背景
民族壓迫
1362年至1366年間的戰事圖公元13世紀到14世紀上半葉的元代中前期時福建的海外貿易極端發達，泉州作為當時海上絲綢之路的起點，是當時中國乃至全世界最大的港口， 也是元代福建最大的城市，其人口規模超過了作為福建行政中心的福州， 阿拉伯人將泉州稱為刺桐，此名稱被歐洲等地商人沿用。當時泉州的人口超過20萬，城牆長度達30里，晉江江面和港內停靠的船隻超過1萬艘，商業高度發達， 泉州港出口的大宗商品是絲綢、陶瓷器、銅鐵器和泉州的泉緞，而輸入的商品包括珍珠、象牙、犀角、乳香、吉貝布、貝紗等，其中最主要的進口商品是香料和藥物。 泉州的居民中有著大量的外籍僑民，包括阿拉伯人、波斯人、歐洲基督徒、猶太人、印度人、非洲黑人等民族，城內使用的語言達到100種， 這些外國人或相關的事物被泉州人冠名為“蕃”或“番”，由於大量外籍人口的進入，泉州早期不允許外國人進城居住的慣例被打破，泉州城內不僅有漢人和蕃人大量雜居的情況，還形成了許多大規模的蕃人聚居區，這些聚居區被稱為“蕃坊”、“蕃人巷”，這些外國僑民還和泉州本土的漢人閩南族群通婚並繁衍後代，番漢混血兒被泉州人叫作“半南蕃”。 蕃人和泉州當地人在文化上雖有相互影響，但大體上還是維持了自己的宗教信仰和文化習慣，諸如伊斯蘭教、基督教、摩尼教、印度教等各種宗教也都在泉州得到傳播，而漢人和番人雜居也給泉州的管理帶來一定的難度。
元代時的泉州外國僑民中以信仰伊斯蘭教的阿拉伯人和波斯人勢力最大，人口最多。 元朝歧視性的民族政策將民眾分為四等，包括阿拉伯和波斯穆斯林在內的泉州番人作為色目人，等級要高於被列為最低等級（第四等）南人的當地漢族閩南人，因而番人得到了元朝國家政策的大力扶持，勢力龐大。 這些穆斯林商人中有不少是泉州的巨富，比如蒲壽庚家族在南宋末年到元朝初年期間主持泉州市舶司，家產不計其數，其僕人就有數千。 到了元朝末年，由於局勢動盪，各地民眾起兵反元的事件非常頻繁，福建同樣也是叛亂頻發。當時福建各地的豪強家族紛紛成立了鄉族武裝——“義兵”，並逐步控制了許多地方政權，還協助元朝政府對叛變的農民武裝進行鎮壓。而泉州的波斯族色目人也組織了亦思巴奚軍作為他們的義兵組織，其將領為賽甫丁和阿迷里丁。
由於波斯人是泉州城內人口較多、勢力較強的一個民族，擁有大量的富商，因而亦思巴奚軍在其支持下成為泉州最強大的武裝，而波斯人借亦思巴奚軍的力量逐漸掌控了泉州，使得元朝失去對泉州的實際控制權。
元朝實行民族歧視政策，以掩蓋階級壓迫政策。他們把全國各族人民分為四等：第一等蒙古人，第二等色目人，第三等漢人，第四等南人（南方漢人）。給蒙古人、色目人以優越的政治特權，從中央到地方鄉里，都優先擢用上述兩種人。泉州是“南人”住居區，所受的民族歧視和階級壓迫更甚。
反元勢力壯大
泉州地區對元朝的反抗歷來相當激烈。
早在元·世祖統治之初，便有農民起義了。如至元二十五年（1288年），安溪湖頭張治囝起義攻打泉州；至元二十七年（1290年），南安陳七師起義。
元·順帝繼位之初，元朝統治已經日薄西山。至正年間（1341—1368年）江淮一帶反元勢力已如燎原之火。
蒙古騎兵至正三年（1343年），同安、仙遊、安溪各地人民起義。
至正五年（1345年），元廷為加強控制福建，遣官奉使宣撫，脫脫、王士宏乘機“鷹揚虎噬，雷厲風飛，聲色以滛”，致使“閭閻失望，田裡寒心”。（《閩詩錄·戊集·卷七·江西、福建怨謠》）
