主要職責
中國動物衛生與流行病學中心為承擔重大動物疫病流行病學調查、診斷、監測，動物和動物產品獸醫衛生評估，動物衛生法規標準和重大外來動物疫病防控技術措施研究等工作的國家級動物衛生機構，主要職責如下：
（一）負責組織開展動物流行病學調查、分析、研究和疫病普查；負責收集、處理、保藏各種動物血清，開展重大動物疫病動態監測和疫情追溯。
（二）負責重大外來動物疫病診斷、疫情監測及防控技術措施研究。
（三）負責收集國外動物疫情信息，建立國家動物衛生與流行病學資料庫，開展動物疫病預警分析工作。
（四）承擔動物和動物產品獸醫衛生評估、動物疫病區域風險評估工作，組織實施企業動物衛生認證。
（五）協調國家動物衛生與流行病學分中心、國家獸醫參考實驗室、各級各類獸醫實驗室的流行病學調查工作，分析和匯總流行病學調查相關數據，提出流行病學調查總體報告。
（六）開展動物疫病診斷技術和診斷試劑研究。
（七）收集分析國際動物衛生法律法規和SPS協定相關法規及案例，開展動物衛生法規標準研究工作；承擔動物衛生技術性貿易措施及國際獸醫事務的綜合評估工作。
（八）承擔全國動物防疫標準化技術委員會和全國動物衛生流行病學專家委員會的日常工作。
（九）完成農業部交辦的其他任務。
內設機構
中心下設16個處室，即辦公室、人事處（離退休工作處）、黨委辦公室、計畫財務處、行政處、科技與信息處、協作交流處、實驗室技術指導處、動物流行病學調查分析室、動物流行病學監測室、獸醫衛生評估室、標準法規研究室、國際獸醫事務綜合分析室、診斷試劑研究室、外來動物疫病診斷中心、中央山島動物隔離場。
