前身
“文化大革命”以前，上海海洋大學僅為海水養殖專業在《海洋學》課程中設立了一章《海水的化學》，未建立獨立的有關養殖化學的教學課程。上海海洋大學遷址廈門後，1973年海水養殖專業在“文革”後首次招生，課程設定中從此增設了含無機與分析化學等內容在內的《基礎海水化學》課程，總學時220h。1981年回滬後，淡水養殖專業本、專科以及資源專業、水生生物專業也相繼分別開設了《養殖水化學》與《水環境化學》課程，同時為農業部舉辦的五期全國水產系統乾訓班開設了《養殖水化學》課程。1996年，開始招收漁業水域環境及其調控方向的碩士研究生。
變革
課程使用的教材也從無到有，經歷了多次變革。最初的《基礎海水化學》及實驗教材為自編教材，教材編寫後，經當時我國海洋化學方面的專家廈門大學海洋物理化學專家李發西教授、海洋化學專家吳瑜端教授以及青島海洋大學海洋化學專家孫秉一教授審稿修改後用於教學。學校回滬後於1982年再次自編《海水化學》講課與實驗教材各1本。1981年與1986年先後採用全國高等水產院校試用教材《淡水養殖水化學》與《海水化學》，並陸續自編了《水化學常用表》、《水化學必讀參考文獻》與《水化學實驗補充材料》作為教學參考教材。1996年改用全國高等農業院校教材《水化學》與《水化學實驗指導書》。使用兩年後，因教材內容選編不合適，又改用前兩本教材及1993年新出版的《淡水養殖水化學》， 自2002年始採用第二次自編的《水化學實驗指導手冊》作為實驗教材。計畫於2004年起使用農業部十五規劃教材《養殖水環境化學》。
學科實驗室
本學科實驗室的建設更是歷經挫折。1972年，當學校決定開設《基礎海水化學》時，當時既無實驗室，又無基本的實驗儀器設備。為了能及時開課，任課教師幾乎放棄了所有的休息時間，一邊編寫教材，一邊打開一個個倉庫，搜尋出實驗桌子，修復由上海運至廈門受損較重的20餘架阻尼分析天平和已作淘汰處理的近10台光電比色計；利用一些廢舊材料自己動手製作了生產蒸餾水的離子交換柱；經過幾個月的艱苦奮鬥，想方設法、七拼八湊建成了一間條件十分差、但基本可用於實驗教學的水化學實驗室，終於在1973年按時開出了《基礎海水化學》實驗課。1981年遷滬後，《海水化學》課程實驗課曾暫定在加工系分析化學實驗室進行，一年後，在校系領導的關心與支持下，教師再次自己動手，將兄弟系準備淘汰的20餘架阻尼天平進行了整修調試；對一批陳舊的光電比色計進行了修復，同時借用了其他學科科研使用的分光光度計，終於於1982年在本系建成了本學科自己的實驗室。該實驗室及儀器設備雖然較破舊，但邊修邊用，一直使用至今，基本保證了《水化學》課程教學、畢業論文試驗及科研的正常進行，為上海海洋大學五個專業的學生開出了《養殖水化學》、《水環境化學》及研究生的《水環境化學》等課程的實驗課，並作為水生生物專業實習“黃浦江水質調查分析”實驗室。近些年來，特別是1999年以來，漁業學院領導想方設法撥出經費，不斷補充和完善實驗室儀器設備。而且還添置了大型貴重儀器，如原子吸收、氣相色譜等，為提高學科水平和發展提供了一定的基礎設備。目前，學校新建了科技大樓，以高質量、高標準對新的養殖水化學實驗室進行了規劃與設計，不久即投入使用。
