側重於某一個性狀，此性狀只有在二個以上的非等位基因共存時才會表現出來，這種由於互相補充而使一個性狀得以表現的非等位基因，稱為互補基因。
典型例子是W．Bateson、E．R．Saunders以及R．C．Punnett（1906）研究過的決定香豌豆花色的基因，使不同的二種白花品系雜交，結果F1花呈紫色，而F2中紫花與白花以9∶7的比例分離。這是因為二個互補基因（形成色素原體的基因和形成顯色酶的基因）分別存在於一個白花親本中的結果。
如果把豌豆冠的雞跟玫瑰冠的雞交配，子一代的雞冠是胡桃冠。子一代個體間相互交配，得到子二代，它們的雞冠有胡桃冠、豌豆冠、玫瑰冠和單冠，大體上接近9：3：3：1。假定控制玫瑰冠的基因是R，控制豌豆冠的基因是P，而且都是顯性的，那末玫瑰冠的雞沒有顯性豌豆冠基因，所以基因型是ppRR，與之相反，豌豆冠的雞沒有顯性玫瑰冠基因，所以基因型是PPrr。前者產生的配子全部是pR，後者產生的配子全部是Pr，這兩種配子相互結合，得到的子一代是PpRr，由於P與R的互補作用，出現了胡桃冠。子一代的公雞和母雞都形成PR，Pr， pR和 pr的4種配子，數目相等。根據自由組合定律，子二代應該出現4種表型，胡桃冠（P__R__），豌豆冠（P__rr），玫瑰冠（ppR__）和單冠（pprr），它們的比數為9：3：3：1。在這個例子中，P與R是互補的，形成了胡桃冠，P與r是互補的，形成了單冠，所以P與R，p與r是互補基因。
