背景
太祖分封
洪武三年（1370年）四月，明太祖朱元璋為確保明王朝的長治久安，想方設法加強皇室本身的力量，其具體的辦法就是分封諸王。他把宗室二十五人（24個兒子和1個從孫）封為藩王，分駐北部邊境和全國各戰略要地，想通過他們來屏藩皇室。朱元璋是這樣說的：“天下之大，必建藩屏，上衛國家，下安生民，今諸子既長，宜各有爵封，分鎮諸國。” 從全國來看，這些封藩主要有兩類，一是腹里，二是邊塞要地。受封諸王在自己的封地建立王府，設定官屬，地位相當高，公侯大臣進見親王都得伏而拜謁。
明太祖 明朝初年，每一個藩王食糧萬石，並有軍事指揮權，於王府設親王護衛指揮使司，轄軍三護衛。護衛甲士少者3000人，多者1.9萬人。九位塞王（遼、寧、燕、谷、代、晉、秦、慶、肅）因有防禦蒙古貴族侵擾的重任，所以護衛甲士尤多。北平的第四子燕王朱棣擁兵10萬，大寧的第十七子寧王朱權“帶甲八萬，革車六千”。 他們在邊塞負責築城屯田、訓練將兵、巡視要害、督造軍器。晉王、燕王多次出塞征戰，打敗蒙元殘餘勢力的軍隊，尤被重視，軍中大將皆受其節制，甚至特詔二王軍中小事自斷，大事才向朝廷報告。尤其是燕王，由於功績卓著，朱元璋令其“節制沿邊士馬”，地位獨尊 。
藩王勢力的膨脹，勢必對中央政權構成威脅。在朱元璋大封諸王的時候，時任平遙縣訓導的葉伯巨就指出，藩王勢力過重，數代之後尾大不掉，到那時再削奪諸藩，恐怕會釀成漢代“七國之亂”、西晉“八王之亂”的悲劇。提醒朱元璋“節其都邑之制，減其衛兵，限其疆土”。朱元璋不但聽不進勸告，反而將其下獄囚死。
在分封之中，朱元璋曾規定凡受封諸王必須離開京城，到封地就藩。不允許各親王之間相互往來，即使入朝，也不能同時前來，必須一王離京，另一王才可啟程。朱元璋此舉的目的在於避免諸王相互串聯，與中央相對抗。所以，諸王就藩，可以說是“生離死別”。但朱元璋的用心良苦，卻未能收到預期的後果。
靖難遺訓
太祖朱元璋成法中有一條是關於“靖難”的。朱元璋當國時，恐權臣篡權，規定藩王有移文中央索取奸臣和舉兵清君側的權利，他在《皇明祖訓》 中說：“朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側。”朱棣以此為理由，指齊泰、黃子澄為奸臣，須加誅討，並稱自己的舉動為“靖難”，即靖禍難之意 。故而靖難之役中朱棣的口號是“清君側，靖國難”。這其中，“靖難”的意思：“靖”指平息，掃平，清除。“靖難”代表平定禍亂，平息戰亂，掃平奸臣的意思。不過太祖的成法裡面還有一條就是皇帝先召喚藩王，藩王才能起兵，且成功剷除奸臣後要五日之內離京。所以這不過是朱棣想要奪取皇位的一個藉口而已。
起因
建文即位
朱允炆 洪武二十五年（1392年）太子朱標病死，明太祖立朱標次子朱允炆為皇太孫。朱允炆因生性“穎慧好學，性至孝”，而深得朱元璋的喜愛，稱讚他：“而誠純孝，顧不忘我乎。” 不過，對於這位“仁柔少斷”的皇太孫將來繼任帝位，朱元璋並不十分滿意，曾一度打算更換太子，後因翰林學士劉三吾的勸諫，才沒有這樣做。
儘管如此，朱元璋對朱允炆的繼位仍放心不下。洪武三十一年（1398）閏五月，朱元璋病故，廟號太祖，皇太孫朱允炆即位為帝。臨終前，朱元璋立下遺詔，“皇太孫允炆仁明孝友，天下歸心，宜登大位。內外文武臣僚同心輔政，以安吾民”、“諸王臨國中，毋至京師”。
朱允炆即位，是為明惠帝，改元建文。儘管有朱元璋的遺詔，不許諸王“入臨、會葬”，但燕王朱棣仍直奔京城建康（今江蘇南京），朱允炆聞訊後，立刻派人持敕，令朱棣返回燕京（今北京），對此朱棣十分不悅。
藩王勢大
其時，鎮守北部邊疆的諸王已有很大的權勢，寧王朱權“帶甲八萬，革車六千”。燕王朱棣更握有“節制沿邊士馬”的重權。朱允炆對這些皇叔們憂心忡忡。建文元年（1399）正月，朱允炆即位不久，燕王朱棣即遣長史葛誠入朝奏事。朱允炆遂向葛誠密問燕王府之事，葛誠如實稟告，乃派他返回燕王府，作為內應。葛誠回到燕王府，朱棣見他神色不對，心中不免作疑。隨即朱棣親自入朝，他自恃皇叔身份，徑直走皇道入宮，登陛不拜。監察御史曾鳳韶彈劾其不敬，戶部侍郎卓敬也密奏，以燕王“智慮絕人”，建議將他徙封至南昌，但都被朱允炆以“骨肉至親”，婉言拒絕。朱棣察覺到朝廷對自己懷有貳心，回燕王府後，便託辭患病，以觀事態的變化。
廢削五王
建文帝與兵部尚書齊泰、太常卿黃子澄商量。齊泰、黃子澄以諸王權勢過大，恐難駕馭為由，力主削藩。在削藩順序上，齊泰認為應先削實力最強的燕王。但黃子澄反對，認為燕王有功無過，為了爭取輿論支持，應該先找有問題的親王下手。建文帝支持黃子澄，遂先後廢除五位親王。
