概況
全市國稅系統設有共有幹部職工近2千名，管理納稅戶9萬多個。近年來，全市國稅系統被評為江蘇省、南通市文明行業，有6個單位被推薦為省文明單位，3名同志被評為江蘇省勞動模範，6個單位被授予南通市先進集體，6名同志被評為南通市勞動模範。
主要職責
南通市國家稅務局主管本地區國家稅收，主要職責是：
(一)貫徹執行國家的稅收法律、法規、規章和省有關規定，結合本地區實際，研究制定具體的實施辦法。
(二)負責本地區各項國家稅收收入計畫的編制、分配和考核工作。
(三)組織實施《中華人民共和國稅收征管法》和國家稅務總局、省局各項稅收征管規章制度，積極推進稅收徵收管理體制改革，強化國家稅收執法職能。
(四)負責本地區國稅系統徵收的各項稅種的徵收管理和稽查工作；負責地方政府委託徵收的各項地方稅、基金和專項收入的徵收管理工作；負責增值稅專用發票、普通發票和其他稅收票證的管理工作；協助做好註冊稅務師的管理工作。
(五)負責本地區進出口稅收和涉外稅收的管理工作。
(六)監督檢查納稅人遵守國家稅收法律法規、依法納稅情況，嚴肅查處偷騙稅。
(七)負責本地區國稅系統行政處罰聽證、行政複議和訴訟工作，加強稅收法制建設。
(八)監督檢查本地區各級國稅機關及其工作人員執行國家稅收法律法規、依法行政情況。
(九)管理本地區國稅系統的人事、勞動工資、機構編制；管理縣(市)級國家稅務局的正副局長及相應級別的幹部，負責全市各級國稅機關的領導班子建設、公務員制度實施。
(十)負責本地區國稅隊伍的教育培訓、思想政治工作、精神文明建設和基層建設。
(十一)負責本地區國稅系統黨風廉政建設、紀檢、監察和黨群工作。
(十二)負責本地區國稅系統稅收會計、統計工作，負責經費財務、基本建設、資產管理和政府採購工作，負責審計工作。
(十三)負責本地區國稅系統稅收信息化、現代化工作的規劃和實施，建設和管理信息系統。
(十四)研究稅收理論和稅收政策，分析稅收信息，掌握稅收動態，組織稅法宣傳，開展稅收諮詢。圍繞本地區經濟工作，發揮稅收調控和監督職能，為發展市場經濟和社會事業服務。
(十五)承辦上級國家稅務局和市委、市政府交辦的其他事項。
部門設定
機構設定
共設有13個內設機構、3個直屬機構、3個事業單位 、2個派出機構，以及1個所屬機構。具體為：
內設機構
南通市國家稅務局內設機構為正科級，具體設定如下：
（1）辦公室
擬訂本系統年度工作計畫、有關工作制度；起草和審核重要文稿；負責機關文電、機要、會務、檔案、督辦、信訪、保密、密碼等工作；承擔稅收宣傳、新聞發布及機關政務公開、政府信息公開工作；承辦網站運行和維護工作；組織稅收科研、學術交流工作；辦理人大代表建議和政協委員提案的有關事項。
（2）政策法規處
組織落實綜合性稅收政策；承擔機關有關規範性檔案合法性審核工作；承辦局外綜合性稅收政策檔案會辦工作；承擔重大稅收案件審理工作；辦理行政複議、賠償案件及行政訴訟案件；組織實施稅收法律法規、部門規章及規範性檔案執行情況的監督檢查，承擔稅收執法質量考核工作；配合財政、審計等部門對稅務部門的監督與審計工作。
（3）貨物和勞務稅處
組織實施增值稅、消費稅、營業稅、車輛購置稅的徵收管理工作，擬訂徵收管理具體實施辦法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的納稅評估、稅源管理等辦法；管理增值稅專用發票；指導有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、諮詢服務、稅收法律救濟工作。
（4）所得稅管理處
組織實施企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金（費）等徵收管理工作，擬訂徵收管理具體實施辦法；對所得稅有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的納稅評估、稅源管理、稅基管理、彙算清繳等辦法；指導所得稅有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、諮詢服務、稅收法律救濟工作。
（5）大企業和國際稅務管理處
負責大企業稅收風險監控預警、稅源調查分析、重要複雜事項的管理；對重點監管大企業納稅申報調查核實、綜合納稅評估、審計、日常檢查等，開展大企業個性化服務、幫助大企業建立稅收風險控制機制；建立與大企業直接溝渠道，協調回應企業相應訴求。
承擔有關稅收法律法規和國家（地區）間稅收協定、協定（安排）的執行工作；組織、實施、檢查跨國稅源管理；組織實施特別納稅調整工作，解釋和處理具體業務問題；組織落實非居民企業所得稅政策和征管制度，處理國家（地區）間的有關稅務事項；組織實施“走出去”企業的服務管理。
與直屬稅務分局合署，兩塊牌子，一套班子。
（6）進出口稅收管理處
組織實施進出口貿易稅收管理工作，擬訂稅收管理具體實施辦法；承擔出口貨物退免稅的審核審批、年終清算工作；組織進出口稅收政策執行情況的日常監督檢查；配合有關部門開展反騙稅工作。
加掛第三稅務分局牌子。
（7）徵收管理處
