指導思想
高舉中國特色社會主義偉大旗幟，以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，深入貫徹落實科學發展觀，按照精簡統一效能的原則和決策權、執行權、監督權既相互制約又相互協調的要求，堅持以政府職能轉變為核心，進一步理順職責關係，明確和強化責任，最佳化政府組織結構，規範機構設定，完善行政運行機制，為上海加快實現“四個率先”、加快建設“四個中心”和社會主義現代化國際大都市提供機制體制保障。
基本原則
1、上下基本對應、探索大部門體制。中央要求地方政府加強的部門和強化的職能，上海要對應落實，與國務院機構改革相銜接，積極探索實行職能有機統一的大部門體制。
2、從實際出發、因地制宜。根據上海經濟社會發展需要和特大型城市功能特點，構建符合城市發展要求、具有城市特點的行政管理體制。
3、統籌兼顧、突出重點。處理好改革發展穩定的關係，做到長遠目標與階段性目標相結合、全面推進與重點突破相結合，穩妥推進；切實解決城市建設與管理中存在的突出矛盾和問題。
主要任務
轉變政府職能
按照政企分開、政資分開、政事分開、政府與市場中介組織分開的要求，全面梳理政府各部門的行政職能，將一些輔助性、技術性、服務性事務交給事業單位和市場中介組織，充分發揮市場配置資源的基礎性作用。
通過深入推進行政審批制度改革，減少審批事項，規範行政審批，更加注重社會管理和公共服務，加強為企業和公眾提供公共服務的職能，著力解決人民民眾最關心、最直接、最現實的利益問題，著力解決教育、醫療、就業、社會保障等民生問題。
通過完善行政執法體制、加強執法隊伍建設，進一步強化相關職能部門執法監督職責，提高城市危機管理能力，增強突發公共事件處置和社會治安綜合治理能力，促進社會公平正義和諧穩定。
通過推進電子政務、健全工作制度、梳理工作流程、規範工作程式、促進社會監督等方式，進一步轉變直接面向基層和民眾的“視窗”機構的管理方式和工作作風，提高政府服務水平和公信力。
理順職責關係
根據上海經濟社會發展的需要，結合特大型城市功能特點，以浦東綜合配套改革試點的探索為基礎，按照市區“兩級政府、三級管理”、郊區“三級政府、三級管理”要求，進一步理順市、區縣、鄉鎮及各行政層級工作部門間的事權關係，明確各層次的職責和許可權。
依據法律法規和黨中央、國務院的有關規定、按照一件事情原則上由一個部門負責的要求，結合市政府各部門“三定”工作，重點梳理和解決市政府部門間職責交叉和關係不順的問題，對確需多個部門管理的事項，分清主辦和協辦關係，明確牽頭部門，加強協調配合，形成工作合力。
明確強化責任
按照權責一致、有權必有責的要求，通過“三定”工作，既賦予政府各部門職權，又相應明確其承擔的責任。建立健全行政問責制度，明確行政問責的內容、形式和程式，探索過錯責任追究制度、引咎辭職制度等，進一步提高行政問責的可操作性，切實解決權責脫節的問題。
逐步健全市、區縣兩級政府部門績效考核體系，改進評估方式，提高評估透明度，實現內部評估與外部評估相結合，評估結果與表彰獎勵相結合，進一步強化崗位意識，提高行政效能。
最佳化組織結構
1．組建市經濟和信息化委員會。將市經濟委員會的工業行業管理職責、市國防科技工業辦公室的職責、市信息化委員會的職責，整合劃入市經濟和信息化委員會。掛市國防科技工業辦公室牌子。不再保留市經濟委員會、市信息化委員會。
2．組建市商務委員會。將市對外經濟貿易委員會的職責、市經濟委員會的內貿管理職責，整合劃入市商務委員會。市糧食局由市商務委員會管理。不再保留市對外經濟貿易委員會、市外國投資工作委員會。
