中荷系統化學生物學聯合研究中心源於2004年中國科學院和荷蘭皇家科學院之間的合作框架協定，荷方與中國科學院大連化學物理研究所合作開展關於中藥代謝組學研究的項目。2006年9月，Bernard de Geus等人專門來連，與中國科學院簽署了中醫藥系統生物學研究計畫的合作備忘錄。同年9-10月，該計畫得到歐盟贊同，並在國家科技部建議下啟動建立聯合研究中心的程式。2007年3月中國科學院大連化學物理研究所楊勝利院士和許國旺研究員陪同時任中國科學院副院長的陳竺院士訪問荷蘭，陳院長代表中國科學院與NGI/ nWo、TNO簽署了關於開展系統生物學(代謝組學)和醫學研究的合作備忘錄，決定在中國科學院大連化學物理研究所和荷蘭Leiden大學間首先啟動針對中醫藥學和重大疾病的代謝組學合作研究，建立一個以代謝組學為基礎的系統化學生物學聯合研究中心。
在中國掛牌
作為“中荷建交35周年”的重要科技活動之一，由荷蘭駐華大使館主辦，中國科學院大連化學物理研究所承辦的“中荷個性化醫學及預防診斷研討會”於2007年7月10日下午在中國科學院大連化學物理研究所召開。其間，“中—荷系統化學生物學聯合研究中心”舉行了隆重的揭牌儀式。來自荷蘭駐華使館、荷蘭基因組研究所（NGI）、荷蘭科學院（NWO）和荷蘭套用技術研究所（TNO）、荷蘭Leiden大學和國家科技部、中國科學院、中國科學院瀋陽分院、天津藥物研究院、上海中醫藥大學、上海腫瘤所、中國科學院上海生命科學院、中國科學院上海藥物所、新疆醫科大學、中國中醫科學院、浙江中醫大學和大連化學物理研究所等近50餘位專家學者參加了本次大會。
揭牌儀式會上，中國科學院瀋陽分院王慶禮院長首先致辭，他說，生命科學是十分活躍的科學領域之一，該中心的建立是適時的和有遠見的，希望通過雙方的努力能夠在疾病早期防治、藥效評估和新標誌物發現方面有所突破。應國家商務部的邀請來華訪問的荷蘭外貿部F.Heemskerk部長在隨後的講話中談到，中國的變化令他印象深刻，未來20年，中國的發展將會顯著改變世界的經濟格局，而且會成為數個領域的領導者。國家科技部國際合作司馬林英副司長認為，中荷雙方自建交以來，合作廣泛，個性化醫學的概念與傳統中醫理論不謀而合，可為雙方提供很好的合作契機和交流平台，中-荷系統化學生物學聯合研究中心的建立，前景喜人。聯合中心成立簽字儀式前，中國科學院國際合作局邱舉良副局長首先轉達了原副院長陳竺（現任衛生部長）對中心成立的衷心祝賀，感謝中荷各方對中心成立的大力支持。邱局長表示，中國科學院將一如既往地繼續支持各方的合作。隨後邱舉良副局長、TNO副主席T.Colijn-Hooymans博士和NGI國際合作部主任Bernard de Geus博士分別代表中科院、荷蘭科學院和荷蘭套用技術研究所及荷蘭基因組研究所在三方合作協定書上籤字。簽字儀式後，中國科學院瀋陽分院王慶禮院長、中國科學院大連化學物理研究所張濤所長和荷蘭外貿部F.Heemskerk部長、TNO副主席T.Colijn-Hooymans博士等共同為聯合研究中心揭牌。
揭牌儀式結束後，聯合研究中心的J. van der Greef教授和許國旺研究員分別就未來的衛生保健模式——預防和個性化醫學及聯合研究中心的籌備情況和學科發展定位等做了報告。隨後，中荷雙方5位科學家就個性化醫學及疾病診斷方面的研究進展做了專題報告。研討會由J. van der Greef教授和楊勝利院士共同主持，與會各方表示，此次研討會的成功組織為中心的未來發展指明了方向。
在荷蘭掛牌
中荷系統化學生物學聯合研究中心2010年5月27日在荷蘭萊頓大學掛牌成立。荷蘭經濟大臣凡德胡芬、中國駐荷蘭大使張軍以及100多名中荷及其它國家的科學家參加了當天的掛牌儀式。
凡德胡芬在致辭中高度讚揚了中醫的成就。她說，2005年她擔任荷蘭教育與科學大臣時曾參觀中國中醫科學院，開始了解中醫。5年後的今天，她為中荷系統化學生物學聯合研究中心掛牌感到十分自豪。范德胡芬說：“過去幾年，荷蘭科學家和醫生對中國傳統醫學的潛力越來越感興趣。這種日益增強的興趣促成了今天歐洲第一所系統化學生物學研究中心的成立。我很自豪，中國科學家選擇荷蘭作為他們在歐洲的研究基地。”
中國駐荷蘭大使張軍說，中荷系統化學生物學研究中心的建立，是中荷雙邊友好合作的又一個里程碑。“我們也感到十分自豪，我們選擇了最好的合作夥伴。作為雙方長期文化合作的結果，在理解中國、理解中國文化、理解中醫方面，荷蘭人享有極高的聲譽。我相信，在結合了中國和荷蘭的智慧之後，我們的聯合研究將會取得巨大成功。”
中荷系統化學生物學聯合研究中心由中國科技部、中國科學院和荷蘭經濟部、荷蘭科研組織以及雙方科學家長期醞釀和組織成立。從2005年起，中科院大連化學物理所和荷蘭萊頓大學開始針對中醫藥在系統生物學和代謝組學方面開展人員交流和項目合作，並朝著建設一個系統化學生物學聯合研究中心的方向努力。在中國科技部和中科院的支持下，聯合研究中心終於成立。
中荷系統化學生物學聯合研究中心旨在利用尖端科學手段提升中藥的科學內涵，將新的知識轉化為更有效的策略來應對全球健康面臨的挑戰，促進中西方醫療健康知識的融合。
