事件經過
1937年，正當周口店從一個輝煌走向另一個輝煌的時候，萬惡的日本侵略者的鐵蹄踏進了包括周口店在內的華北大地，周口店的發掘工作被迫停止了。
周口店發現的所有人類化石以及一些靈長類化石一直都保存在美國人開辦的北京協和醫學院內。這家醫學院位於北京市東單三條胡同內，由一系列宮殿式建築組成。當時的解剖科設在B樓，B樓的底層有一間研究室，步達生和魏敦瑞在這裡先後研究過北京人化石，北京人化石就收藏在這間辦公室的保險柜里。
1941年，美日關係漸漸趨於破裂，居住在北京的美國僑民紛紛撤回美國。保存在協和醫學院中的北京人化石面臨著被日本人闖入掠走的危險。
早在這一年的1月份，中國地質調查所所長翁文灝就和北京協和醫學院行政委員會負責人胡恆德探討應付危機的辦法。他們構想了三個選擇方案：一．把化石運到當時國民黨政府的陪都重慶；二．留在北京，找一個安全的地方秘密地掩藏起來；三．運到美國暫時保管起來。
當時的中國地質調查所已經遷到了重慶，如果按第一方案運做，只要化石能夠運到重慶，那當然是再好不過了。可是，在當時那種殘酷的戰爭環境下，經過道道關卡從北京到重慶輾轉幾千里的運輸是根本不可能作到的。如果按照第二方案將化石留在淪陷的北京，那么隨時都難免會發生意外，所以這也不是妥善的辦法。看來只有第三方案比較可行。但是，當國中國地質調查所與北京協和醫學院訂有協定，規定周口店發現的人類化石一律不準運出中國。由於這些原因，北京人化石的處理問題就拖了下來。
4月份，魏敦瑞要隨著撤退的美國僑民一起去美國，到美國紐約自然歷史博物館工作。出發前，他讓他的得力助手之一胡承志把所有的北京人頭骨化石都作成里、外面都有的腦殼模型，然後寄到美國紐約自然歷史博物館，以便於他能夠在那裡繼續進行北京人的研究。胡承志對他說，做里、外面都有的模型很費時間，而且有些化石還需要重新作模具。魏敦瑞最後說，做到那裡算那裡，直到接到把化石裝箱的通知後就停止模型製作工作。魏敦瑞還說，現在是非常時期，真標本留在淪陷區不安全，等他和翁文灝先生商量之後，就可以決定將它們運出淪陷區。魏敦瑞走後兩三個月，因楊鍾健南下而臨時擔任新生代研究室主任的裴文中告訴胡承志說：“北京人化石要全部裝箱運走。”胡承志沒有多問，只問了需要裝箱的時間，裴文中說“聽訊。”就這樣又過了兩三個月。一天上午，留在北京的魏敦瑞的女秘書息式白通知胡承志說：“標本要裝箱運走。”胡承志答應了一下，並沒有馬上動手。當天下午他找到裴文中把息式白讓裝箱的話告訴他，問他該怎么辦。裴文中說：“立即就裝。”
第二天，胡承志就和解剖科技術員吉延卿一起將所有北京人和山頂洞人的化石裝進了兩個沒有上油漆的白木版箱子裡，其中一個扁的箱子有寫字檯的桌面那么大，另一個略微小一點。裝箱很考究。先將頭骨化石用擦顯微鏡鏡頭的細綿紙包好，再用一般軟紙包上；然後，用潔白的醫用吸水棉花裹住，再用粉蓮紙包上；再用醫用細紗布一層層地在外面包好，然後裝進小木盒裡，木盒內周圍六個面都墊著數層具有彈性的黃色瓦壟紙，最後，用吸水棉花將小盒塞滿。小木盒一一裝進大箱後，大箱內的空隙再用木絲填充。牙齒化石則全部裝入首飾盒似的小紙盒內並用棉花填好。小紙盒上面有玻璃，有紅邊的標誌號碼卡片襯墊在玻璃下面，卡片上還詳細註明牙齒所屬部位。兩個白木版箱子裝好以後，較大的箱子上標明“CAD1”字樣，較小的箱子上標明“CAD2”字樣。兩個裝好的箱子送到協和醫學院總務長博文的辦公室，他們就交了差。珍珠港事件爆發後不久，胡承志就南下了。
兩個裝有北京人和山頂洞人化石的箱子送到博文的辦公室的時間大約是在12月8日日軍占領協和醫學院之前的18天到21天之間。當時任協和醫學院院長的王錫熾曾告訴裴文中說，兩個箱子在送到總務長辦公室的當天就被轉移到F樓4號保險室里，過了一夜又被運走，但不知去向如何。據說，博文大約在11月底把它們送到了美國大使館，準備由美國海軍陸戰隊將它們攜帶到紐約美國自然歷史博物館。12月5日早上5點，帶有北京人化石的美國海軍陸戰隊的專用列車駛離北京，沿著當時的“京山鐵路”駛向秦皇島，準備在那裡把化石送上一艘由上海開到秦皇島，然後將要駛向美國的定期航班--哈里遜總統號。這艘船原定於12月8日到達秦皇島，可是它沒有到。它從菲律賓首都馬尼拉出航以後，還沒到上海，中途就被一艘日本軍艦追逐，在長江附近擱淺了。12月8日珍珠港事件爆發的當天，侵華日軍迅速占領了包括協和醫學院在內的美國在北京、天津和秦皇島等地的所有機構；裝有北京人化石的美國海軍陸戰隊的專列在秦皇島被日軍攔截。可是，那兩個重要的箱子卻不翼而飛了。
下落成謎
北京人從此神秘地失蹤了。雖經中外人士多方搜尋查找，但至今這些北京人的下落依然是一個吸引了無數人的迷。