至正十二年（1352年）正月，閩北“寇逼郡城（福州）……越二十六日”（《閩中金石錄·卷12·李世安題名石刻》）。同年，仙遊人陳君信聚眾數百人，攻占縣治。夏，“仙遊流賊剽掠泉州”（乾隆《泉州府志·卷73·紀兵》）。
至正十三年（1353年），“泉大飢，民扶攜就食。”（乾隆《泉州府志·卷41·盧琦傳》）
至正十四年（1354年）夏，“安溪盜李大，南安盜呂光甫聚眾為亂，七月圍泉州”（乾隆《泉州府志·卷73·紀兵》）。八月遣劉廣仁等攻陷仙遊，殺死達魯花赤倒刺沙。
至正十六年（1356年），“山寇李大攻同安”（乾隆《泉州府志·卷73·紀兵》）。
至正十七年（1357年），“泉寇伊守禮嘯聚復攻同安”（乾隆《泉州府志·卷73·紀兵》）。
當時，上自朝廷，下至福建、泉州的地方政府，已自固不暇。形勢正如至正二十一年（1361年）篆刻的《建安忠義之碑》所云：“至正改元之十八年（1358年），皇帝重念閩海道遠，用兵日久，民勿堪命。”（民國《福建通志·金石志·石12·元·建安忠義之碑》）
“義兵”與“戍軍”
福建的元朝統治者無力鎮壓農民起義，又不敢任用漢人軍隊和新附漢軍（南宋降兵）或漢族地主武裝，只好依靠在泉州掌握舶務與軍政大權、信奉伊斯蘭教的阿拉伯人、波斯人的上層分子，組織“義兵”武裝，實行“戍軍”制度，並調外地戍軍到泉州加強防範。
“義兵”的首領，也根據需要享有正式朝官的品位和權力，這與南宋末年授官蒲壽庚略同（參見《泉州人名錄·蒲壽庚》）。亦思巴奚戰亂的首腦賽甫丁、阿迷里丁兩人，都因貿易捐官和保衛泉州港有功，在泉州被授予“義兵萬戶”，掌握保衛泉州港的地方武裝。
“萬戶”是武職，據《泉州府志·軍制》載，至元間，泉州有上、中、下萬戶府之設。《元史·卷94·志第41上·百官·諸路萬戶府》載：“諸路萬戶府：管軍七千之上……正三品；中萬戶府，管軍五千之上……從三品；下萬戶府，管軍三千之上……從三品……其官皆世襲，有功則升之。”
這些“義兵”的首領在泉州70多年，實力雄厚又熟悉情況。當元朝對他們稍有不利或統治勢力下降及內部派別矛盾鬥爭時，便產生不滿情緒，結黨營私，招軍買馬，勾結伊斯蘭教上層分子，妄圖發動內亂，擴大自己的勢力。
客兵戍泉州
乾隆《泉州府志·卷24·軍制·元軍制·客兵》載：在泉州發生亦思巴奚戰亂的75年前，“至元十九年（1282年），調揚州合必軍三千人鎮泉州，戍列城。”同年，又以“湖州翼萬戶府來戍泉州……湖州翼萬戶府，亦客兵也。”
《揚州圖經·卷8·至元十九年》也載：“至元十九年（1282年）夏四月，遣揚州射士戍泉州。”
有人認為，“客兵”是外國人組建的軍隊，揚州調來的“合必軍”是波斯軍隊。
吳幼雄《論元末泉州亦思巴奚戰亂》認為：“‘客兵'是對地方土軍而言的。‘客兵'、‘土軍'都是正規軍，只差別‘土軍'的兵員為本地籍，‘客兵'的兵員為外地籍而已。”“‘合必'一名，是蒙古人的名字，非波斯人的名字，亦即揚州調來泉州的3000射士，是由蒙古人率領的蒙古射士，非波斯軍射士。”（中國航海學會、泉州市政府編：《泉州港與海上絲綢之路》，中國社會科學出版社，2002年9月）
宮廷鬥爭
當時，元順帝年邁倦勤，以高麗人後奇氏和太子愛猷識里答臘為首的太子派，逐帝左右，廣樹私人，與以擴廊帖木兒為首的諸帥派，展開劇烈的爭奪最高統治權的鬥爭，幾經反覆傾軋，矛盾達到白熱化。這場鬥爭直接牽動到當時全國最大的海港——泉州。泉州港巨額的課稅和舶來商品，成為兩派劇烈爭奪的對象。
