中山六院現有在編職工638名，其中教授、主任醫師16人，副教授、副主任醫師59人，有博士學位25人。各臨床科室齊全，開設內、外、婦、兒、耳鼻喉、口腔、中醫等12個二級學科和28個三級學科。編制床位303張，開放床位約460張。占地面積約2.8萬平方米，業務用房2.6萬平方米。
作為中山大學的臨床教學基地，中山六院承擔了多學科的本科生、研究生以及全國各地進修生的臨床教學任務，設有博士後流動工作站點；擁有一批卓有建樹的學術骨幹、博士生導師、碩士生導師等。
中山六院消化內鏡中心是全國最優秀的內鏡中心之一，配備先進的消化道電子內鏡主機4套及電子胃鏡、十二指腸鏡、放大電子腸鏡等十餘條，擁有國內首家可經鼻超細電子胃鏡，中心內配有數字減影X光設備、大腸水療機等專科設備，大大地提高了腸鏡檢查的成功率及準確性。開展的無痛胃腸鏡受到了廣大患者的熱烈歡迎。對遠道而來，需及時做腸鏡的患者，該中心通過大腸水療，清潔腸道，無需患者住院口服瀉藥及等候時間，大大地方便了患者，滿足了患者的需要。此外，還擁有多層快速螺鏇CT、彩色B超、800mA進口X光機、C臂X光機、數位化X光機、腦地形圖、全自動生化檢測儀、骨密度檢測儀、病理冰凍切片機、動態頻閃喉鏡、人體成分測量儀等大型檢查設備，有高壓氧艙、各種康復治療儀、燒傷疤痕治療儀及電視腹腔鏡等大型先進治療設備。
中山大學附屬第六醫院（胃腸肛門醫院）首任院長、博士生導師汪建平教授現任中山大學副校長、全國結直腸肛門外科學組組長、《中華胃腸外科雜誌》主編、《外科學》教材副主編、中華醫學會理事、廣東省醫學會副會長、廣東省胃腸外科與營養支持學組組長、日本消化器外科學會員、亞洲造口康復治療協會理事及中國區主席。
中山大學附屬胃腸肛門醫院是中山大學醫科的發展戰略重點之一，其特點是以西醫為主、中西醫結合、防治結合，醫療教學科研一體化；其代表學科有食管胃腸外科、肝膽脾胰外科、結直腸外科、肛腸外科、消化內科、炎性腸病中心、腫瘤綜合治療科、消化內鏡中心和臨床營養中心等。胃腸肛門技術團隊實力雄厚、人才眾多、設備先進，能解決食管、胃、小腸、結直腸、肛門等外科領域的重大、複雜和疑難病例。胃、結直腸腫瘤、肛門直腸良性疾病的診治處於全國領先水平。胃腸肛門學術團隊共承擔各類研究項目15項，各級科研成果斐然。“直腸癌保功能手術提高患者生存質量的系列研究”榮獲2006年廣東省科技進步一等獎。
中山大學附屬胃腸肛門醫院、中山大學胃腸病學研究所和中華胃腸外科雜誌是中山六院的三大支柱，與內、外、婦、兒等友鄰科室及麻醉科、手術室、SICU等配套科室相互促進、協調發展，成為大學服務社會、服務民眾的技術陣地和學術平台。醫院與國外多個著名的胃腸疾病中心建立了長期友好的雙邊交流和合作關係，診療技術、科學研究和學術活動與國際先進水平同步。
根據廣州區域衛生的規劃和中山大學發展戰略，按照衛生部和教育部關於三級甲等教學醫院標準，醫院將用3－5年的時間，建設成為設定床位1000張，其中胃腸肛門專科設定床位400～500張，綜合學科設定床位500～600張，以食管、胃、肝膽脾胰、小腸、結直腸、肛門等的良惡性疾病診療為大專科特色的現代化綜合醫院，實現學科結構調整、服務模式創新、醫療資源共享，造福百姓和社會。
周邊公交：（員村生活區(市六醫院)站）44 284 高峰快線11 夜35
