成立背景
教育科學研究所成立後，承擔了上海市重點學科——教學論（1990—1994）建設任務，取得了非常理想的效果。已經在上海市、江浙兩省建立了10多所中國小建立實驗基地，其中上海市實驗學校的實驗被國內最高層次的專家委員會鑑定為“一項具有鮮明時代特點和重大理論和實踐意義的基礎教育整體改革實驗研究成果”，並獲智慧財產權轉讓費120萬元。上海世界外國語國小的實驗成果榮獲第二屆全國教育科學成果二等獎。研究所的研究人員直接參與了這兩所學校的辦學規劃設計和教育改革指導工作，為這兩所名校的發展傾注了極大的精力。
發展簡史
自1998年以來，研究所先後承擔了全國教育科學及教育部規劃課題10多項，以及一些上海市哲學社會科學及教育科學規劃課題，還有與國際組織的合作研究項目，出版了相關學科的專著和論著。
自2001年，研究所配合學院的人事改革工作，成為一個成員自由流動的科研機構，承擔市級課題以上的科研人員自動進所開展研究工作，這既增加了科研的靈活性，又提高了效率。研究所還承擔服務基礎教育的任務，經常組織科研人員到中國小去開展教育科研指導工作，並設立上海師範大學教育學院教育科研基地。
歷任所長
歷任所長為惲昭世教授、吳立崗教授、夏惠賢教授，現任所長為陳建華教授。