3．將市財政局、市地方稅務局由合署辦公調整為分別設定。市地方稅務局與市國家稅務局繼續實行合署辦公。
4．組建市人力資源和社會保障局。將市人事局的職責、市勞動和社會保障局的職責、市醫療局的職責，整合劃入市人力資源和社會保障局。掛市外國專家局、市醫療保險辦公室牌子。組建市公務員局，由市人力資源和社會保障局管理。不再保留市人事局、市勞動和社會保障局。與市人事局合署辦公的市機構編制委員會辦公室單獨設定，仍列黨委機構序列。
5．將市食品藥品監督管理局由市政府直屬機構調整為部門管理機構，由市衛生局管理，其現行垂直管理體制保持不變。市衛生局掛市中醫藥發展辦公室牌子。
6．組建市城鄉建設和交通委員會。將市建設和交通委員會的職責、市農業委員會的參與指導郊區城鎮規劃建設職責、市市政工程管理局的重大工程規劃建設和資金安排等職責，整合劃入市城鄉建設和交通委員會。不再保留市建設和交通委員會、市市政工程管理局。
7．組建市交通運輸和港口管理局。將市城市交通管理局的職責、市港口管理局的職責、上海機場（集團）有限公司的空港地區行政管理職責、市市政工程管理局的路政管理職責，整合劃入市交通運輸和港口管理局。不再保留市城市交通管理局、市港口管理局。
8、組建市住房保障和房屋管理局。將市房屋土地資源管理局的住房建設管理和房地產市場調控、物業行業管理等職責，市建設和交通委員會的動拆遷管理職責，整合劃入市住房保障和房屋管理局。不再保留市房屋土地資源管理局。
9、組建市規劃和國土資源管理局。將市城市規劃管理局的職責、市房屋土地資源管理局的土地和礦產資源管理職責，整合劃入市規劃和國土資源管理局。不再保留市城市規劃管理局。
10、組建市綠化和市容管理局。將市綠化管理局的職責、市市容環境衛生管理局的職責，整合劃入市綠化和市容管理局。掛市林業局、市城市管理行政執法局牌子。不再保留市綠化管理局、市市容環境衛生管理局。
11、市海洋局與市水務局合署辦公，一個機構、兩塊牌子。
12、市環境保護局由市政府直屬機構調整為市政府組成部門。
13、不再保留市社會服務局，將其職責分別劃入市相關部門。
14、將市勞動教養工作管理局的職責劃入市司法局，調整為市司法局的內設機構。
15、市監察委員會更名為市監察局，上海口岸工作領導小組辦公室更名為市口岸服務辦公室，市旅遊事業管理委員會更名為市旅遊局。
規範機構設定
全面清理議事協調機構，同時撤銷工作任務已完成的議事協調機構。對確需設立的議事協調機構，嚴格按照有關規定進行審批，不單獨設定實體性辦事機構，不單獨核定人員編制和領導職數。
市政府機構改革後，設定44個工作部門。其中，市政府辦公廳和組成部門23個、直屬機構21個，另設定部門管理機構6個。
完善管理體制
在推進市政府機構改革的同時，著手研究區縣政府機構改革的有關問題，在市政府機構改革取得階段性成果後，重點推進區縣政府機構改革，進一步完善區縣行政管理體制。鄉鎮機構改革在試點的基礎上，2008年全面推開，年內基本完成。
控制人員編制
對人員編制實行總量控制，不突破中央核定的行政編制總額。
同一層次內，根據職能的調整，對人員編制實行實名制動態管理，進一步最佳化人員隊伍結構。
從嚴核定部門人員編制和領導職數。研究制定市級機關實施“三定”工作意見，進一步規範市政府各部門人員編制及局級、處級領導職數的核定。
改革組織實施
機構改革方案從2008年第四季度部署實施，年內基本完成。同時，抓緊制定各部門“三定”規定，科學規範部門職責。
加強對機構改革工作的組織領導，確保思想不散、工作不斷、秩序不亂、國有資產不流失，確保機構改革平穩進行和機關工作正常運轉。