首先，起用在泉州經商的阿拉伯、波斯巨商，只要他們向政府交納額定的舶來貨品和額定課稅，就可授官，掌握實權。
如明·嘉靖《惠安縣誌·卷13·人物·元盧琦》載，正當“興、泉方用師”的混亂之際，惠安人盧琦受帥府命“參軍事往來二郡（興化、泉州）”。至正十九年（1359年），盧琦又以年勞擢福建行省照磨鹽課司提舉，秩八品。這時，泉州港“有蕃商以貨得參省，勢震中外，脅戶部令下四鹽場引自為市。琦曰：‘是上虧國課，下毒亭民，吾腕可斷，牒不可署。’竟堅臥不顧。”（參見泉州歷史網《泉州人名錄·盧琦》）
所謂“參省”，即《元史·卷85·志第35·百官1·參議中書省事》的“參議中書省事”，是職“秩正四品。典左右司文牘，為六曹之管轄，軍國重事鹹預決焉。”這位蕃商的權力之大，竟達到能夠“脅戶部令下四鹽場引自為市”的地步。
其次，起用私人，消滅異己。福建行省平章政事燕只不花者，皇太子私人之一也。為表彰燕只不花在福州驅逐賽甫丁和在泉州利用那兀納殺阿迷里丁的功績，至正二十四年（1364年），皇太子賜他“忠孝文武”四個大字，而燕只不花則“摹勒皇太子所賜忠孝文武”於福州烏石山摩崖之陽，以紀“儲皇之恩賜”。（陳棨仁：《閩中金石錄·卷12·烏石山東壁亭記》）
過程
這場戰亂分兩個階段：
⑴至正十七年（1357年）到至正二十一年（1361年），波斯人、義兵萬戶賽甫丁與同為波斯人、可能也是義兵萬戶的阿迷里丁，在泉州發動兵亂。
⑵至正二十二年（1362年）到至正二十六年(1366年)，掌握泉州市舶的那兀納勾結蒲壽庚（參見《泉州人名錄·蒲壽庚》）的後代，在泉州發動第二次兵亂。
賽甫丁、阿迷里丁掌權階段
戰亂的第一階段是以賽甫丁、阿迷里丁為主導的亦思巴奚軍占據泉州、攻占福州以及參與興化、惠安一帶宗族的內戰，時間為1357年至1362年間。
占領福州
1359年（至正十九年）正月，安童和三旦八將原興化路自立為興化分省，下轄莆田縣、仙遊縣、興化縣一共三縣，由安童任參政、三旦八任平章，擴軍備戰。二月，賽甫丁也率亦思巴奚軍北進福州，經過興化時與三旦八的部隊會合，兩軍總計數千人共同北上。賽甫丁還留下一支小股部隊駐守興化，與鎮守興化的安童部隊協同防守。此時，亦思巴奚軍和興化的安童、三旦八仍是同盟的關係。北上的泉州、興化聯軍順利的攻下福州，扶持普化帖木兒控制了省城福州的大權。而賽甫丁則率這一部的亦思巴奚軍長期駐守在福州。
阿迷里丁進攻興化
1359年亦思巴奚軍北上取福州的同時，留守興化的那支亦思巴奚軍卻與安童的興化部隊發生了矛盾，起因是安童麾下的興化兵對亦思巴奚軍表示不服並常常進行挑釁。留在泉州的阿迷里丁得知情況之後，就佯稱北上支援福州，在至正十九年（1359年）三月率泉州的亦思巴奚軍主力北進，在經過興化路城的時候準備趁機將其占領。安童了解到阿迷里丁的企圖，便採納漳州總管陳君用等人的計策，關閉興化城門並在城頭駐兵、在西門外聚集烏合之眾佯作軍隊，試圖以此阻嚇亦思巴奚軍。當時尚在福州的三旦八連忙趕回興化，在城外勸阿迷里丁退兵，但反被拘禁。隨後，阿迷里丁開始強行攻城，縱火焚燒城門，而安童守軍則在城上用水滅火，雙方用弓箭互射，僵持了一天不分勝敗。第二日，亦思巴奚軍從城西發動進攻，先用弓箭手射退靠近山丘較矮的城牆上的守軍，再由數百名士兵攀牆而上，一舉攻陷了興化路治莆田城，並縱兵屠殺搶掠莆田縣近一個月，其間興化各地鄉族紛紛組織武裝以進行防禦。