洪武三十一年（1398年）七月，建文帝削周王朱橚。因周王朱橚是燕王同母兄弟，而朱允炆怕他與燕王沆瀣一氣，於是決定先廢周王。時周王次子朱有爋告發父親謀反，於是派曹國公李景隆以備邊之名經過開封，將周王全家押回南京，廢為庶人，遷往雲南蒙化（今昆明以西、大理以南）。
建文元年（1399年）四月，削齊、湘、代三位親王，廢為庶人。湘王朱柏不堪受辱，為保名節舉家自焚；齊王朱榑被軟禁在南京；代王朱桂被軟禁在封地大同。 兩個月後，明廷削岷王朱楩，廢為庶人，徙漳州。
由於朝廷削藩激化矛盾，藩王與朝廷開始決裂，此時實力最強的燕王就成了真正的眾藩之首。而朱允炆與朱棣之間的博弈亦逐漸激化。
經過
燕王起兵
洪武三十一年（1398年）十二月，為了提防燕王造反，朱允炆派工部侍郎張昺為北平布政使，都指揮使謝貴、張信為北平都指揮使。隨後又命都督宋忠屯兵駐開平，並調走北平原屬燕王管轄的軍隊。燕王朱棣見到幾位藩王先後被削，明白如此下去必無法逃過此劫，遂一邊爭取時間一邊做戰爭準備。為了爭取時間，建文元年（1399年），朱棣先裝病，使惠帝放三子回北平；之後由於屬下被朝廷處死，遂裝瘋。但由於王府長史葛誠叛變，密奏朝廷“燕王裝病”。朱棣裝瘋被發覺 。而心中早已對父皇冊立自己的侄子為太孫而繼位有所不滿，便立即誘殺了前來執行監視逮捕任務的將臣，於建文元年（1399年）七月起兵反抗明朝中央政府。
明成祖朱棣 燕王遣使入京師金陵奏事，使者被齊泰等審訊，被迫供出燕王的異狀，於是朝廷下密旨，令張昺、謝貴逮捕燕王府的官屬，張信逮捕燕王本人。但張信與其母親討論之後，將此事告知朱棣 。於是朱棣和姚廣孝等進行舉兵的謀劃，令張玉、朱能將八百勇士帶入燕王府中潛伏，以待變故。 張昺、謝貴得到朱允炆密詔後，於建文元年（1399年）七月初四帶兵包圍了燕王府。朱棣假意將官屬全部捆縛，請二人進府查驗。二人進府後，朱棣派出府內死士將其擒獲，並連同府內叛變的葛誠、盧振一同處決 。當日夜裡，朱棣攻下北平九門，遂控制北平城 。
燕軍控制北平後，建文元年（1399年）七月初六，通州主動歸附；七月初八，攻破薊州，遵化、密雲歸附；七月十一，攻破居庸關；七月十六，攻破懷來，擒殺宋忠等；七月十八，永平府（今河北盧龍縣，屬秦皇島市）歸附。七月二十七，為防止大寧軍隊從松亭關偷襲北平，用反間計使松亭關內訌，守將卜萬下獄。至此，北平周圍全部掃清。燕軍兵力增至數萬 。
燕軍攻破懷來後，由於領地相距太近，七月二十四日，谷王朱橞逃離封地宣府（今屬張家口，距北京約150公里，距懷來約60公里），奔金陵 。八月，齊泰等顧慮遼王、寧王幫助燕王，建議召還京師；遼王從海路返京，而寧王不從，遂削寧王護衛 。宋忠失敗後，部將陳質退守大同。代王本欲起兵呼應朱棣，被陳質所控制，未果 。
擊敗耿炳文
建文元年（1399年）七月，朱棣反書至南京，朱允炆祭告太廟，削朱棣宗室屬籍，廢為庶人。決定起兵討燕。 在真定（今河北正定）設定平燕布政司。
朱棣初起兵時，燕軍只據北平一隅之地，勢小力弱，朝廷則在各方面都占壓倒性優勢。所以戰爭初期，朝廷擬以優勢兵力，分進合擊，將燕軍圍殲於北平。朱棣採取內線作戰，以部將郭資戍守北平（今北京），迅速即攻取了北平以北的居庸關、懷來、密雲和以東的薊州、遵化、永平（今河北盧龍）等州縣，掃平了北平的外圍，排除了後顧之憂，便於從容對付朝廷的問罪之師。經過朱元璋大肆殺戮功臣宿將之後，朝廷也無將可用， 朱允炆只好起用年近古稀的倖存老將長興侯耿炳文為大將軍，駙馬都尉李堅為左副將軍，都督寧忠為右副將軍，率軍13萬伐燕，數路並進，號稱百萬大軍，同時傳檄山東、河南、山西三省供給軍餉。 耿炳文率軍在八月十三日到達真定， 並分兵於河間、鄚州（河北任丘北約30里）、雄縣，為犄角之勢。在經過觀察後，八月十五日，燕軍趁中秋夜敵軍不備，偷襲雄縣；成功後又利用伏擊擊敗了鄚州的援兵，遂攻克鄚州，收編剩餘的部隊。
耿炳文部將張保來降，告知朱棣耿炳文的部隊分駐滹沱河兩岸，於是朱棣讓他回去告訴耿炳文“雄縣、鄚州大敗，燕兵將至”，以打擊其士氣，並使耿炳文合兵一處，便於一舉擊潰。耿炳文果然將南岸的兵調過河。 八月二十四日，燕軍到達無極縣。從樵夫和南軍被俘士兵處得知敵情，於是燕軍發動決戰。
