歷史沿革
1956年6月，交通部部務會議決定成立水運科學研究院籌備處，辦公地點定於北京市交道口南大街交通部大樓後附樓（北兵馬司一號）。
1957年，交通部水運科學研究院船型和船舶動力、船舶駕駛兩專業遷往上海，港工專業遷往南京，辦公地點遷至北京東四前炒麵胡同33號。
1958年，交通部水運科學研究院更名為交通部水運科學研究所。
1959年3月，交通部水運科學研究所辦公地點遷至國子監特54號。
研究院1960年，交通部水運科學研究所與公路研究所合併成立交通部科學研究院，辦公地點遷至學院東路5號院內北樓和東樓。
1972年，交通部科學研究院與鐵道部科學研究院合併成立大交研員，辦公地點遷至西直門外大柳樹北原鐵道部科學研究院內。
1980年12月，主體辦公地點遷回西土城路8號院臨時建築木板房內。
1981年，交通部水運科學研究所從交通部科學研究院分離，獨立為局級單位。
1983年，交通部批准設立經濟管理研究室等12個科室，定員400人。
1985年，交通部批准設立交通部環境監測總站。
1986年，交通部批准設立18個單位科室，定員450人。
1987年，交通部同意將北京交通管理幹部培訓學院在大興縣安定鎮原址的土地和設施劃歸交通部水運科學研究所，用於建設試驗場。7月，搬入西土城路8號院新建科研樓部分樓層。
1993年，交通部批准設立20個科室和3個直屬單位，定員535人。
1996年，交通部決定將交通部環境監測總站從水運所劃出，成立交通部環境保護中心。
2005年，水運所更名為交通部水運科學研究院。
2009年，交通部水運科學研究院更名為交通運輸部水運科學研究院
2010年1月，研究院自建的科研樓擴建工程竣工，原科研大樓進行改造，8月，科研樓改造工程竣工。
2011年，交通運輸部批准設立7個內設機構和14個院屬機構，定員490人。
2015年，交通安全質量管理體系審核中心、交通運輸部環境保護中心和中國海事服務中心由部海事局管理成建制調整為交通運輸部水運科學研究院管理。
組織體系
人員編制
全國港口標準化技術委員會2017年度年會據2017年12月研究院官網顯示，全院在職職工1022人，院本部408名編制內職工中，科研人員372人，占91%；碩士以上學歷281人，占69%；副研究員和高級工程師以上179人，占44%；擁有一批行業知名專家，其中部長決策諮詢組成員1人，部專家委員會委員2人，國家有突出貢獻的中青年專家1人，新世紀百千萬人才工程國家級人選3人，交通運輸部“十百千人才工程”第一層次人選4人，交通運輸部青年科技英才10人，享受國務院政府特殊津貼47人次，入選國家和部級專家庫153人次。
國家有突出貢獻的中青年專家：蘇國萃
新世紀百千萬人才工程國家級人選：賈大山 、喬冰 、彭傳聖
國務院特殊政府津貼專家：李揚 、喬冰 、彭傳聖 、蘇國萃 、史世武 、張鷺
交通部新世紀十百千人才第一層次人選：李揚 、賈大山 、喬冰
交通運輸部青年科技英才：賈大山 、寧濤 、喬冰 、張澍寧
全國優秀科技工作者：賈大山
全國傑出專業技術人才：賈大山
機構設定
據2017年12月研究院官網顯示，研究院設有7個機關職能部門、7個院屬支持機構、3個院管單位、13個院屬企業、5個專門工作機構、掛靠8個學術組織。
•機關職能部門
辦公室、黨群辦公室、人事處、財務處、科研處、開發處、發展建設處
•院屬支持機構
信息中心、交流培訓中心、博士後科研工作站、《水運科技》編輯部、後勤服務中心、試驗工廠、實驗基地管理中心
•院管單位
交通安全質量管理體系審核中心、交通運輸部環境保護中心、中國海事服務中心
•院屬企業
院管企業：中交網科技有限公司、水科運達交通科技開發有限公司、水科遠大交通設計院有限公司、北京交運安全衛生技術諮詢中心
部門代管企業：北京運達交通技術開發公司、北京準星工程監理有限責任公司、北京宏聯工程機械製造中心、北京水運利澤技貿公司、水運所大興勞動服務公司、北京市越洋航運技術開發公司、北京奧特康機電工程技術中心、北京市海陸信息工程公司、華洋海事中心
•掛靠單位
專門工作機構：交通運輸部水運安全評審中心、交通運輸部港口設施保全研究資訊中心、內河船型標準化工作領導小組辦公室秘書處、交通運輸部港口設施保全工作組秘書處、亞太港口服務組織秘書處
非獨立法人：港口勞動安全衛生工程試驗檢測中心、港口機械質量檢測中心、水運行業能源檢測中心
學術組織：全國起重機械標準化技術委員會臂架起重機分委會、全國貨櫃標準化技術委員會、全國港口標準化技術委員會、中國航海學會船舶防污染專業委員會、中國航海學會貨櫃運輸專業委員會、中國海航學會危險品運輸專業委員會、中國工程建設標準化協會水運專業委員會、鄭和研究會