莆田城破之時安童成功逃到仙遊，但他的妻子和財產都被亦思巴奚軍獲得。不久，安童又在興化縣龍紀寺重新組織部隊進行反攻，而亦思巴奚軍也因為莆田當地民眾反抗而缺少支持，到了四月，阿迷里丁就帶領俘獲的三旦八、安童的妻子和強擄來的興化男性人口回到泉州。還有一種說法稱莆田民眾不堪亦思巴奚軍騷擾而群起反抗，阿迷里丁只得在夜間逃回泉州。亦思巴奚軍撤走後，原興化路同知惠安人柳伯祥進入莆田城安置百姓。
興化內戰
亦思巴奚軍退出興化後，興化即陷入內戰，各政要和豪強家族相互攻伐。1360年（至正二十年）正月，興化路推官、莆田縣莆禧人林德隆率鄉兵從黃石出發，攻占了路城莆田，將時任府判的柳伯祥驅逐，而與柳伯祥同為惠安人且有聯姻關係的豪族陳從仁則率其鄉兵從另一個方向進入莆田。由於兩派勢力都很強大，興化分省長官苫思丁就將二人都授與官職，陳從仁在當年秋季被任命為興化路同知，而林德隆則在冬季被任命為興化路總管，二者手中都有軍隊。林、陳二人矛盾日益加深，到了1361年，陳從仁和他的弟弟陳同（一說為其侄兒）與苫思丁聯手對林德隆發動襲擊，以圖謀不軌的罪名將其逮捕入獄，並暗中用沙袋壓死，對外宣稱林德隆是病死的，還將他的屍體焚毀，並派兵把林德隆的財產瓜分。林德隆的長子林珙（也做林琪）逃往福州、求援於賽甫丁，次子林許瑛（也作林瑛）則逃到泉州求援於阿迷里丁，兩人都答應幫助林家，於是數次派使者到興化，要求苫思丁懲辦陳從仁。得到亦思巴奚軍支持後，1361年（至正二十一年）四月，林珙率其鄉族民兵進駐湖頭等地，阿迷里丁又派兵進攻惠安一帶的陳同部隊，二者一南一北形成夾擊。苫思丁懾於亦思巴奚軍的強大，只好與之密謀，在興化分省的後堂誘殺陳從仁，並以圖謀不軌的罪名肢解了陳從仁的屍體。此時阿迷里丁的部隊已經到達仙遊縣楓亭鎮，而林珙部隊也進抵黃石，苫思丁就將陳從仁的首級和手臂分別送至兩軍，二者方才退兵。而馳援來救陳從仁的陳同在莆田城南門外聽聞陳從仁的死訊後，便逃往漳州投奔漳州總管羅良。亦思巴奚軍隨後護送林珙到興化繼任其父的興化路總管職務。不久後苫思丁調回福州，元朝政府派遣參政忽都沙、元帥忽先管理興化分省。
陳同在漳州得到羅良的支援，後又潛回惠安聯繫姑父柳伯順（柳伯祥之弟）。1361年六月，陳同帶領漳州援兵乘船由海路抵達家鄉惠安，並攻下惠安縣城，在殺死縣吏後，強迫惠安縣民眾入伍，並和柳伯順的民兵部隊聯手出兵興化，為陳從仁復仇。陳、柳聯軍不久就在仙遊楓亭擊敗了劉希良、林子敬、陳縣尉等人率領的林珙軍，並由柳伯順及其麾下的楊九、黃國輔一路追擊到莆田吳山、下林等地，沿路多有燒殺行為發生。為了順利攻下莆田城，陳、柳方面利用了興化路掌握軍權的忽先和掌管政務的忽都沙之間的矛盾，暗通忽先，在七月時裡應外合攻陷莆田城，由杜武惠、胡慶甫、林全、李德正等部將帶兵由莆田西門進城，脅迫忽都沙交出政權、並下令莆田軍民討伐林珙。隨後，林許瑛再度逃往泉州求援，阿迷里丁派扶信率領亦思巴奚軍於八月猛攻莆田，驅走了柳伯順。九月，亦思巴奚軍進城並迎林珙回城，扶信自稱元帥，林珙自稱總管（也有說以林瑛為總管的）。而柳伯順則逃往興化縣、忽先逃回福州。另一路亦思巴奚軍在麻哈謀帶領下攻占仙遊，胡興祖、上官惟大則進兵興化縣進攻柳伯順，至此，戰火燒至興化路全境。
那兀納掌權階段
