歷史沿革
根據國務院規定，管理國家中醫藥管理局。
1998年，衛生部設10個職能司（局、廳）：辦公廳、人事司、規劃財務司、衛生法制與監督司、基層衛生與婦幼保健司、醫政司、疾病控制司（全國愛國衛生運動委員會辦公室）、科技教育司、國際合作司、保健局，設機關黨委，負責部機關及在京直屬單位的黨群工作。
2003年，經中央機構編制委員會辦公室批准，衛生部內設司局進行調整，設辦公廳、人事司、規劃財務司、衛生政策法規司、衛生應急辦公室（突發公共衛生事件應急指揮中心）、農村衛生管理司、衛生執法監督司、基層衛生與婦幼保健司、醫政司、疾病控制司(全國愛國衛生運動委員會辦公室)、科技教育司、國際合作司、保健局等13個職能司（局、廳、辦）和機關黨委。
2006年，經中央機構編制委員會辦公室、人事部批准，衛生部有關內設機構進行了調整，疾病控制司（全國愛國衛生運動委員會辦公室）更名為疾病預防控制局（全國愛國衛生運動委員會辦公室），衛生執法監督司更名為衛生監督局，基層衛生與婦幼保健司更名為婦幼保健與社區衛生司。
組建國家衛生和計畫生育委員會 2013年，為更好地堅持計畫生育的基本國策，加強醫療衛生工作，深化醫藥衛生體制改革，最佳化配置醫療衛生和計畫生育服務資源，提高出生人口素質和人民健康水平，方案提出，將衛生部的職責、人口計生委的計畫生育管理和服務職責整合，組建國家衛生和計畫生育委員會。主要職責是，統籌規劃醫療衛生和計畫生育服務資源配置，組織制定國家基本藥物制度，擬訂計畫生育政策，監督管理公共衛生和醫療服務，負責計畫生育管理和服務工作等。同時，將人口計生委的研究擬訂人口發展戰略、規劃及人口政策職責劃入發展改革委。國家中醫藥管理局由國家衛生和計畫生育委員會管理。同時，不再保留衛生部、人口計生委。
機構職責
根據以農村為重點、預防為主、中西醫並重、依靠科技與教育、動員全社會參與、為 人民健康服務、為社會主義現代化建設服務的新時期衛生工作方針，衛生部的主要職責是：
（一）研究擬定衛生工作的法律、法規和方針政策，研究提出衛生事業發展規劃和戰略目標，制訂技術規範和衛生標準並監督實施。
（二）研究提出區域衛生規劃，統籌規劃與協調全國衛生資源配置，制訂社區衛生服務發展規劃和服務標準，指導衛生規劃的實施。
（三）研究制訂農村衛生、婦幼衛生工作規劃和政策措施，指導初級衛生保健規劃和母嬰保健專項技術的實施。
（四）貫徹預防為主方針，開展全民健康教育。制訂對人群健康危害嚴重疾病的防治規劃；組織對重大疾病的綜合防治；發布檢疫傳染病和監測傳染病名錄。
（五）研究指導醫療機構改革，制訂醫務人員執業標準、醫療質量標準和服務規範性並監督實施。
（六）依法監督管理血站、單採血漿站的采供血及臨床用血質量。
（七）研究擬定國家重點醫學科技、教育發展規劃，組織國家重點醫藥衛生科研攻關，指導醫學科技成果的普及套用工作；管理直屬單位。
（八）監督管理傳染病防治和食品、職業、環境、放射、學校工作，組織制訂食品、化妝品質量管理規範並負責認證工作。
（九）制訂國家衛生人才發展規劃和衛生人員職業道德規範，擬定衛生機構編制標準、衛生技術人員資格認定標準並組織實施。
（十）組織指導醫學衛生方面的政府與民間的多邊、雙邊合作交流的衛生援外工作，組織參與國際組織倡導的重大衛生活動。組織協調我國與世界衛生組織及其他國際組織在醫學衛生領域的交流與合作。
（十一）貫徹中西醫並重的方針，推進中醫藥的繼承與創新，實現中醫藥現代化。
（十二）承擔全國愛國衛生運動委員會的日常工作。
（十三）負責中央保健委員會確定的保健對象的醫療保健工作，按照規定管理中央各部門有關幹部的醫療工作。
（十四）組織調度全國的衛生技術力量，協助地方人民政府和有關部門，對重大突發疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疫情、疫病的發生、蔓延。
（十五）承辦國務院交辦的其他事項。
部門設定
部內機構
辦公廳
人事司
規劃財務司
衛生政策法規司
衛生應急辦公室（突發公共衛生事件應急指揮中心）
農村衛生管理司
衛生監督局
婦幼保健與社區衛生司
醫政司
疾病預防控制局(全國愛國衛生運動委員會辦公室)
科技教育司
國際合作司
保健局
直屬機關黨委
離退休幹部局
直屬機構
| 直屬單位全稱 | 簡稱 |
| 中國醫學科學院（北京協和醫學院） | 醫學科學院 |
| 中國疾病預防控制中心 | 疾控中心 |
| 衛生部衛生監督中心 | 衛生監督中心 |
| 中國健康教育中心（衛生部新聞宣傳中心） | 健教中心（新聞中心） |
| 衛生部統計信息中心 | 統計信息中心 |
| 衛生部幹部培訓中心（衛生部黨校） | 幹部培訓中心（黨校） |
| 衛生部衛生髮展研究中心 | 衛生髮展研究中心 |
| 衛生部項目資金監管服務中心 | 項目監管中心 |
| 衛生部北京醫院 | 北京醫院 |
| 中國醫學科學院北京協和醫院 | 協和醫院 |
| 中日友好醫院 | 中日醫院 |
| 衛生部機關服務中心 | 機關服務中心 |
| 國家醫學考試中心 | 醫學考試中心 |
| 健康報社 | 健康報社 |
| 人民衛生出版社 | 衛生出版社 |
| 衛生部醫院管理研究所 | 醫院研究所 |
| 衛生部國際交流與合作中心 | 國際交流中心 |
| 衛生部人才交流服務中心 | 人才服務中心 |
| 衛生部醫藥科技發展研究中心 | 科技發展中心 |
| 中華醫學會 | 醫學會 |
| 中華預防醫學會 | 預防醫學會 |
領導幹部
部長陳竺
黨組書記張茅
副部長黃潔夫
副部長王國強
副部長馬曉偉
副部長陳嘯宏
紀檢組長李熙
副部長劉謙
副部長尹力
副部長徐科
