談判結果
經過雙方反覆辯論，最後在天津山西會館簽訂了《中日修好條規》18條，通商章程33條。條約規定：“兩國既經通好，自必互相關切。”“所有沿海各通商口岸，彼此君應指定處所，準聽商民來往貿易。”“兩國所屬邦土，亦各以禮相待，不可稍有侵越。”“兩國政事禁令，各有異同，其政事應聽己國自主，彼此均不得代謀幹預，強請開辦。”“兩國均可派秉權大臣，並攜帶眷屬隨員，駐紮京師。”等。這些規定體現了平等互利，互不干涉內政的原則。
總體上說，《中日修好條規》是一個基本上平等的條約，它的簽定標誌著中日關係進入到一個新的時期。
中日修好條規條約影響
《中日修好條規》簽訂後，日本獲得了與中國“比肩同等”的地位，為打開朝鮮大門創造了極為有利的條件。同時，借換約之機，日本探知中國與朝鮮的宗藩關係的實際內容：“中國對於朝鮮，雖與冊封與正朔，然其內治與和戰，皆朝鮮自主，與中國無關。”朝鮮“只要循守冊封、貢獻例行之禮節，此外更與國政無關”。日本政府乘隙而入，1876年2月，迫使朝鮮簽訂《江華島條約》（日本語：日朝修好條規 假名：にっちょうしゅうこうじょうき朝鮮語：조일수호조약）率先打開朝鮮的大門，否定了朝鮮對清朝的宗藩關係。
日本剛開始明治維新，對外要"開疆拓土"，海上向南擴張的目標就是琉球和台灣。《中日修好條規》只是日本侵略中國的一個幌子。
條約內容
第一條 嗣後大清國、大日本國被敦和誼，與天壤無窮。即兩國所屬邦土，亦各以禮相待，不可稍有侵越，俾獲永久安全。
第二條 兩國既經通好，自必互相關切。若他國偶有不公及輕藐之事，一經知照，必須彼此相助，或從中善為調處，以敦友誼。
第三條 兩國政事禁令，各有異同，其政事應聽己國自主，彼此均不得代謀幹預，強請開辦。其禁令亦應互相為助，各飭商民，不準誘惑土人稍有違犯。
第四條 兩國均可派秉權大臣，並攜帶眷屬隨員，駐紮京師。或住長行居，或隨時往來，經過內地各處，所有費用均系自備。其租賃地基房屋作為大臣等公館，並行李往來及專差送文等事，均須妥為照料。
第五條 兩國官員雖有定品，授職各異。如彼此執掌相等，會晤移文，均用平行之禮。職卑者與上官相見，則行客禮。遇有公務，則照會執掌相等之官轉申，無須徑達。如相拜會，則各用官位名帖。凡兩國派員初到任所，須將印文送驗，以杜假冒。
第六條 嗣後兩國往來公文，中國用漢文，日本國用日本文，須副以譯漢文，或只用漢文，亦從其便。
第七條 兩國既經通好，所有沿海各口岸，彼此均應指定處所，準聽商民來往貿易，並另立通商章程，以便兩國商民永遠遵守。
第八條 兩國指定各口，彼此均可設理事官，約束己國商民。凡交涉財產詞訟案件，皆歸審理，各按己國律例核辦。兩國商民彼此互相控訴，俱用稟呈。理事官應先為勸息，使不成訟。如或不能，則照會地方官會同公平訊段。其竊盜逋欠等案，兩國地方官只能查拿追辦，不能代償。
第九條 兩國指定各口倘未設理事官，其貿易人民均歸地方官約束照管。如犯罪名，準一面查拿，一面將案情知照附近各口理事官，按律科斷。
第十條 兩國官商在指定各口，均準僱傭本地民人服役工作，管理貿易等事，其僱主應隨時約束，勿任借端欺人，猶不可偏聽私言，致令生事。如有犯案，準由各地方官查拿訊辦，僱主不得徇私。
第十一條 兩國商民在指定各口，彼此往來，各宜友愛，不得攜帶刀械，違者議罰，刀械入官。並須各安本分。無論居住久暫，均聽己國理事官管轄。不準改換衣冠，入籍考試，致滋冒混。
