發展歷史
1960年，原交通部水運科學研究所和交通部公路科學研究所合併，成立交通部交通科學研究院。
1972年，交通部交通科學研究院與鐵道部鐵道科學研究院合併。
1975年，兩院又隨部委改革而分開。之後，交通部交通科學研究院定名為“交通部科學研究院”。
研究院活動“文革”結束後，交通部對直屬科研機構進行了調整。
1978年8月，將原由交科院領導的交通部科學技術情報研究所、交通部標準計量研究所等改為由部直接領導。
1981年4月，將交科院的水運、公路兩所獨立，定名為交通部水運科學研究所和交通部公路科學研究所，重慶分院改名為交通部重慶公路科學研究所，三個研究所均改由部直接領導。交通部科學研究院的職能劃歸部科技局，其名稱保留，與部科技局一個機構、兩塊牌子，部科技局歸口管理科技工作及京內外科研單位。
1989年9月，部決定恢復交通部科學研究院，院按照“三定”方案規定的6個方面24項職能，對當時部屬14個科研所（院）進行歸口管理。
1999年底，為順應國家科技體制改革的要求，部對交科院進行了重組，原交通部科學研究院 （含長江口深水航道科學試驗中心）、交通部科技信息研究所、交通部標準計量研究所、交通部廣州信息技術研究所重組成立交通部科學研究院。
2010年1月1日，隨著交通部更名為交通運輸部，院正式更名為交通運輸部科學研究院。
科研條件
人員編制
2017年，研究院在崗職工855人，其中，事業編制426人，企業編制429人。事業編制職工中，專業技術人員407人，占職工總數的95.5%；正高級職稱人員56人，占專業技術人員的13.8%；副高級職稱人員214人，占專業技術人員的52.6%；中級職稱人員97人，占專業技術人員的23.8%；具有博士、碩士學位的人員分別占職工總數的23.7%、56.6%。
交通運輸部專家委員會委員：石寶林
國家級有突出貢獻的中青年專家：石寶林
財政部PPP專家庫專家：褚春超
交通運輸部“交通青年科技英才”：歐陽斌、周曉航、徐萍等
部門設定
根據2018年7月研究院官網信息顯示，研究院設有懷柔實驗基地和順義基地，其中懷柔實驗基地下設1個綜合管理辦公室、3個分實驗室、7個專業檢測室，順義基地包含3大研究平台的8個實驗室。
懷柔實驗基地分實驗室：極端氣候條件下道路結構性能衰變規律實驗室、綠色道路材料套用技術實驗室、微觀結構物化分析實驗室
順義基地實驗室：交通工程安全套用技術實驗室、瀝青分子工程實驗室、交通水土保持技術實驗室、道路路域生態學與生態修復實驗室、交通建設與運營安全實驗室、水上污染損害評估與溢油應急處置技術實驗室、RFID技術交通套用實驗室、交通物聯網工程套用技術實驗室
組織結構設備資源
根據2018年7月研究院官網信息顯示，研究院設有大型船舶操縱模擬器、水上突發事故模擬與應急輔助決策支持系統、交通環境空氣線上監測系統等大型儀器設備，其中懷柔實驗基地有公路工程類成套試驗設備200餘台（套），順義基地有儀器設備764台套，其中50萬元以上大型科研儀器設備86台。
科研成就
科研成果
2017年，研究院共有31項科技成果獲得省部級及以上獎項。其中，獲得國家科技進步獎1項，省部級科技進步獎一等獎5項，二等獎13項，三等獎12項。
2017年，研究院共出版專著28部；共發表學術論文287篇，其中SCI/EI/ISTP檢索論文25篇。
| 項目名稱 | 獎勵名稱 | 等級 | 備註 |
| 季凍區高速公路抗凍耐久及生態保護關鍵技術 | 國家科技進步獎 | 二等 | 參加 |
| 城鄉交通運輸一體化建設理論方法、政策機制與實踐套用研究 | 中國公路學會科學技術獎 | 一等 | 主持 |
| 川藏公路南線雪崩形成機制與雪崩啟動監測預警技術 | 中國公路學會科學技術獎 | 一等 | 主持 |
| 基於物聯網的城市智慧型交通關鍵技術研究與套用 | 中國公路學會科學技術獎 | 一等 | 主持 |
| 高原多年凍土高速公路建設關鍵技術 | 中國公路學會科學技術獎 | 一等 | 參加 |