建文元年（1399年）八月，南軍師至河北滹沱河地區。燕王在中秋夜乘南軍飲酒作樂之機，突破雄縣，盡克南軍的先頭部隊。繼而又於滹沱河北岸大敗南軍的主力部隊。耿炳文逃入真定城中，閉門固守。燕軍攻城三日不克，還師北平。耿炳文率殘部不到十萬人在真定堅守不出，燕軍攻城三天不克。 八月二十九日，燕軍返回北平。顧成降燕之後，留在北平協助燕世子朱高熾守城。
換帥李景隆
建文帝聽到耿炳文軍敗，根據黃子澄的推薦，任曹國公李文忠之子李景隆為大將軍，代替耿炳文對燕軍作戰 。又令遼東江陰侯吳高等領兵圍攻永平（今河北昌黎西北）。朱棣留下少量兵將堅守北平，自己親統大軍救援永平。
李景隆 李景隆本是紈絝子弟，素不知兵，“寡謀而驕，色厲而餒”。建文元年（1399年）九月，李景隆至山東德州，收集耿炳文的潰散兵將，並調各路軍馬，總計50萬，進抵河間駐紮。 當朱棣偵知李景隆軍中的部署後，笑著說，兵法有五敗，李景隆全犯了，其兵必敗無疑，這就是政令不修，上下離心；兵將不適北平霜雪氣候，糧草不足；不計險易，深入趨利；求勝心切，剛愎自用，但智信不足，仁勇俱無；所部儘是烏合之眾，且不團結。 為了引誘南軍深入，朱棣決計姚廣孝協助世子朱高熾留守北平，自己親率大軍去援救被遼東軍進攻的永平，並告誡朱高熾說：“李景隆來，只宜堅守，不能出戰。”朱棣還撤去了盧溝橋的守兵。
朱棣這一招果然靈驗，李景隆聽說朱棣率軍赴援永平，就率師於建文元年（1399年）十月直趨北平城下。經過盧溝橋時見無守兵，禁不住歡喜，說：“不守此橋，我看朱棣是無能為力了。”這時朱高熾在北平城內嚴密部署，拚死守衛。李景隆則號令不嚴，指揮失當，幾次攻城，皆被擊退。南軍都督瞿能曾率千餘精騎，殺入張掖門，但後援不至，只好停止進攻。又因李景隆貪功，要瞿能等待大部隊一起進攻，錯過了時機。燕軍則因此得到喘息，連夜往城 牆上潑水，天冷結冰，待到次日，南軍也無法攀城進攻了。吳高怯懦，不敢應戰，退保山海關。朱棣解救永平之後，率師直趨大寧（今內蒙古寧城西） 。
偷襲大寧
建文元年（1399年）九月初一，江陰侯吳高率遼東兵攻打永平郡， 故朱棣趁李景隆躊躇不決之際，九月十九日前往救援。九月二十五日，朱棣擊敗吳高，並決定趁勢偷襲十七弟寧王朱權的藩地大寧（今內蒙古寧城）以獲得其精銳部隊朵顏三衛；另一方面利而誘之，將南軍引至“空城”北平下。九月二十八日，朱棣率眾出師。傳信給燕世子朱高熾，令其堅守北平城。
寧王朱權 十月初六日，燕軍經小路到達大寧城下。朱棣單騎入城（一說擊敗守將房寬後入城 ），見寧王朱權，哭訴自己無路可走，向朱權求救，希望能向朝廷上書，謝罪免死。朱權相信並收留了他。在居大寧期間，朱棣令手下吏士入城結交並賄賂大寧的軍官等。十月十三日，朱棣提出告辭，朱權在郊外送行；但朱權來到郊外後，伏兵盡起，大寧軍紛紛叛變，歸附朱棣。於是朱權與寧王妃、寧王世子等一同隨朱棣前往北平，而大寧的全部軍隊（包括其騎兵精銳朵顏三衛）都被朱棣收編。大寧成為空城，朱棣實力大增。
聽說燕王朱棣率精銳征大寧，李景隆引軍攻北平。南軍在鄭村壩（今大興以東二十里）紮營，築壘同攻北平九門。燕王世子朱高熾堅守。朱高熾遣人夜間偷襲南軍大營，獲得了一定的喘息時間；南軍攻城急時，城中婦女也上城頭向下投擲瓦石。
南軍唯一一次獲勝的機會是都督瞿能攻張掖門（一說彰義門，據《方輿紀要》，彰義門即西直門；存疑） ，幾乎要攻下時，因被李景隆所忌，只得停止。功敗垂成。農曆十月北平甚是寒冷，於是燕軍守城部隊夜裡汲水澆於城牆上，次日城牆結冰，南軍無法攀登。 南軍因天寒地凍，戰鬥力驟降，攻勢自此受阻 。
鄭村壩之戰
建文元年（1399年）十月十九日，燕軍在會州（今河北省平泉縣）整編，分立五軍（中、前、左、右、後）。十月二十一日，燕軍入松亭關（今河北寬城縣西南）。 十一月初五日，燕軍渡白河（時已結冰，渡河處在今北京順義區東），並打敗李景隆的哨探陳暉部隊萬餘人。 當天，與李景隆大軍在鄭村壩會戰。燕軍左右衝擊，連破南軍七營，李景隆大敗。 當夜，李景隆見戰事不利，令鄭村壩所有軍隊輕裝撤退。數十萬人的輜重全部留給了燕軍。 但李景隆走得匆忙，沒有通知圍攻北平城的南軍軍隊，於是燕軍輕易擊潰北平城下的南軍，獲得其物資。 李景隆率軍撤回德州，鄭村壩之戰結束。 此戰南軍喪師十餘萬人。
建文元年（1399年）十一月初九日，朱棣回到北平城，因為之前（七月）上書沒有回信，再次上書朝廷，陳述齊泰、黃子澄構陷宗藩的罪過。建文帝沒有回應。 十二月，朱棣用反間計令遼東守將吳高被削爵貶黜，消除東北方向的後顧之憂。
