演化歷史
當它們已滅絕的物種以及基群被研究時，鱷類支系(鑲嵌踝類初龍演化支)被證實是非常多樣性與高度適應的爬行動物。它們比恐龍還要古老，它們也演化成非常多樣的物種。最早出現的物種是喙頭鱷亞目動物群，出現在晚三疊紀，它們是體型修長的陸生動物，體型大小類似獵犬。在白堊紀時期，數種陸生物種演化成草食性，例如Simosuchus clarki與Chimaerasuchus paradoxus。在侏儸紀與白堊紀時期，海生的地蜥鱷科，例如地蜥鱷，演化出槳狀的前肢與類似現代魚類的尾巴。與地蜥鱷血緣相近的達克龍的頭顱，已演化成以海生爬行動物為生。在中生代與早第三紀期間，鱷形超目遠比現在還要多樣性。三疊紀時期的物種是小型、輕型、活躍的陸生動物。它們在早侏儸紀被多樣性的水生與海生爬行動物取代。在晚侏儸紀、白堊紀、第三紀，鱷形超目演化成更多樣性的陸生與半水生支系。現代鱷魚出現於晚白堊紀。
【種系發生學定義】
保羅·塞里諾在2005年將鱷形超目定義為：包括尼羅鱷在內，而不包括波波龍、股薄鱷、迅猛鱷、堅蜥在內的最大演化支。
這是個分支基幹的定義，所以是包括所有血緣與現存鱷魚較近，而與其他鑲嵌踝類初龍演化支血緣較遠的物種。
【分類與種系發生學】
分類
歷史上，所有現存與已滅絕的鱷類都被列入鱷目。但現在基於鱷目單系群的獨特性，之前的分類被認為是錯誤的。 所以，現在的鱷目被限制在所有現存的物種，以及與馬氏鱷相關的物種。
原先的鱷目被分為以下四亞目：
原鱷亞目 (最原始的鱷魚)
中鱷亞目 (原始鱷魚)
海鱷亞目 (海生鱷魚)
真鱷亞目 (相當於現在的鱷目定義)
中鱷亞目是一個並系群，範圍是中真鱷類不包括真鱷類還有基礎中真鱷類。
種系發生學
以下是從Mikko's Phylogeny Archive網站所提供的詳細演化分支圖：鱷形動物 Crocodyliformes
|--Eopneumatosuchus
|-?小鱷 Microchampsa
`-+-?Artzosuchus
|--原鱷亞目 Protosuchia
`--+--Shartegosuchidae科
`--中真鱷類 Mesoeucrocodylia
|-?西蜀鱷 Hsisosuchus
`--+-?戈壁鱷科 Gobiosuchidae
`--+-?Simosuchus
|--Ziphosuchia
`--+-?烏拉圭鱷 Uruguaysuchus
`--+--Araripesuchus
`--+-?Peirosauridae科
`--+--Trematochampsidae科
`--新鱷下目 Neosuchia
|-?Elosuchidae科
|--Peirosauridae科
`--+--科瑪繪鱷 Comahuesuchus
|--Itasuchus
|--Atoposauridae科
`--+--+--闊堅齒鱷 Eutretauranosuchus
|`--+-?+--森林鱷科 Dyrosauridae
| |`--+--肌鱷 Sarcosuchus
| | `--Terminonaris
| `--+--大頭鱷科 Pholidosauridae
| `--+--海鱷亞目 Thalattosuchia
| `--+--Pelagosuchus
| `--+--真蜥鱷科 Teleosauridae
|`--地蜥鱷科 Metriorhynchidae
`--+--稜角鱗鱷科 Goniopholididae
`--+--伯尼斯鱷 Bernissartia
`--+--Gilchristosuchus
|--Rugosuchus
|-?副短吻鱷科 Paralligatoridae
`--真鱷亞目 Eusuchia
|--Hylaeochampsa
`--+--Allodaposuchus
`--鱷目 Crocodilia
原先的鱷目與真鱷亞目定義不能準確地代表這群生物的演化。現今唯一被認為有效的目級分類是現今的鱷目定義。史前鱷魚有許多分類，但自從少數古代物種被發現後，到目前為止，還不能劃分新的目級分類。
