政事不分
第一類是主要承擔行政職能的事業單位，屬於“政事不分”，改革目標是逐步轉為行政機構或將行政職能劃歸行政機構。國家行政管理學院宋世明教授指出，事業單位作為行政執法的主體，會導致行政機構的“體外循環”，不利於規範執法，應當加快改革。對那些承擔行政職能且需要回歸政府機構事業單位，也應考慮與人事制度改革有機結合起來。
事企不分
第二類是主要從事生產經營活動的，屬於“事企不分”，改革目標是逐步轉為企業，走向市場。
公益服務單位
第三類是主要從事公益服務的事業單位，改革目標是整合資源，強化公益屬性，加強政府監管。據統計，目前中國有126萬個事業單位，在3千萬正式職工中，教育、衛生和農技服務從業人員三項相加，占總人數的3/4，其中教育系統人員即達到一半左右。可見，科教文衛是中國事業單位的主體。全國政協委員、中國人事科學研究院院長吳江指出，通過分類改革，事業單位將回歸公益性質，以後的事業單位將主要以公益性事業單位為主。
從事公益服務的事業單位也有很多類型，其資金投入結構上也應有所區別。國家行政學院教授竹立家說，比如公立醫院、教育機構等屬於基本服務均等化範疇的事業單位，是全民都需要的公共服務，政府應該加大投入，以政府支持為主，以糾正公益性服務的事業單位過度“市場化”，“放權過度、約束不足”等問題。而以各類基金會為代表的事業單位，服務面相對窄一些，在政府支持之外，主要依靠自籌資金，實現自身功能和發展。
而同屬於基本公共服務均等化範疇的事業單位，政府的投入力度也應根據其涉及公共利益程度而有所不同。吳江表示，一些政府和國家控制力度較強的事業單位，如涉及國家安全的研究機構、直接為國家制定政策服務的研究機構等，它們直接為國家提供服務，屬於政府購買公共產品，政府的支持力度就大些。另如同樣在衛生領域，與公立醫院相比，衛生防疫工作的“市場信號”要低很多，但卻是全民需要的基本公共服務，政府的投入力度自然就要大一些。而公立醫院的發展則要通過政府投入和社會保險等多渠道共同擔負。