由於李景隆準備等來年（1400年）開春再北上攻燕，朱棣決定攻打山西大同，以使南軍疲於奔命。十二月十九日，朱棣出師攻大同。十二月二十四日，燕軍抵達廣昌，守將楊宗投降。 建文二年（1400年）正月初一，燕軍抵達蔚州，明軍守將王忠、李遠投降燕軍。 二月初二日，燕軍攻打大同。由於大同是代王的封地且軍事地位極重要，李景隆不得不救援。待李景隆走出紫荊關後，燕軍從居庸關返回北平。南軍在冰天雪地中白跑一趟，兵力、裝備大量損失，士氣受到重創。
建文二年（1400年）二月二十八日，李景隆給朱棣寫信，請求暫時停戰。燕王回信索要齊泰、黃子澄等。一說李景隆自此有二心。 除了使南軍白跑了一個月外，燕軍在本次伐大同時意外遇到了從蒙古來降的軍隊，收編之。 此外，保定府於建文二年（1400年）二月降燕。
激戰白溝河
建文二年（1400年）四月，李景隆從山東德州，郭英、吳傑等從真定誓師北伐燕軍，目標是白溝河（北拒馬河）。兵力增至六十萬，燕軍亦出。四月二十日，燕軍渡過玉馬河，駐於蘇家橋。四月二十四日，燕軍與南軍會戰（戰場在河北省高碑店市新城縣南三十里） 。
靖難之役 南軍（李景隆部）先鋒平安之前曾跟隨朱棣出塞，熟悉朱棣戰法，設伏兵。燕軍到達之後，平安伏兵起，挺矛衝鋒；瞿能父子也一同合擊，燕軍戰鬥失利。當時南軍郭英部也來到戰場，郭英在燕軍撤退的必經之路上埋地雷，燕軍撤退時損失慘重。朱棣親自率軍殿後，但夜間迷失了道路。朱棣下馬趴在地上辨別河流的方向，才分清方向，回到大營。令軍士提前用餐，準備次日決戰。 次日（四月二十五日），燕軍與南軍再次合戰。瞿能、平安繞至燕軍後方，攻其後軍得手。 朱棣見狀不好，親冒矢石，令丘福衝擊李景隆中軍，不成功；朱棣率軍攻打，雙方混戰，飛矢如雨。朱棣先後換了三匹馬，射光了三筒箭，寶劍也砍斷，差點被平安、瞿能所傷。無奈之下，朱棣來到河堤上，舉起馬鞭，假裝招呼援兵，李景隆見狀果然生疑，攻勢減緩；朱高煦此時也來援救，戰事暫時緩和。
不久，瞿能再次引眾搏戰，大呼“滅燕”，形勢再次對燕軍不利。就在戰事危急時，一股鏇風颳起，刮斷了李景隆的帥旗，南軍頓時大亂。朱棣抓住機會，繞到李景隆後方放火。南軍大敗，瞿能父子被朱高煦陣斬。 郭英等向西撤退，李景隆向南撤退，輜重全部扔下，投降十萬餘人。李景隆撤回德州。
四月二十七日，燕軍進攻德州。五月初七，李景隆逃往濟南。初九，燕軍進入德州，獲得大量糧食儲備。五月十五，燕軍攻濟南，李景隆殘存十餘萬兵毫無戰鬥力，大敗。李景隆逃走。燕軍遂圍濟南。 十月，朝廷召李景隆回南京。李景隆把六十萬大軍丟得一乾二淨，黃子澄、練子寧、葉希賢等上書，請求立斬之，朱允炆不聽。對於推薦了李景隆，黃子澄感到十分後悔。
奪取濟南
李景隆在幾個月的時間內一敗再敗，建文帝撤免了他的大將軍職務，建文帝采黃子澄之謀，遣使議和以求緩攻，又任命盛庸為平燕將軍，代李景隆統兵。盛庸屯兵德州，以遏燕軍南下。
濟南大明湖公園鐵公祠 李景隆敗退後，燕軍圍濟南。右參政鐵鉉、盛庸堅守。朱棣射信入城招降，未果。 建文二年（1400年）五月十七日，燕軍掘開河堤，放水灌城。 鐵鉉見勢不妙，決定派千人詐降，誘朱棣進城。 次日，朱棣前往濟南，走到城門口時，城門預設的鐵板落下，但略快了些，只打中了其所乘馬的頭。朱棣大驚，換馬跑回。由於事出意外，斷其後路等工作沒能成功。朱棣逃回，大怒，圍城攻打三個月。
由於濟南的軍事地位極重要，若取得濟南，進可南下攻打，退可畫疆自守，故燕軍乘新勝之銳氣，志在必得。不料攻城不利，朱棣憤怒之下決定使用大炮攻城，城中不支。鐵鉉見狀，在一些木牌上寫了“高皇帝神牌”幾個字並掛在城頭，燕軍只得停止炮擊。 六月，惠帝見濟南危急，遣使求和。朱棣不聽。 七月，平安進軍河間，擾亂燕軍糧道。 朱棣進退不得，八月十六，撤兵回北平。盛庸、鐵鉉追擊，大敗燕軍，收復德州。 濟南之戰結束。
九月初十，朱允炆升鐵鉉為山東布政使，參贊軍務，不久後升兵部尚書；封盛庸為歷城侯，平燕將軍，撤換李景隆。都督陳暉、平安為副職。南軍重新進到德州、定州（今保定與石家莊之間）、滄州（今河北滄州）。
東昌之戰
燕軍謀士姚廣孝 建文二年（1400年）十月，朱棣聞報南軍北上，決定在南軍落腳未穩之際，奪取滄州，再度南下。於是下令出征遼東，暗中派人在直沽（今天津市中心）修建浮橋。十月二十五日，燕軍從通州折轉向南行進，日夜兼程，十月二十七日到達滄州，南軍守將徐凱尚在築城中；燕軍僅用兩天就攻下滄州，徐凱等投降。 燕軍自長蘆渡河，十一月初四到達山東德州。 朱棣計畫招降盛庸未果，於是轉而南下。盛庸襲擊燕軍後軍，但遭到失敗。 十一月，燕軍到達山東臨清；朱棣決定擾亂南軍的糧道，遣輕騎至大名，焚其糧船。燕軍從館陶渡河（衛運河，京杭運河的一部分；當時黃河奪淮入海），先後到達東阿、東平，威脅山東南方，迫使盛庸率軍南下。 盛庸將計就計，決定在東昌（今山東聊城）與燕軍決戰，並在陣中擺了大量火槍和毒弩。