組織機構國際交流
據2017年12月研究院官網顯示，研究院是亞太港口服務組織（APSN）秘書長單位、國際內河電子航道圖示準協調組副主席單位，依託這些國際組織平台，舉辦了多次國際研討會，承擔了多個國際合作項目；持續參與中日韓、中美、中德、中加、東北亞等交通運輸雙邊多邊合作機制；與馬士基集團、美國貿易發展署、韓國水產研究院等多個國際知名機構簽訂了合作協定或備忘錄。
科學研究
科研平台
據2017年12月研究院官網顯示，研究院建立了水運經濟形勢分析預測平台、內河航道網運行監測平台、溢油及危化品事故應急決策技術支持平台三個平台，設有2個交通運輸行業重點實驗室、5個院級實驗室、10個院級研究中心。
資質證書交通運輸行業重點實驗室：港口物流裝備與控制工工程交通運輸行業重點實驗室、貨櫃運輸智慧型化交通運輸行業重點實驗室
院級實驗室：水運安全與應急技術重點實驗室、水運職業健康 技術重點實驗室、交通節能環保技術重點實驗室、智慧型航運重點實驗室、海上溢油應急處置重點實驗室
院級研究中心：經濟政策與發展戰略研究中心、法律研究中心、安全和應急技術研究中心、環境保護與節能技術研究中心、電氣與信息通訊技術研究中心、港口工藝與裝備技術研究中心、水運工程技術研究中心、船舶運輸技術研究中心、物流工程技術研究中心、航海保障技術研究中心
研究成果
據2017年12月研究院官網顯示，交通運輸部水運科學研究院共完成各類科研項目7000餘項，獲國家級科技獎勵27項，省部級科技獎勵269項，專利178項，軟體著作權62項。研究院規劃了中國第一條國際貨櫃運輸航線，設計了中國第一套貨櫃碼頭管理信息系統，研發了中國第一隻國際貨櫃和第一台岸邊貨櫃裝卸橋等。
學術資源
•設備資源
據2017年12月研究院官網顯示，研究院資產總額19.4億元，其中流動資產10.6億元；在大興擁有一座占地208畝的大型綜合性實驗基地。
•學術期刊
據2017年12月研究院官網顯示，研究院創立出版《水運科技》、《水運科學研究》、《貨櫃運輸》、《船舶防污染》等內部刊物，按期向行業提供《水路交通決策參考》。
據2017年12月中國知網顯示，《水運科學研究》是由中華人民共和國交通運輸部主管，交通部水運科學研究院主辦的內部學術期刊，被CNKI中國期刊全文資料庫網路出版，已停刊。
資質證書
據2017年12月研究院官網顯示，研究院擁有工程諮詢資質甲級資格證書、工程設計資質甲級資質證書、建設項目環境影響評價甲級資質證書、安全評價機構資質甲級資質證書、安全生產標準化證書港口運營一級資質證書、安全生產標準化證書水路運輸一級資質證書、交通建設工程監理企業水運機電工程專項證書、檢測中心計量認證證書、港口機械專項工程試驗檢測機構證書、通信建設工程企業安全生產合格證、質量管理體系證書等資質證書。
文化傳統
形象標識
LOGO研究院標識是一個由船錨演變的的藝術圖案。
精神文化
願景：建設中國交通運輸行業的高端智庫和世界一流的交通科研院所
機構領導
現任領導
| 職務 | 姓名 |
| 院長、黨委副書記 | 李揚 |
| 黨委書記、副院長 | 劉書斌 |
| 副院長兼總工程師 | 費維軍 |
| 副院長 | 史世武 |
| 紀委書記 | 杜殿虎 |
| 副院長兼總經濟師 | 賈大山 |
| 副院長 | 劉占山 |
歷任領導
| 職務 | 姓名 | 任命時間 |
| 交通部水運科學研究院院長 | 靖任秋 | 1956年10月 |
| 交通部科學研究院院長 | 馬奔 | 1960年12月 |
| 交通部科學研究院水運研究所所長 | 蘇寧 | 1980年7月 |
| 交通部水運科學研究所黨委書記 | 黃屏 | 1981年5月 |
| 交通部水運科學研究所所長 | 蘇寧 | 1981年5月 |
| 交通部水運科學研究所黨委書記 | 張乃人 | 1983年2月 |
| 交通部水運科學研究所所長 | 蔡慶麟 | 1983年2月 |
| 交通部水運科學研究所代所長 | 王聯忠 | 1990年3月 |
| 交通部水運科學研究所所長 | 蔡慶麟 | 1992年10月 |
| 交通部水運科學研究所所長 | 梁一如 | 1995年7月 |
| 交通部水運科學研究所所長黨委書記 | 傅洪義 | 1995年7月 |
| 交通部水運科學研究所所長黨委書記 | 王永明 | 1998年10月 |
| 交通部水運科學研究所所長 | 胡平賢 | 2001年11月 |
| 交通部水運科學研究院黨委書記 | 李良君 | 2006年9月 |
| 交通運輸部水運科學研究院院長 | 張寶晨 | 2010年8月 |
