出師廓爾喀
乾隆四十七年（1782）以武生員身份效力綠營軍，薦升慶寧營千總。乾隆五十七年（1792），隨福康安出師廓爾喀（今尼泊爾），累功授瀘寧（今屬四川冕寧縣）營守備加都司銜。
乾隆六十年（1795）閏二月，松桃廳苗族起義軍攻入秀山縣。馬瑜隨四川總督和琳帶兵堵剿，攻克各路賊寨，賞戴花翎。五月，擢冕山營都司。十月，擢督標左營游擊，生擒首領吳半生。
獲號巴圖魯
嘉慶元年（1797），命赴達州軍營。嘉慶二年（1798），賜“達春巴圖魯”名號。嘉慶三年，殲滅白蓮教起義首領齊王氏、姚之富於沙狐嶺，余賊竄匿。時瑜首先偵探，官兵得以分路截剿。上嘉其奮勇，授參將。四月，剿白號賊高均德於雛南．六月，追擊於鐵釘埡賊二百餘名。均德與其黨冉文壽等竄踞大神山。七月，官兵分路進剿，瑜攻其東面，克之。文禱等由龍鳳坪道走箕山坡下。九月，克箕山。賊匪羅其清退據大鵬山寨。十月，合兵圍剿。瑜等冒雨攻寨，毀其南門廠槍斃其父從國，其清遁。十二月，生擒於巴州檬子灘河中。事聞，詔以升缺促先補用。文禱自箕山竄入通江之麻壩寨，負隅抗拒。瑜隨刻都統德楞泰等分兵三路，毀寨而入，生擒冉文禱及其子添受並賊黨千餘人，奪獲牛馬器械無算。加副將銜。三月。補四川哪副將。七月，追賊人楚。十月，擒高均德於大市川。五年正月，川北川西賊勢猖撅，仍隨德楞泰統兵入川。二月，攻江油之烏龍寨；生擒綠號首道。詔給功牌。三月，進攻重華堰，。賊伏於火石灰者萬餘，瑜等分號環擊，擒首道冉添元等。下肺敘。復剿賊於劍州之石門寨。賊搶渡撞河。瑜偕副都統賽沖阿等擊走之。四五。追賊至開封廟，乘賊搶渡嘉陵江，斬殺二千七百餘人，殲藍白號賊於麻柳場。閏四月，剿藍號賊於七孔溪。瑜伏兵山下，俟賦過溝時擊之。五月，攻長池壩賊巢，得旨嘉獎一六月，擢貴州安義鎮總兵。七月，調重慶鎮總兵。八月，賊至長壩，方渡河，瑜領馬步兵掩至，白號首道：度向瑤赴水死。九月，殲賊於母子還。六年正月，逆賊徐添德並黃號股匪白溝陽北竄。瑜追至乾為，擒斬甚眾，余匪油安。瑜源精兵八百。間道出野豬坪，雪夜奮擊。二雲，剿黃細龍紹周千五里還。復蹴之於官渡河，淹溺搞。四月，黃。白、藍三號賊匪自陝入楚，與徐添德合。瑜隨德楞泰追擊於陝之黃石扳。斬獲二千餘名。五月。剿賊於昆河鋪，賊勢瓦解。徐添德奔河灘溺死。七月。追賊入川，敗黃號賊於菜子啞、峰分廠，賊走巴東，復敗之於雲霧溪。九月、由老木孔入山搜剿，賊西趨陝。瑜偕督兵蒲尚佑等冒雪進攻，殄龍逆於平利之岳家坪、黃號匪殆盡。十一月，殲賊於白果壩，賊竄至通江之劉家壩，瑜等分路繞上山樑，大兵繼進。俘獲無算。
轉戰四方
隨德楞泰至巫山十二峰，掃除綠號散賊。四月，剿賊於雞公梁，擒斬千餘人、五月、擊賊於水溝後山啞口擒斬八百餘人。六月，追擊於觀音場。首逆樊人傑就擒。下部優敘。十月，賊 竄施家溝。為先山極險處。瑜步行入山，督兵兜剿廠有逆趙鑒等就擒殲青、黃兩號賊三百餘於中子洋坪。復偵知巴、巫接界賊匪屯聚，月夜搗其巢穴，擒斬之，均下部議敘。恩貧賤、荷囊。時賊勢窮蹩，瑜由巫山向北搜剿。十一且，斃賊於銅盆溪。十二月，追擊於栗子坪等處，斬城百餘，擒青號賊予鳳凰山。
於黃柏溝及太陽河剿除零匪。二月，獲白號首逆王三槐之弟三魁於馬家煽，余股零星掃蕩時而楚匪復逼入川。瑜偕副都統色爾滾合兵迎擊一間二月，從間道進攻蹬盞窩，雨霧瀰漫，瑜由山頂衝下，斬域五十餘人。隨於豐玉坪、天池子、草堂河、黑樓門等處沿途搜緝。州、陝、楚余匪殲除殆盡，乃於三省邊界分段巡防。瑜派守川省之徐家壩。十月，突有陝界伏匪由南山竄出。裹協漸多。因自川東探剿入陝。十二月。由八義寨漳抱崖而進，擒斬數十名。復躡之於尹家台子。賊恃險抗拒，瑜設伏敗之。
坎坷晚年
擢 ，留辦善後事宜。二月，賊竄湖北之興隆坡，瑜勒兵兜剿，殲斃苛文華等。上嘉之，賞翎管、扳指、荷囊。復追賊於日曬溪、漁桐子。四月，調雲南提督，仍留辦善後事宜。六月。賊屯柴扒老林。瑜揩提督豐伸，由鵬城在賊北鵬，賊潛遁。”經略額勒登保偕德楞泰等奏言：“添柴城在城屯之南，最為緊要，專派豐伸、馬瑜在彼扼截，竟任乘間偷越，實難辭咎，命革巴圖魯名號。摘去花翎。周時余匪專向老林奔竄，瑜帶兵二千，追窮賊所向。七月，進攻鳳凰寨有名賊目數殲擒，下部議敘。八且，斃首道苟文潤等於魚倪子。奏入，賞還花翎及巴圖魯名號。九月，瑜率將備先後搜獲賊匪，陝境肅清。仍於川境沿邊分緝。尋苟朝九被獲於漢中府，全功告或。下部議敘。十月，檄撤陝西從征鄉勇。十年八月，赴雲南提督任。十五年調江南提督。
調直隸提督。七月，隨駕熱河，命射布靶，中三矢，賞穿黃馬褂。九月，河南教匪滋事，陷滑城。命瑜馳往剿辦。十月，至滑之留困村，殲賊二百餘人於南湖、北湖，與總督溫承惠合兵會剿，斃賊五百餘名，奪獲槍炮器械甚多。復由道口之運河西岸進兵，賊匪淹斃無算。上傳示方略，命瑜偕副都統富蘭，由濬縣繞道，速赴開州以北，逐一搜捕，向南進剿。瑜等探知滑縣之潘章、李家莊、袁家莊等處距開州甚近，俱有賊屯聚。十一月，進毀賊巢，殲斃二千八百餘人。十二月，攻復滑城。城留駐開州，一搜捕竄匪、九百餘人。事竣，下部議敘。尋因失察都司曹綸從賊入教，一艦革職。詔：改為革職留任。
調江南提督。四月，以防守東明時失察。所屬將共買帶婦女。降補徐州鎮總兵。二十二年。調山東兗州賄兵。二十三年，上以其怠忽捕務，嚴飭之二十四年四月。仍授江南提督。六月卒。諭曰。馬徽在軍營，著有勞績；著加恩照提督例賜恤，溢壯勤。