十二月二十五日，燕軍到達東昌。 朱棣仍然親自率軍衝鋒，先衝擊南軍左翼，沒有衝擊成功；然後又衝擊南軍中堅，盛庸故意打開陣將朱棣誘入，然後合圍，朱棣被南軍重重包圍。燕軍大將張玉、朱能（一說還有朱高煦 ）分別引兵來救，朱棣死戰，終於和朱能會合，逃離戰場。但是燕軍損失慘重：大量燕軍被火器所傷，張玉被南軍包圍，最後戰死。南軍大將平安亦率兵趕來，與盛庸合兵作戰。次日，燕軍再次戰敗，遂北還。 在擊退南軍的阻截後，建文三年（1401年）正月十六日，燕軍返回北平。 張玉戰死，令朱棣悲傷的食不下咽。
東昌之戰，朱棣多次瀕臨險境。但是由於朱允炆有“毋使朕有殺叔父名”旨意，南軍將士懼怕戰後反攻倒算，既不敢傷害朱棣，又難以活捉，只得放任自由；朱棣也恃此特權，單騎殿後，南軍無可奈何。 但是東昌之戰畢竟是靖難以來南軍的第一場大捷。惠帝朱允炆十分高興，建文三年（1401年）正月，恢復了齊泰、黃子澄的官職（建文元年十一月兩人被罷免，但仍作為智囊留用； 至是恢復齊的兵部尚書和黃的太常寺卿職務） ，並以東昌大捷告太廟。 盛庸軍勢大振。燕軍經此敗，以後再南下，皆由徐沛，不再走山東。
夾河、藳城之戰
東昌之敗之後，朱棣以此為恥，與道衍和尚姚廣孝商議對策。道衍強烈支持朱棣再次出兵。 於是於建文三年（1401年）二月初九日，朱棣祭陣亡將士，並脫下袍子燒掉，激勵軍士。二月十六日，朱棣再次出師。 當時盛庸駐兵二十萬于山東德州，吳傑、平安駐紮在真定。朱棣決定趁南軍兩軍分隔，先破盛庸一部。 三月二十日，燕軍探知盛庸在夾河（今河北省衡水市武邑縣附近，漳河支流）駐紮，於是駐紮在距對方四十里的地方。
三月二十二日，燕軍進兵夾河。盛庸仍結下堅陣，備大量火槍強弩。朱棣利用建文帝嚴禁傷害燕王之旨，親自率幾個輕騎兵掠過南軍陣地偵查。盛庸不敢開槍，只得派出自己的騎兵追趕朱棣，不了了之。 偵查後，朱棣率領一萬騎兵和五千步兵攻擊盛庸軍左翼，不能入。此時燕將譚淵望見已經開戰，於是主動出兵攻打。盛庸部將莊得死戰，會合盛庸軍，斬殺譚淵。朱棣、朱能等則趁南軍調動產生的混亂，趁暮色向南軍後方猛攻，斬殺莊得。 盛庸穩住了陣腳，天色已晚，雙方罷兵。此戰殺傷相當，但燕軍損失了大將譚淵。
當夜，朱棣率領十餘人在盛庸營地附近露宿；三月二十三日清晨，朱棣發現被南軍包圍。朱棣再次利用禁殺之旨，引馬鳴角，穿過敵軍，揚長而去。南軍愕然，不敢射箭。 朱棣回到營中，鼓勵眾將“兩軍相當，將勇者勝”， 於是燕軍在東北方向，盛庸軍在西南方向，再次會戰。燕軍左右衝擊，盛庸堅守，雙方互有勝負。戰鬥打了三四個時辰後，突然颳起了強烈的東北風，塵埃蔽天。南軍頂著風沙，根本沒法作戰；燕軍則乘風大呼，縱左右翼橫擊之，盛庸大敗，損失了數萬人後，退回德州。 吳傑、平安引兵準備會合盛庸，聞庸已敗，退回真定。夾河之戰結束。 夾河之戰重新確立了燕軍的優勢。閏三月初四，建文帝因夾河之敗，再次罷免齊泰、黃子澄，謫出京城，暗中令其募兵。
擊敗盛庸後，朱棣進軍真定。考慮到攻城較困難，決定誘敵出戰。於是下令軍中四出取糧，而用間諜向吳傑等透露此事。吳傑等見狀，決定襲擊燕軍。 閏三月初九，兩軍會於藳城，遂交戰。南軍列方陣，朱棣則率精銳攻其東北角以破陣。燕將薛祿由於馬失足被擒，但奪敵刀斬數人後，奪馬逃走。此戰大量燕軍被南軍的火槍和弓弩所傷，朱棣的帥旗被射得像刺蝟一樣；但是，由於朱允炆的禁殺之旨，朱棣本人反而沒事。
次日，兩軍再次交戰。在戰鬥中突然又颳起了猛烈的大風，南軍不能支，大敗而去。燕軍四面圍攻，斬首六萬餘級。吳傑、平安等逃回真定，堅守不出。 朱棣將射成刺蝟的軍旗送回北平，令世子朱高熾妥善保存，以警示後人。 從白溝河、夾河到藳城，燕軍三次得大風相助而勝，朱棣認為這是天命所在，非人力所能為。
間接作戰
夾河、藳城之戰再次使南軍損失慘重，正面戰場戰事稍緩和。南軍改為通過談判、反間、襲擊後方等方式間接作戰。擊敗平安後，燕軍南下，先後經過順德、廣平、大名，並駐紮於大名。諸郡縣望風而降。