戰亂的第二階段是那兀納通過兵變取代阿迷里丁而占領泉州，並割據泉州直至被陳友定的軍隊消滅。
那兀納兵變
扶信率亦思巴奚軍主力北上進攻興化之後，泉州城防守變得空虛，到了1362年（至正二十二年）二月，原泉州市舶司提舉、蒲壽庚的孫婿、遜尼派穆斯林那兀納趁機發動兵變，襲擊並殺死了阿迷里丁，並在泉州大肆搜捕阿迷里丁的親信黨羽，將亦思巴奚軍置於自己的控制之下，成為了泉州的統治者。而當時帶兵在興化的扶信只得到福州投靠賽甫丁，而賽甫丁仍然扶持林珙為興化總管。
到了1362年4月，元朝委任燕只不花接替調往江浙的普化帖木兒任福建行省平章政事，但駐守福州的賽甫丁卻緊閉城門、拒絕讓燕只不花進入。燕只不花於是調集包括陳友定的部隊在內的福建各路兵馬合攻福州，林珙的興化軍隊也在徵召之列，但林珙藉故推脫，燕只不花就調江西行省左丞余阿里到興化負責防禦事宜。屢敗賽甫丁，並將福州城圍困長達三個月，賽甫丁最終接受調停，率軍登船從海路離開福州回到泉州，而福建行省參政觀音奴還在賽甫丁和扶信上船之後襲擊尚未登船的亦思巴奚軍士兵數百名，賽甫丁從此失勢。
那兀納對泉州的統治
那兀納在泉州用殘忍的方法統治和搜刮人民，甚至用強奪的方式斂財，並將許多抗拒的民眾殺死，藉此得以聚斂大量財富，他把泉州所有的非蒙古人的官員全部驅逐，還從民間遴選了大批女子作為他的妻妾，以觀看這些女子撿取他撒於樓下的金豆為樂。他還興建了極為華麗的清真寺，將搜到的財物積存於寺中，生活驕奢淫逸。政治上，那兀納一開始與福州的燕只不花有著一定的默契，以此對抗其他勢力，甚至牴觸元朝中央政府。1364年至1365年，元朝政府設定興化分省、興泉分省和泉州分省的計畫都被那兀納和燕只不花破壞，1365年（至正二十五年）十月，那兀納甚至直接和奉元朝皇太子之命從大都來福建設定興化、泉州分省的福建行省左丞觀孫發生衝突，陽奉陰違，拒絕服從元朝中央政府的命令，最後逼迫觀孫離職。
興化內戰漸息
在興化的問題上，那兀納延續了阿迷里丁對抗陳同、柳伯順家族武裝的政策。泉州那兀納兵變發生之後，柳伯順和陳同又於1362年（至正二十二年）三月伺機發動反攻，分別攻克興化縣和仙遊縣，柳伯順又強迫興化縣民眾入伍，準備和陳同夾攻莆田城，但陳同爽約，柳伯順部隊只得單獨進攻莆田城寧真門，守城的林珙方面軍心畏懼、陷入困境。這時恰逢亦思巴奚軍的兩個騎兵從泉州抵達莆田，林珙就利用這兩位番軍騎兵打頭陣，率領莆田軍隊出城迎戰，謊稱是泉州亦思巴奚大軍來援。柳伯順的部隊信以為真，準備不足，因而大敗而歸，士兵陣亡上千人。當年六月，柳伯順再次驅遣興化縣民兵進攻莆田縣，但再次慘敗，損兵上千。由於兩次進攻莆田的企圖都告破滅，柳伯順便領兵盤踞在興化縣，不輕易出擊
燕只不花占領福州後，委任余阿里到莆田城管理興化分省，不久，又由參政鄭旻接替余阿里。鄭旻著手調解林、陳兩家的世仇，終於讓林珙離開莆田城，返回其家鄉莆田縣莆禧，並讓陳同、柳伯順停止軍事行動。雖然停火，但興化路依然形成了四分的局面，柳伯順割據興化縣、陳同盤踞在仙遊縣、林珙和林許瑛則擁有莆田縣的新安里、合浦里等十幾個里，而鄭旻所管轄的興化分省實際上只控制著莆田城及附近幾個里的很小的範圍。