第十二條 此國人民因犯此國法禁，隱匿彼國公署商船行棧，及潛逃彼國各處者，一經此國官查明照會彼國官，即應設法查拿，不得徇縱。其拿獲解送時，沿途給予衣食，不可凌虐。
第十三條 兩國人民如有在指定口岸，勾結強徒為盜為匪，或潛入內地，防火殺人搶劫者，其在各口由地方官一面自行嚴捕，一面將案情飛知理事官，倘敢用兇器拒捕，均準格殺勿論。惟須將致殺情跡會同理事官查驗。如事發內地不及查驗者，即由地方官將實在情由照會理事官查照。其拿獲到案者，在各口由地方官會同理事官審辦。在內地即由地方官自行審辦，將案情照會理事官查照。倘此國人民在彼國聚眾滋擾，數在十人以外，及誘結通謀彼國人民作害地方情事，應聽彼國官逕行查拿。其在各口者知照理事官會審，其在內地者，由地方官審實，照會理事官查照，均在刑事地方正法。
第十四條 兩國兵船往來指定各口，係為保護己國商民起見。凡沿海未經指定口岸，以及內地河湖支港，概不準駛入，違者截留議罰，惟因遭風避險收口者，不在此例。
第十五條 嗣後兩國倘有與別國用兵事情事，應防各口岸，一經不知，便應暫停貿易及船隻出入，免致誤有傷損，其平時日本人在中國指定口岸及附近洋面，中國人在日本指定口岸及附近洋面，均不準與不和之國互相爭鬥搶劫。
第十六條 兩國理事官均不得兼作貿易，亦不準兼攝無約各國理事。如辦事不和眾心，確有實據，彼此均可行文知照秉權大臣，查明撤回，免因一人僨事，致傷兩國友誼。
第十七條 兩國船隻旗號，各有定式，倘彼國船隻假冒此國旗號，私作不法情事，貨船均罰入官，如查系官為發給，即行參撤。至兩國書籍，彼此如願誦習，應準互相採買。
第十八條 兩國議定條規，均系預為防範，俾免歐生嫌隙，以盡講信修好之道。為此兩國欽差全權大臣先行畫押蓋印，用昭憑信，俟兩國御筆批准互換後，即刊刻通行各處，使彼此官民鹹知遵守，永以為好。
同治十年辛未七月二十九日
明治四年七月二十九日
領事裁判權
中國在日本真正獲得的領事裁判權，是在1871年《清日修好條規》簽訂以後。1870年，日本外務大臣柳原前光鑒於中日兩國之間因沒有條約，給兩國人民商業往來造成很大不便，於是前往北京，向清政府提出締結“修好條約”。然而清政府因為深受不平等條約之苦，對訂約理由比較敏感，以“只要雙方互存信賴，則無締約之必要”為理由予以拒絕。
而時任兩江總督的曾國藩和直隸總督的李鴻章則力主修約，在曾、李二人的積極推動下，1871年9月，中日雙方在天津簽訂了以中方提出的文本為基礎的《清日修好條規》。條規共十八條，如規定“兩國指定各口，彼此均可設理事官(即領事)，約束己國商民，凡交涉財產詞訟案件，皆歸審理，各按己國律例核辦”。就這樣，兩個飽受西方列強領事裁判權侮辱的亞洲國家，互相承認了在對方國的領事裁判權。
以1872年到1886年，中日兩國相繼在對方境內設立領事館。清王朝在日本的領事館建立以後，各地有華僑戶籍的日本官府都陸續將華僑戶籍移交給中國領事，華僑登記戶籍時所收取的牌籍費，也由各華僑公所或會館收取後上繳一半給領事館充當辦公費用，而不再交給地方官府。“戶籍的移交，即意味著對華僑的管理權也一併移交，也就是說對華僑的司法裁判權，也一併移交到中國領事的手中”。在日中國人觸犯律令或發生糾紛不再受日本法律的制裁，而由駐日領事根據清朝法律定罪。
