，司馬奕下令特赦梁、益二州。
歷史評價
桓溫、崇德太后褚蒜子：“不圖德之不建，乃至於斯。昏濁潰亂，動違禮度。有此三孽，莫知誰子。人倫道喪，醜聲遐布。既不可以奉守社稷，敬承宗廟，且昏孽並大，便欲建樹儲籓。誣罔祖宗，頌移皇基，是而可忍，孰不可懷！ ”
《晉書》史臣曰：“東海違許龍之駕，屈放命之臣，所謂柔弱勝剛強，得盡於天年者也。 ” 贊曰：“海西多故，時災見及。彼異阿衡，我非昌邑。”
崇德太后褚蒜子：“琅邪王奕，明德茂親，屬當儲嗣，宜奉祖宗，纂承大統。便速正大禮，以寧人神。”
王夫之：“帝奕未有失德，溫誣其過而廢之。”
軼事典故
東晉大將恆溫想廢掉司馬奕，但司馬奕循規蹈矩、謹小慎微，並無過錯。因此，桓溫並不敢貿然行動。太和六年（371年）十一月，桓溫在聽取部下關於“宮闡重悶，床笫易誣”妙計後，“誣帝在藩夙有痿疾”（《晉書》），三個兒子都是后妃與他人私通所生，並將此訊息秘密散播到民間，擾亂視聽，再以皇太后的名義，行“伊霍之舉”，廢司馬奕為東海王，以王還府第。這一年，司馬奕剛剛30歲。
桓溫為了謀圖廢立、攬權奪勢，出此卑鄙下流的陰招，使司馬奕之私密器官“被陽痿”的同時，令其政治生命也隨之告終。在一片欷歔聲中，司馬奕灰溜溜地結束了六年的傀儡生涯。
史籍記載
《晉書·卷八·帝紀第八》
《魏書·卷九十六·列傳第八十四》
《資治通鑑·卷一百一》
《資治通鑑·卷一百二》
家庭成員
父母
父親：晉成帝司馬衍
生母：貴人周氏（周貴人）
哥哥
晉哀帝司馬丕
后妃
皇后庾氏
美人田氏
美人孟氏
歷代皇帝（二）
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