朱棣聽說齊泰和黃子澄被貶，上書和談，表示“奸臣竄逐而其計實行，不敢撤兵”。 朱允炆得書，與方孝孺討論，方孝孺表示可以藉此機會遣使回報，拖延時間，並懈怠其軍心；同時令遼東等軍隊攻其後方，以備夾攻。於是（四月）建文帝令大理寺少卿薛嵓去見朱棣，傳詔並秘密在軍中散布相關訊息。 薛嵓見朱棣，說“朝廷言殿下旦釋甲，暮即鏇師。”朱棣表示這連三尺小兒也騙不過。薛嵓無言以對。 五月初一，盛庸、吳傑、平安等分兵騷擾燕軍餉道。 朱棣遣使者進京表示盛庸等不肯罷兵，必有主使。建文帝聽從方孝孺的意見，將其下獄（一說誅殺），和談破裂。朱棣見和談破裂，決定襲擊南軍餉道，以使德州南軍陷入困境，遂令都指揮李遠率兵六千，換穿南軍甲冑，從濟寧南下；六月十五日，燕軍瞞過南軍到達沛縣，成功焚燒大量南軍糧船，河中魚鱉盡死。南軍損失糧食數百萬石，京師大震，德州陷入窘境。
七月，燕軍進攻彰德，林縣投降。 七月初十，平安自真定趁虛攻北平，擾其耕牧。朱高熾固守。朱棣分兵回援；九月十八日，平安與戰不利，退回真定。 由於河北戰事不利，方孝孺想出了反間計，利用朱高熾（長子）和朱高煦（次子）的矛盾，先寫一封信給守北平的高熾，令其歸順朝廷，許以燕王之位；然後派人告訴朱棣和高煦（隨軍）世子密通朝廷，以使燕軍北還。但朱高熾得到信後，根本沒有拆開，將朝廷使者連人帶信一起送往朱棣處。反間計失敗。 七月十五日，盛庸令大同守將房昭入紫荊關威脅保定，據易州西水寨以窺北平。朱棣見狀，只得回兵救援。 朱棣分兵守保定，並包圍房昭的山寨。十月初二，燕軍與真定援兵和房昭軍決戰，朱棣令勇士悄悄登山，在敵後大張旗幟。南軍山寨見狀大亂，與真定援兵一齊崩潰。房昭退回大同。 十月二十四日，燕軍回到北平。之後又擊敗了襲永平的遼東敵軍。
至此，燕軍靖難已有兩年多。雖然屢戰屢勝，但因兵力不足，無法鞏固並擴張勝利，往往放棄新取之地；僅能據有北平、保定、永平三個郡。
燕軍南下
建文三年（1401年）冬，朱棣決定直接率兵南下，臨江一決。道衍亦支持不再與盛庸、平安等糾纏，直趨京師。 十二月初二日，燕師復出。十二月十二，到達蠡縣（約在保定以南50公里）。建文四年（1402年）正月，先後擊敗德州的一支分隊和平安的部隊，於是燕軍南下（路線大致位於現京九鐵路和京廣鐵路之間）至館陶渡河（進山東），並長驅直入。正月十二日，燕軍在館陶渡河；正月十四日，燕軍攻陷東阿；正月十五日，再攻陷東平；正月十七日，陷汶上；正月二十七日，陷沛縣（進江蘇）；正月三十日，燕軍先頭部隊到達徐州。
建文帝見燕軍再次出動，建文三年（1401年）十二月令駙馬都尉梅殷（建文帝的姑父，顧命大臣）任總兵官，鎮守淮安。 建文四年（1402年）正月初一，建文帝將遷往蒙化的朱橚（廢周王）召回南京。命魏國公徐輝祖率兵援山東。
建文四年（1402年）二月初一，南軍將領何福、平安、陳暉進兵濟寧，盛庸進兵淮上。朱棣派兵襲擊南軍餉道後，二月二十一日，燕軍擊敗徐州的出戰軍隊，徐州自此閉城死守。
靈壁之戰
徐州堅守不出，朱棣遂不再理會，繼續南下。三月初一，燕軍進逼安徽宿州。三月初九，抵達渦河（今安徽蚌埠市懷遠縣以北）。 平安見到燕軍一路南下，帶兵來追；但三月十四日在淝河中了朱棣所設的伏兵，只得退回宿州。 三月二十三日，朱棣遣將斷徐州餉道，鐵鉉等率兵圍攻，互有勝負。 四月十四日，燕軍進達睢水之小河，搭浮橋。次日，平安、何福領軍奪橋，雙方隔河僵持。數日後，南軍糧盡，朱棣決定偷襲。半夜，渡河繞至敵後；但徐輝祖援兵正好趕到，四月二十二日，雙方戰於齊眉山（靈壁縣西南三十里），南軍大勝，斬燕將李斌。
南軍再次獲得勝利，再加上暑熱，燕軍陷入窘境。四月二十三日，燕軍眾將要求北返，擇地休整，朱棣不同意，說“欲渡河者左，不欲者右。”大部份人站於左側，朱棣怒。朱能這時強力支持朱棣，表示“漢高祖十戰九不勝，卒有天下”，堅定了燕軍堅持的決心。 這時，朝廷訛傳燕軍已兵敗，京師不可無良將，遂召回徐輝祖。 四月二十五日，考慮到在河邊不易防守，何福移營，與平安在靈壁（一作靈璧）深溝高壘作長遠之計。由於糧道被燕軍阻礙，平安親自率兵六萬護衛糧草。四月二十七日，朱棣率精銳襲擊平安，將其一分為二；何福全軍出動救援，朱高煦也率伏兵出現，何福敗走。
南軍缺糧，何福與平安決定次日（二十九日）突圍而出，在淮河取得給養，號令為三聲炮響；次日，燕軍攻打靈壁牆壘，進攻信號正巧也是三聲炮響。於是南軍以為是己方號炮，紛紛奪路而逃；燕軍趁勢進攻，南軍全軍覆沒。靈壁之戰就此意外結束。此戰燕軍生擒了陳暉、平安、馬溥、徐真、孫成等三十七員敵將，四名內官（宦官），一百五十員朝廷大臣，獲馬二萬餘匹，降者不計其數。只有何福單騎逃走。 靈壁之戰徹底擊潰了南軍主力，此後燕軍在長江以北再也沒有遇到像樣的抵抗。一千六百年前決定楚漢之爭勝敗的垓下之戰就發生在靈壁附近，可謂歷史的巧合。