但清朝領事的裁判權，不只限於大清國民，也可以及於日本人。1879年，兩名日本人因與華人發生訴訟，被清國駐神戶兼大坂領事劉壽鏗拘押，日本兵庫縣知事特為此事照會劉壽鏗，要求釋放。至於中國領事因審案傳訊日本人，更是常有的事。華僑與日本人之間有關債務、租賃房屋等方面的糾紛，往往也由清國領事進行判決。由於擁有司法審判權，中國領事館在人員配備及建築上不得不體現出多種職能。在神戶兼大坂領事館三名師爺中，就有一名刑名師爺，十一名人員編制中，有兩名是巡捕。中國領事館甚至還有自己的“巡捕房”。如神戶兼大坂領事館曾擁有了三間總共達72平方米的拘留所。
根據《清日修好條規》，日本沒有直接對犯罪的中國人判決的權力，在逮捕和搜查方面的權力也大受限制。1878年，日本外務大臣井上指示神奈川縣(橫濱所在縣)：“除非目睹中國人吸食鴉片，否則不許進入中國人的住宅。逮捕中國人也只限於發現其可能逃逸時，在一般情況下必須通知清國領事，由領事逮捕。”1880年4月，日本方面逮捕了利用三菱郵船玄海號走私鴉片的中國人王氏、鄭氏，隨後即將引渡給中國領事。1881年4月，居住在橫濱居留地的中國人徐發，也因走私鴉片被日本引渡給中國領事。1888年，居住在橫濱居留地的中國人高炳、伍澤等與日本人私設賭場，聚眾賭博，神奈川縣政府逮捕了參與其案的日本人，而中國人高炳等則領事裁判權妨礙日本警察執行公務。中國領事羅嘉傑隨後將高炳等逮捕，將其遣送回國，並令其永遠不能來日。
儘管按照條約規定，大清與日本相互之間的領事裁判權是對等的，但在實際操作中，清王朝占據了上風。因為清王朝儘管在與列強的戰鬥中連遭失敗，但在中日甲午戰爭之前，在世人眼中，尤其是在日本人眼中，清朝還是一個一等國。1878年中國第一任駐日公使何如璋到達日本之後，很多日本上層分子都以與之交往為榮。另外，中國領事依然抱著傳統的觀念，將日本看成是蕞(音最)爾小國，把自己當成天朝上國，經常在對日交往中顯得很強硬，以而在不知不覺中擴大了自己的領事裁判權。例如1880年10月，為整頓秩序，打擊嫖娼，日本政府宣布不論國籍，只要有“賣春”嫌疑，即可由日本巡查入室搜捕。日本向各國駐橫濱領事徵求意見，各國均表示贊同，唯獨清國領事范錫朋拒不接受，提出對中國人的巡查只能由中國人進行，日本政府無權干涉。對此，日方也無可奈何，此事只能作罷。
中日甲午戰爭後1895年的《馬關條約》規定：中日兩國間所有的約章已因甲午戰爭而廢除，雙方應派代表協商通商行船條約，新定約章應以中國與歐美各國現行約章為本。也就是說，1871年賦予中國僑民在日領事裁判權的《清日修好條規》也被廢除。
日本想得到的，是歐美各國在中國的地位，也就是單方面而不是對等的領事裁判權。1896年7月，中日《通商行船條約》簽訂，其中第三款有關清國領事權力的內容規定：“除管轄在日本之中國人民及財產歸日本衙署外，各領事等官應得權力及優例，悉照通例。”第二十款有關日本領事權力的內容規定：“日本在中國之人民及其所有財產物件，當歸日本妥派官吏管轄。凡日本人控告日本人或被外國人控告，均歸日本妥派官吏訊斷，與中國無涉。”第二十二款規定：“凡日本臣民被控在中國犯法，歸日本官員審理。”可見，在這個協定中，中國領事在日本的裁判權被完全剝奪，而日本領事在中國的裁判權反而擴大，具體的體現就日本領事的權力開始及於在中國的外國人。由此，清王朝在日本的領事裁判權壽終正寢。
