黑臉琵鷺是一種候鳥，沒有亞種分化，在國外見於亞洲東部的日本、朝鮮、韓國和越南等地，在我國分布於北京、內蒙古、遼寧、吉林、黑龍江、上海、江蘇、浙江、福建、台灣、山東、湖南、廣東、香港、廣西、海南、貴州等地。其中可能繁殖於東北的中部，越冬於四川、貴州、湖南、江西、廣東、香港、海南、福建、台灣等地，遷徙時經過其他地區。
黑臉琵鷺一般棲息於內陸湖泊、水塘、河口、蘆葦沼澤、水稻田以及沿海島嶼和海濱沼澤地帶等濕地環境。它們喜歡群居，每群為三、四隻到十幾隻不等，更多的時候是與大白鷺、白鷺、蒼鷺、白琵鷺、白䴉等涉禽混雜在一起。它們的性情比較安靜，常常悠閒地在海邊潮間地帶、紅樹林以及鹹淡水交匯的基圍（即蝦塘）及灘涂上覓食，中午前後棲息在蝦塘的土堤上或稀疏的紅樹林中。覓食的方法通常是用小鏟子一樣的長喙插進水中，半張著嘴，在淺水一邊中涉水前進一邊左右晃動頭部掃蕩，通過觸覺捕捉到水底層的魚、蝦、蟹、軟體動物、水生昆蟲和水生植物等各種生物，捕到後就把長喙提到水面外邊，將食物吞吃。飛行時姿態優美而平緩，頸部和腿部伸直，有節奏地緩慢拍打著翅膀。
繁殖期為每年的5—7月，但常常3—4月就來到繁殖地區。它們營巢在水邊懸崖上或水中小島上，常常二、三對一起在臨水的高樹上營巢。巢的形狀像一個盤子，主要由乾樹枝和乾草等構成。每窩產卵為4—6枚，卵是長卵圓形的，白色，上面布有有淺色的斑點，孵化期大約需要35天。新出生的雛鳥全身被有絨羽，除眼周外臉面並不呈黑色。育雛期間，雛鳥靠親鳥捕捉貝類、小魚、小蝦等食物來飼喂，一個月後即能離巢出飛，與親鳥一起活動，練習捕食等。幼鳥長大以後，隨親鳥於10—11月離開繁殖地，前往越冬地。
黑臉琵鷺歷史上在華南地區數量很多，甚至在福建沿海終年居留。但近年來開展的水鳥調查結果，卻引起了人們的高度警覺，因為它們的數量正在急劇減少，許多原來有分布記錄的地方再也見不到它們的身影了。1989年在亞洲各國的調查結果為288隻，1993—1994年冬季進行的更加全面的調查，其結果也僅有341隻，現在估計全世界的總數為500隻左右。迄今為止，它的準確的繁殖地點、遷徙路線和途中停歇的地點等仍然並不十分清楚，唯一已經確定的繁殖地位於朝鮮北部平安北道和平安南道以及韓國三八線附近西面沿海的多岩石的島嶼上，曾發現有15對黑臉琵鷺繁殖。近年來確認的比較固定的遷徙停歇地點有我國東部的江蘇、上海以及韓國的南康其窪島等地，較穩定的越冬地有台灣的西北部沿海、香港米埔、廣東的福田、廣西山口紅樹林、海南島的東港寨、越南的紅河三角洲和河口灣等地。此外，最近在吉林的向海自然保護區也發現了黑臉琵鷺，是否在該地繁殖尚不清楚。
在黑臉琵鷺的最大越冬地台灣，其西北沿海正受到工業化的嚴重威脅，香港米埔也受到了污染，越南儘管在它的越冬地建立了保護區，但仍受到連續地將泥灘改為水產養殖場的威脅。目前，黑臉琵鷺已成為僅次於朱䴉的第二種最瀕危的水禽，國際自然資源物種保護聯盟和國際鳥類保護委員會都將其列入瀕危物種紅皮書中。
作為主要越冬地之一，總面積為300多公頃的香港米埔自然保護區每年都能記錄到50隻左右的黑臉琵鷺，但隨著香港經濟的發展，不斷有開發商企圖蠶食這塊僅存的濕地，他們向港府不斷施加壓力，甚至上告法院，讓水鳥們讓出部分棲息地。在香港自然環境保護者的努力下，一次又一次勉強頂住了商界的巨大壓力，暫時保住了這塊黑臉琵鷺的越冬地。
無獨有偶，與香港米埔緊密相連的深圳福田紅樹林自然保護區以及台灣黑臉琵鷺最多的曾文溪口，也分別面臨修建高速公路和工業開發區的問題，產生了空前的人鳥爭地現象。雖然由於環保部門和鳥類保護組織的強烈反對，據理力爭，使得開發進程減緩或做出一些讓步，但人類經濟發展的勢頭，使得黑臉琵鷺等珍稀水禽的最後家園隨時都有傾覆的危險。
現在黑臉琵鷺已被列為亞洲東部各國最重要的研究和保護對象，並擬定了一項“保護黑臉琵鷺的聯合行動計畫”，其中首要的任務就是對黑臉琵鷺的繁殖地、遷徙停留地和越冬地加以完全的保護，杜絕不利的濕地轉換，禁止獵捕，合作研究其生態學和徹底調查整個種群的分布和數量。我們期望著通過鳥類保護部門和專家的共同努力，使黑臉琵鷺徹底擺脫數十年前朱䴉曾經面臨的厄運。