按照齊、黃的策劃，曾令遼東派兵南下欲與鐵鉉會師濟南，但五月初一在直沽被燕軍擊潰。
渡江進京
靈璧之戰後，燕軍向東南方向直線前進。五月初七下泗州，朱棣謁祖陵。 盛庸在淮河設下防線阻礙燕軍渡河，朱棣在嘗試取道淮安、鳳陽受阻後， 遣朱能、丘福率士兵數百人繞道上游乘漁船渡河，五月初九從後方突襲盛庸，盛庸敗走。燕軍遂克盱眙。 五月十一日，燕軍向揚州方向前進，五月十七日，到達天長（揚州西北50公里）。守揚州的監察御史王彬本想抵抗，但屬下反叛，趁其沐浴時綁縛之。五月十八日，揚州不戰而降。 隨後高郵歸降。
明朝南京 五月二十二日，朱允炆遣慶成郡主（朱元璋的侄女、朱棣的堂姐）與朱棣談判，表示願意割地。朱棣說“此奸臣欲姑緩我，以俟遠方之兵耳。”郡主無言以對，遂返。 六月初一日，燕軍準備從浦子口渡江，但遇到了盛庸最後的抵抗。燕軍戰不利，朱棣打算議和北還。此時朱高煦引兵來援，朱棣非常高興，說“努力罷！世子常常生病啊。”暗示朱高煦有機會取得儲君寶座，於是朱高煦大受鼓舞，率眾殊死戰，擊敗盛庸。 隨後中央軍的一支水軍部隊降燕， 燕軍遂於六月初三日自瓜洲渡江，並再次擊敗退守此地的盛庸。六月初六日，燕軍至鎮江，守將率城投降。
六月初八，燕軍駐紮於龍潭（距京師金陵東約30公里），朝廷大震。朱允炆徘徊殿間，召方孝孺問計。有人提議逃往內地以圖興復，方孝孺表示城中尚有二十萬兵，應堅守待援；即使真戰敗，國君為社稷而死，是理所應當的。可以再派大臣、在京諸王前往談判以拖延時間。於是六月初九，派李景隆、茹瑺等見朱棣，再次談判；朱棣表示割地無名，只要奸臣。六月初十，遣谷王朱橞（建文元年逃回京城）、安王朱楹等第三次前往談判，無果。 六月十二日，外出募兵的大臣們仍未返回，朱允炆只得派在京諸王和武臣們守衛各門。時左都督徐增壽（徐達子，輝祖弟）謀內應，被一群文官圍毆。次日（1402年7月13日），燕軍抵金陵。徐增壽作內應，事敗，被朱允炆親自誅殺於左順門。守衛金川門（位於南京城西北面）的朱橞和李景隆望見朱棣麾蓋，開門迎降。
燕王進入京城，文武百官紛紛跪迎道旁，在群臣的擁戴下即皇帝位，是為明成祖，年號永樂。歷時四年的“靖難之役”以燕王朱棣的勝利而告終。
結果
建文四年（1402年）六月十三，燕軍抵金陵。徐增壽作內應，事敗，被朱允炆親自誅殺於左順門。守衛金川門（位於南京城西北面）的朱橞和李景隆望見朱棣麾蓋，開門迎降，是為金川門之變。 燕軍攻入金陵，江山易主。靖難之役結束。戰爭雖結束，與此相關的歷史卻在發展。燕王進京後，宮中起火，建文帝下落不明。有的說建文帝於宮中自焚而死，或雲建文帝由地道出亡，落髮為僧，雲遊天下，傳說他於正統朝入居宮中，壽年而終；又有一說建文帝逃至東南亞，鄭和下西洋的其中一個目的就是尋找建文帝。建文帝的真正下落已不可確考，成為明史上的一大懸案。
後續
朱棣稱帝
朱棣 燕軍進入南京後，朱允炆在皇宮放火，朱允炆本人不知所終；此後其下落成為謎團。朱棣入城後，派人找出馬皇后的屍體，指認其為朱允炆，並執其手哭“傻小子，何苦如此！”。隨後六月二十日，以天子禮葬朱允炆，造成建文帝已死的假象。而朱允炆的下落成為了千古迷題。據傳，鄭和下西洋的初衷之一便是搜尋建文帝的蹤跡。 而另一路是胡濙密訪江浙一帶。
朱棣進入南京之後，翰林院編修楊榮迎於馬首，說：“殿下先謁陵乎？先即位乎？”點醒朱棣。次日（建文四年六月十四）起，諸王及文武群臣多次上表勸進，朱棣不允。數日後（六月十七），朱棣謁孝陵，並於當日即皇帝位，是為明太宗（後改為成祖）。重建奉天殿（舊殿被朱允炆所焚），刻玉璽。同年十一月十三日，封王妃徐氏為皇后。
朱棣不承認建文年號，七月初一（一說六月十八），將建文元、二、三、四年改為洪武三十二至三十五年，次年改為永樂元年。凡建文年間貶斥的官員，一律恢復職務（如靖難初期因離間被貶的江陰侯吳高被再次起用，守大同）；建文年間的各項改革一律取消；建文年間制定的各項法律規定，凡與太祖相悖的，一律廢除。但一些有利於民生的規定也被廢除，如建文二年（1400年）下令減輕洪武年間浙西一帶的極重的田賦，至此又變重 。
誅殺前臣
方孝孺 朱棣在靖難之役獲勝後，向京城（今南京）軍民發布公告：“固守封地的藩王因左班奸臣挑唆導致骨肉被其殘害，所以不得不起兵誅殺他們，以此來扶持江山社稷和保全親藩。今次擬定的京城奸臣，有罪者不敢赦免，無罪者不敢誅殺，如若誤傷受到牽連又禍及到傷亡，絕非靖難本意。”