雖然林、陳兩家族停火，但在仙遊縣卻又有新的家族武裝衝突發生。1362年五月，在陳同和柳伯順發動對林珙的反攻之後，又率領一千多士兵進攻仙遊謝岩的豪族謝必恭家族，以報復當初謝氏家族拒絕兵敗的陳、柳二人借兵借糧的請求。陳、柳軍隊順利攻下謝岩，並劫掠了謝家的人口、財產，焚毀其房屋。為了報仇，謝必恭於1362年十一月從尤溪縣招募一百多名亡命之徒進攻陳同轄下的仙遊縣，但在龍華寺被鎮撫詹伯顏所擊敗。一年之後的1363年十二月，謝必恭又聯合土官鄭深甫、錢鑒等率領兩百多名尤溪民兵從九座山間道進攻仙遊縣，柳伯順親自率領部隊在廉潔里擊敗謝氏軍隊，並追擊到柘山、俘獲了謝必恭，最後在龍華寺將謝必恭毒死
那兀納進攻興化
1363年十一月，那兀納派遣部將博拜（又作白牌）、大闊先攻陷陳同據守的惠安縣，然後又攻陷了仙遊縣以搜捕陳同，並將軍隊駐紮于楓亭，之後繼續向興化縣的柳伯順進攻，兵臨龍紀寺，在搜尋柳伯順無果之後返回，駐紮在楓亭。1364年正月，那兀納指責興化分省長官鄭旻串通陳同、柳伯順，因而引兵進逼興化路城莆田，在撤換官員、殺死柳伯順所派的官吏之後，才在福建行省左右司員外郎德安的要求下於二月撤軍。1365年三月，福建行省左丞貼木兒不花被委任主持興化行省，前攝分省事郎中德安作為他的參贊，這一安排再次引發那兀納的不滿，他以追取軍儲為藉口派泉州官員和其麾下的湖州左副奕軍三百人進入莆田城，橫行內外，最後逼帖木兒不花回到福州，而德安則以郎中之職留在興化，這時那兀納方才撤軍。十一月，元朝皇太子再度派前左丞觀孫前往興化、泉州負責分省事宜，但福建行省平章燕只不花為阻止元朝中央政府的插手，暗地裡命令興化的德安想方設法拒開觀孫。於是德安召集了大量民兵，連同福建行省派來的孟孫兩同僉兵合力據守興化。為了增強實力，德安又向泉州那兀納求兵，於是那兀納就派通事哈散、惠安縣尹黃希善帶領正規軍和民兵部隊進抵莆田城下，這時哈散又想趕走兩同僉兵，於是雙方爆發衝突，同僉兵擊潰了泉州部隊。因為害怕亦思巴奚軍的報復，莆田全城百姓連夜逃走，連德安也在次日離開。不久，哈散、黃希善、馬合謀、白牌就帶領亦思巴奚大軍入城，又還縱兵搶劫涵江、江口、新嶺，甚至把戰火燒到了福清的蒜嶺、漁溪、宏路一帶，所到之處燒掠一空，這些行為引發了興化人對亦思巴奚軍的強烈仇恨。同時，陳同和柳伯順開始轉向福建行省政府尋求支持，行省派兵進駐常思嶺，並派左丞鄭旻、郎中易里雅思勸白牌等將軍退兵，但白牌等拒絕服從行省命令，直到那兀納下令撤軍，才率部返回泉州。
1366年正月，白牌、金阿里等又率領亦思巴奚軍攻陷興化縣、仙遊縣進行殺掠。此時，連林珙也開始與陳同、柳伯順和解，決定共同對抗那兀納，1366年二月，林珙、柳伯順聯兵，派李佛保、許應元突襲並攻占了亦思巴奚軍哈散、黃希善占據的莆田城，殺死數十名番兵、俘獲哈散並押往林珙所在的莆禧處決，又派杜武惠脅迫一千名民工修築涵頭寨。仙遊的白牌、馬合謀在聽說路城失守後就撤回泉州。那兀納隨後出兵反擊，於三月由楓亭經沿海一線北上，亦思巴奚軍在博拜、麻哈謀、金阿里等率領下再度占領興化、仙遊兩縣，並在吳山向林珙發動進攻。林珙據守蠣前寨，而林許瑛則由海路增援，但白牌、馬合謀、金阿里在海上大敗林許瑛部隊，並進兵攻陷莆禧，繳獲了林許瑛的妻子和財產，並將林氏的祖墳、房產、營寨全部毀掉，還在笏石以南兩半島的新安、武盛、奉國、醴泉、合浦一帶燒殺搶掠。孤立無援的林珙只得撤退。
結果