組織落實綜合性稅收征管法律法規、部門規章及規範性檔案，擬訂具體操作辦法；組織實施綜合性納稅評估辦法，承辦征管質量考核、風險管理和稅收收入征管因素分析工作；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控器具推廣套用等方面的相關工作；組織落實個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。
（8）收入核算處
牽頭編制年度稅收計畫、出口退（免）稅計畫，分配下達年度免抵調庫計畫；監督檢查稅款繳、退庫情況；開展稅收收入分析預測、稅收收入能力估算及重點稅源監控、企業稅收資料調查工作；承擔稅收會計核算、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收收入數據的綜合管理套用工作。
（9）財務管理處
組織實施會計核算、會計基礎規範工作，分析考核徵稅成本；組織實施國庫集中支付工作，辦理具體支付事項；承擔本系統基本建設、資產管理、政府採購、著裝管理工作；組織實施財務管理、基本建設項目、大宗物品採購審計和領導幹部經濟責任審計工作。
（10）人事處
組織落實幹部人事管理制度；承擔機構編制、幹部任免、人員調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；承擔下一級領導班子及領導幹部和後備幹部的管理、考核及監督工作；監督檢查本系統執行幹部人事規章制度情況；擬訂年度巡視工作計畫，組織開展巡視工作；管理機關和系統外事工作。
離退休幹部辦公室(副科級，掛靠人事教育處)。負責機關離退休幹部的管理和服務工作，指導本系統離退休幹部的管理和服務工作。
（11）教育處
組織實施本系統思想政治工作、精神文明建設、稅務文化建設和基層建設；擬訂並組織實施人員培訓、學歷教育工作規劃、年度計畫，開展培訓質量考核與評估；指導系統黨建工作。
機關黨委辦公室 負責機關和直屬單位的黨群工作；承擔機關思想政治工作和精神文明建設；承擔入黨積極分子的教育培訓考察工作及發展黨員工作；承擔機關工會、共青團、婦委會工作。
機關黨委辦公室與教育處合署辦公，兩塊牌子，一套班子。
（12）監察室
組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；監督檢查下一級領導班子及其成員貫徹民主集中制、選拔任用幹部、貫徹黨風廉政責任制和廉政勤政的情況；組織協調本系統的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本系統工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處本系統工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察和糾風工作。
（13）納稅服務處
組織、協調和指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織落實納稅人權益保障規章制度及規範性檔案；組織協調、實施納稅輔導、諮詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；指導稅收爭議的調解；承擔12366熱線、網站納稅服務欄目、簡訊系統的運行管理工作。
直屬機構
（1）稽查局，級別為副處級。
組織落實稅務稽查法律法規、部門規章及規範性檔案，擬訂具體實施辦法；組織、協調稅收違法案件的查處、審理和執行工作；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作；承擔金稅工程發票協查工作；牽頭組織稅收專項檢查工作。
（2）車輛購置稅徵收管理分局，級別為正科級。
正科級，組織落實車輛購置稅徵收管理規章制度及規範性檔案；承擔車輛購置稅的稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務等工作；承擔車輛稅收一體化管理工作；對核定各類車輛最低計稅價格提出建議；管理車輛購置稅票證。
（3）直屬稅務分局，級別為正科級。
非全職能分局。與大企業和國際稅務管理處合署，兩塊牌子，一套班子。
事業單位
南通市國家稅務局事業單位的級別為正科級，具體設定如下：
（1）信息中心
落實稅收管理信息化建設規劃和實施方案，執行信息系統管理制度和技術標準；承擔本系統信息化建設的技術支持、保障工作；承擔稅收管理信息系統的運行維護工作；組織本系統信息安全管理與實施。
（2）機關服務中心
承擔機關後勤事務的管理、保障和服務工作，擬訂機關事務具體工作制度並組織實施；承擔機關辦公用品的採購、保管、分配、維修；參與機關後勤體制改革工作；指導本系統後勤服務工作。
（3）票證中心
承擔稅收票證、增值稅專用發票、普通發票的管理工作。
派出機構
南通市國家稅務局派出機構的級別為正科級，具體設定如下：
（1）第一稅務分局
非全職能分局。
（2）第二稅務分局
非全職能分局。
所屬機構
江蘇省南通經濟技術開發區國家稅務局，級別為副處級。
