Northem 印跡雜交的RNA 吸印與Southerm 印跡雜交的DNA 吸印方法非常類似，只是在進樣前用甲基氫氧化銀、乙二醛或甲醛使RNA 變性，而不用NaOH,因為它會水解RNA 的2' 一羥基基團。RNA 變性後有利於在轉印過程中與硝酸纖維素膜結合，它同樣可在高鹽中進行轉印，但在烘烤前與膜結合得並不牢固，所以在轉印後用低鹽緩衝液洗脫，否則RNA 會被洗脫。在膠中不能加EB,因為它會影響RNA 與硝酸纖維素膜的結合。為測定片段大小，可在同一塊膠上加分子質量標記物一同電泳，之後將標記物切下、上色、照相，樣品膠則進行Norther 轉印。標記物膠上色的方法是在暗室中將其浸在含5 ug/ml EB 的0.1mol/L 的醋酸銨中10min,水中脫色,在紫外光下用一次成像相機拍照時,上色的RNA 膠要儘可能少接觸紫外光,若接觸太多或在白熾燈下暴露過久，會使RNA 信號降低。
YAC DNA 較為複雜，直接進行Northerm 雜交分析難以得到可靠的轉錄子，故必須先把YAC 亞克隆為cosmid 或phage 的重疊群，以檢測到轉當順序的克隆或亞克隆再去篩選CDNA 文庫，得到CDNA 克隆。