結果亦思巴奚軍發動內亂、對抗福建行省的行為迫使行省官員決定完全消滅那兀納勢力。1366年三月，白牌、馬合謀、金阿里轉攻柳伯順鎮守的莆田城，進兵熙寧橋，包圍了莆田東南西北四門，只有寧真門沒有遭到進攻，莆田形勢危急。早先曾在閩西與紅巾軍作戰的陳友定的精銳部隊接到福建行省的命令，被調往興化增援柳伯順部。陳友定派遣其子陳宗海率軍於1366年四月連夜從寧真門潛入莆田城，並在次日從西門、南門出城對圍城的亦思巴奚軍發動進攻，這批訓練有素的正規軍迅速擊潰了亦思巴奚軍，在這場戰鬥中，亦思巴奚軍有數千名士兵陣亡，白牌、馬合謀、金阿里也被俘殺，剩餘的士兵疲於奔命，卻在沿途不斷受到對其恨之入骨的興化農民的襲擊，最終僅有4名騎兵回到泉州。
莆田之戰獲勝後，陳宗海立即著手組織對泉州的總攻。五月，陳宗海調發元朝水陸兩路軍隊，水路部隊由林珙帶領，而陸軍在柳伯順部隊配合下由北面向那兀納的大本營泉州發動進攻，而那兀納則強征民眾入伍，以抵抗元朝軍隊。陳宗海軍的監軍陳鉉原是泉州洵美場司丞，他暗中聯絡晉江縣尉龔名安、千戶金吉等人做接應。金吉也是色目人，屬於什葉派穆斯林，因而對遜尼派的那兀納有不滿。在泉州之戰開始後由龔名安率水軍進入東山渡，並引導陳宗海的水軍進攻泉州城，而金吉則在城內打開城門迎接。在裡應外合之下，那兀納最終兵敗被擒，並被押往大都（也有說押往福州的）。亦思巴奚兵亂以元朝政府軍成功鎮壓亦思巴奚軍，平息興化、泉州一帶的戰亂並重新控制泉州而結束。
影響
持續10年的“亦思巴奚戰亂”，嚴重地破壞了福、興、泉沿海一帶的社會秩序、經濟生產和人民生活，泉州地區受害尤為嚴重。
貧困飢謹
泉州是兵亂的爆發點，“郡城之外，莽為戰區”（《島夷志略·吳鑒序》），農業生產遭受嚴重破壞，造成民眾貧困飢謹，出現前所未有的“食人”悲劇。
當時泉州開元寺高僧大圭《夢觀集·吾郡》（參見《泉州人名錄·大圭》、《泉南著述·夢觀集》）生動真實地描述：“吾郡從來稱佛國，未聞有此食人風。凶年競遣心術變，末俗何由古昔同？市近袛今真有虎，物靈猶自避生蟲。諸公食肉無充半，急為饑民散腐紅！”
文化浩劫
泉州自古號稱“文章之藪”，是文明之邦，典章載籍浩瀚，在這次兵亂中遭受空前浩劫。宗教文化也慘遭摧殘。因教派對立，許多清淨寺宇毀於戰火，僅存通淮街艾蘇哈卜大寺一座。何喬遠（參見《泉州人名錄·何喬遠》）慨嘆：“蒲氏之變，泉郡慨遭兵火，無復遺者”（陳懋仁《泉南雜誌·下卷》）。
民族仇殺
泉州廣大人民備受蒲壽庚家族的壓榨和“亦思巴奚戰亂”的蹂躪，亦思巴奚軍在兵亂期間對福建沿海莆仙、泉州兩郡的漢族百姓多有殺戮，對泉州、興化一帶的社會經濟產生了極大的破壞，百姓飽受戰亂，死傷無數，尤其在那兀納統治泉州期間大肆搜刮財產和姦淫漢人民女，屠戮泉州漢人，對泉州社會造成重創 。在平叛戰爭中和亂定之後，激起民族復仇情緒，致使許多在泉州的阿拉伯、波斯的商人、傳教士和暴徒，遭到報應。
《清源金氏族譜·麗史》稱：“是役也，凡西域人盡殲之，胡發高鼻有誤殺者，閉門行誅三日。”“凡蒲屍皆裸體，面西方……悉令具五刑而誅之，棄其哉於豬槽中。”
《清源金氏族譜·麗史》又載，洪武七年，明·太祖鑒於“亦思巴奚”禍亂，在大赦天下的詔旨中特別規定：“獨蒲氏餘孽悉配戎伍禁錮，世世無得登仕籍”。
海交沒落
宋、元時代，泉州港的海外交通貿易非常繁榮，是當時全國最大的海港。“亦思巴奚戰亂”的直接後果，就是外商死的死，跑的跑，紛紛回國，不敢再來泉州貿易。中國政府也“嚴加取締”，從此番舶不敢進港，商賈不敢抵泉，外商絕跡，盛極一時的泉州港元氣大損，一躍不振，降為私商活動和華僑出國的地方性港口。