| 新時期交通運輸智慧型化發展策略及路徑研究 | 中國公路學會科學技術獎 | 一等 | 參加 |
| 資料來源： | |||
學術資源
•學術期刊
學術期刊《交通運輸研究》為雙月刊，以戰略與政策、城市 交通、信息化、安全與環保、運輸與物流、工程技術為主要欄目，2017年共出版6期，每期面向交通運輸行業發行1700冊。
《交通建設與管理》2017年為月刊，共出版11期（1、2月合刊），每月面向交通行業發行3000冊。2013年被國家新聞出版廣電總局評選為“中國百強報刊”。
《運輸經理世界》2017年為月刊，2017年共出版11期（2、3月合刊），每期面向交通運輸行業發行10000冊。
《交通世界》為旬刊，以交通規劃與管理、交通工程、道路工程、橋樑與隧道工程、材料工程、工程管理為主要欄目，每月分上、中、下冊出版，2017年共出版36期（其中第1/2/3期合刊，第4/5/6期合刊），每期面向交通運輸行業發行1000冊。
人才培養
經人力資源和社會保障部全國博士後管理委員會和交通運輸部批准，於2010年9月建立交通運輸部科學研究院博士後科研工作站。
資質證書
根據2018年7月研究院官網信息顯示，研究院資質證書如下：
•船舶液貨艙計量檢定/校準（國家級）、軌道交通檢驗檢測資質認證（國家級）、套用軟體檢驗檢測資質認證（國家級）
•建設項目環境影響評價（甲級）、公路工程監理（甲級）、工程諮詢甲級資質（甲級）
•生產建設項目水土保持方案編制（四星）、生產建設項目水土保持監測（三星）
•公路水運工程試驗檢測機構交通工程專項資質、公路水運工程試驗檢測機構公路工程專項資質 （乙級）、公路工程設計（乙級）
•交通產品認證機構資格、計算機信息系統集成資質（三級）、信息安全服務資質認證 （三級）、軟體能力成熟度模型集成資質CMMI （三級）
•環保工程專業承包施工資質、檢驗檢測機構計量資質認證 （CMA）、國際互認檢測實驗室認可證書（CNAS）、財政部PPP諮詢機構庫首批入庫機構
合作交流
2017年1月7日至14日，研究院赴美國華盛頓參加了美國運輸研究委員會年會、2017年世界交通轉型國際研討會；3月16日，交通發展研究中心與德國國際合作機構（GIZ）在貴州大廈聯合召開“中德低碳交通合作項目—中國綠色低碳交通發展路線圖與情景分析”研討會；5月7日至5月13日，參加世界道路協會氣候適應戰略委員會會議；5月31日至6月2日，赴德國萊比錫參加國際運輸論壇2017年峰會；6月5日至9日，赴泰國曼谷參加國際重要陸港發展區域框架草案專家組會議；6月10日至6月18日，赴西班牙加泰羅尼亞地區萊里達市參加了全球變化下的第一屆世界水土保持會議；6月28日至6月30日，參加由沃爾沃研究和教育基金會（VREF）及交通和發展政策研究院（ITDP）舉辦的Mobilize Santiago峰會；7月赴俄羅斯莫斯科參加“SMC常溫改性瀝青工程套用技術研討會及現場測試”技術交流活動；8月31日至9月4日，赴新加坡參加了“第二屆IEEE智慧型交通工程國際會議”。
2017年6月15日，研究院與龍建路橋股份有限公司簽訂戰略合作協定；11月20日，研究院與人民交通出版社股份有限公司簽訂戰略合作協定；12月13日，研究院與安徽省交通科學研究院簽訂戰略合作協定。
文化傳統
•院徽
院徽•文化活動
根據2018年7月研究院官網信息顯示，研究院舉辦了“展交科人風采 我為黨旗增輝”演講比賽、羽動青春春季羽毛球、2018年老幹部迎春茶話會、冬日戶外健走、三八婦女節等活動，豐富員工的業餘文化生活。
現任領導
| 職務 | 姓名 |
| 院長兼黨委副書記 | 石寶林 |
| 黨委書記兼副院長 | 周曉航 |
| 副院長、黨委委員 | 趙之忠 |
| 副院長、黨委委員 | 崔學忠 |
| 紀委書記、黨委委員 | 陳朝 |
| 副院長、黨委委員 | 陳濟丁 |
| 副院長兼總工程師 | 王先進 |
| 資料來源： | |