評價
對於亦思巴奚戰亂，歷代各方的學者大多都持否定的態度，認為它造成了生靈塗炭、民族仇殺、人口減少、經濟衰退、泉州港盛極而衰的嚴重負面影響。 但對其起因和性質，學界則有不同的看法。代表明代官方學者觀點的《元史》把亦思巴奚兵亂認為是一場反對元朝政府的叛亂事件 。而現代一些研究者認為亦思巴奚戰亂乃是元末福建政府和地方豪強之間爭權角力引發的，是由福建行省平章政事（稱為“省”）和廉訪使（稱為“憲司”）之間爭奪權力的“省憲構兵”所引發，繼而進一步引起地方豪強的爭戰。也有人將亦思巴奚戰亂歸因於泉州遜尼派穆斯林和什葉派穆斯林之間的教派衝突，而戰亂前後都伴隨著兩大教派間的衝突乃至殺戮 。還有一種說法是亦思巴奚軍意在反叛元朝，是波斯人企圖以泉州為基地建立亦思法杭國的事變，這種說法在史學界也頗具影響力 。另外一種說法是亦思巴奚兵亂是元朝宮廷鬥爭在福建的反映，是元順帝朝廷中以闊廓帖木兒為首的老帥派與以太子識里答臘為首的太子派之間為爭奪元朝最大港口泉州的巨額商業利益而引發的派系鬥爭、而亦思巴奚軍諸首領僅是宮廷鬥爭的工具甚至犧牲品 。也有人將此戰亂歸結為泉州色目人對元朝政府壓迫的反抗 。
爭議
關於“亦思巴奚”釋義有多中解釋。
蕃號說
張星烺認為，亦思巴奚“乃蕃號也，非名。”（張星烺《中西交通史料彙編·第四冊·古代中國與伊蘭之交通》，輔仁大學叢書第一種，1936年）
關於亦思巴奚軍名字里“亦思巴奚”的意義，史學界說法不一。有人認為亦思巴奚來源於波斯語的“سپاه”（ sepâh），即民兵、騎兵的意思，或是其派生詞，也可能是波斯語“義兵”之意，有別於正規部隊。
朱維乾《元末蹂躪興、泉的亦思法杭兵亂》（泉州文史，第一期，1979年）、莊為璣《元末外族叛亂與泉州港的衰落》（泉州文史，第四期，1980年）認為，亦思巴奚是波斯名城亦思法罕，即今伊朗首都德黑蘭東南的波斯古城“伊斯法罕”城。
民兵、騎兵說
1953年，日本學者前島信次認為：“亦思巴奚”，同由波斯文“亦思丁”（意即“軍隊”）派生出來的一個詞，很可能是“亦思巴奚泉州”（ISpah-i-ehuanchou），與意“士兵”或“騎兵”的單詞“思巴奚”(Sipahi)有關聯。（日本·前島信次《元末泉州的回教徒》，東洋文庫英文紀要·第32卷，1974年版）
努爾《亦思巴奚》一文據波斯語詞典提出，亦思巴奚為波斯語“亦思巴呵”、“巴思呵”，意為民兵、騎兵。（《泉州伊斯蘭教研究論文選》）
義兵說
吳幼雄《論元末泉州亦思巴奚戰亂》認為：“所謂‘義兵’，是為保衛元朝政府，根據臨時需要而組建的地方武裝”，是“鄉兵、民兵之類”。“‘義兵’之含義與波斯語‘亦思巴奚’的意義相近。則知所謂‘亦思巴奚’為波斯語的音譯，而所謂的‘亦思巴奚戰亂’，即由波斯人萬戶賽甫丁、阿迷里丁等人為首的‘義兵’加入其中之戰亂。”（中國航海學會、泉州市政府編：《泉州港與海上絲綢之路》，中國社會科學出版社，2002年9月）
陳達生亦同意“義兵”說。他援引前島信次的考證，指出“亦思巴奚”的外文音譯，是指以僑居泉州的穆斯林為主力軍隊的稱號。又考證“亦思巴奚”是阿拉伯語的波斯外來語，其意有三，即：民兵、義兵、騎士、特種部隊騎士、特種部隊騎兵之意。而“義兵”是元廷根據需要臨時組建的民兵、鄉兵，有別於正規部隊。（陳達生《“亦思巴奚”名稱小考》，泉州歷史研究學術討論會論文，1982年油印本）