建文四年（1402年）六月二十五日，朱棣誅殺齊泰、黃子澄、方孝孺，滅其族。其中方孝孺受牽連而死者共873人，充軍等罪者千餘人。因黃子澄受牽連的有345人。景清降後密謀行刺，事敗，八月十二被殺，滅九族；後屠其家鄉，謂“瓜蔓抄”。此外，眾多建文舊臣如卓敬、暴昭、練子寧、毛泰、郭任、盧植、戴德彝、王艮、王叔英、謝升、丁志方、甘霖、董鏞、陳繼之、韓永、葉福、劉端、黃觀、侯泰、茅大芳、陳迪、鐵鉉等，史稱：“忠憤激發，視刀鋸鼎鑊甘之若飴，百世而下，凜凜猶有生氣。”他們的家屬和親人也被牽連，死者甚眾，流放、被逼作妓女及被其它方式懲罰的人也不少。直至明仁宗即位後，大部份人始獲赦免，餘下的人的後代卻遲至明神宗時始獲赦免。在大肆誅殺之外，當月，朱棣將魏國公徐輝祖下獄，後釋放並削其爵位。輝祖死後，其子嗣魏國公爵。黃觀被朱棣所嫉恨，其狀元的身份被革去。
鐵鉉，割其鼻耳塞入口中，然後問：“甘否？”鐵弦答：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”凌遲，滅族。方孝孺慘遭凌遲滅族。但此事出於野史，未見於正史。野史稱方孝孺大書“燕賊篡位”，朱棣見他寧死不屈，威脅他說：“你不怕被誅九族嗎？”方孝孺義正嚴辭地斥責說：“即使誅我十族又怎樣？”朱棣怒不可遏，於是大肆搜捕方孝孺的親屬，還包括他的門生和朋友（即第十族），在方孝孺面前一一殺害，被殺者共達八百七十三人，而方孝孺則被腰斬於南京聚寶門外。 另外，黃子澄之妹，鐵弦之妻， 傳送教坊司。
大封功臣
| 類型 | 級別 | 名單 |
| 本來為燕王舊臣的封爵 | 公（2人，追封2人；省略除封爵外的其他封賞，下同） | 丘福：淇國公，世襲； 朱能：成國公，世襲； 張玉：追封榮國公，謚忠顯； 陳亨：追封涇國公，謚襄敏。 |
| 侯（13人，追封1人） | 張武：成陽侯，世襲； 陳圭：泰寧侯，世襲； 鄭亨：武安侯，世襲； 孟善：保定侯，世襲； 火真：同安侯，世襲； 顧成：鎮遠侯，世襲； 王忠：靖安侯，世襲； 王聰：武城侯，世襲； 徐忠：永康侯，世襲； 張信：隆平侯，子孫世襲隆平伯； 李遠：安平侯，子孫世襲安平伯； 郭亮：成安侯，子孫世襲成安伯； 房寬：思恩侯，子孫世襲指揮使； 譚淵：追封崇安侯，謚壯節。 | |
| 伯（12人） | 徐祥：興安伯，世襲； 徐理：武康伯，世襲； 李浚：襄城伯，世襲； 張輔：信安伯，世襲； 唐云：新昌伯，子孫世襲指揮使； 譚忠（譚淵子）：新寧伯，世襲； 孫岩：應城伯，世襲； 房勝：富昌伯，子孫世襲指揮使； 趙彝：忻城伯，世襲； 陳旭：雲陽伯，世襲； 劉才：廣恩伯，子孫世襲指揮同知。 | |
| 歸附並出力的建文舊臣封爵 | 公 | 李景隆：仍為曹國公，增祿，世襲； |
| 侯 | 王寧：永春侯，世襲； | |
| 伯 | 茹瑺：忠誠伯，以終本身； 王佐：順昌伯，子孫世襲指揮使； 陳瑄：平江伯，子孫世襲指揮使。 |
影響
宗室待遇變化
朱棣稱帝後，建文四年（1402年）六月十八日，恢復了周王朱橚、齊王朱榑的爵位 。隨後恢復代王朱桂、岷王朱楩的爵位。永樂元年（1403年）正月，明成祖令周、齊、代、岷四王歸藩 。六月二十六日，成祖取消建文帝之父朱標的興宗廟號，重新稱懿文太子 ；七月十二日，成祖將朱允炆的三個弟弟由親王降為郡王；十一月將朱標之子朱允熥、朱允熞廢為庶人，囚禁在老家鳳陽 。
朱棣因為反對建文帝削藩而起兵，為了爭取諸王擁戴，還改變祖制給予宗室更高的品級。如按照洪武年間規定，鎮國將軍（郡王之子）為三品，輔國將軍四品，奉國將軍五品，鎮國中尉六品，輔國中尉七品，奉國中尉八品。而成祖“遂加鎮國將軍從一品，輔國將軍從二品，奉國將軍從三品，鎮國中尉從四品，輔國中尉從五品，奉國中尉從六品” 。
然而由於朱棣自己是武裝奪權的，為了保證中央政權穩固，他即位後先將諸邊塞王改封於內地，然後逐漸解除諸王的兵權：永樂元年（1403年）削代王護衛及官屬；永樂四年（1406年）削齊王護衛及官屬，不久廢為庶人；永樂六年（1408年）削岷王護衛及官屬；永樂十年（1412年）削遼王護衛；永樂十五年（1417年）廢谷王為庶人；永樂十九年（1419年）周王見勢不妙，主動獻還護衛。洪武朝帶兵的十三位親王，永樂朝削去了六個護衛。與此同時，大封靖難功臣，將大批有經驗的武臣保留下來，加強中央政權，從根本上改變了中央和諸藩的軍事力量對比 。
雖然朱棣實現了朱允炆當年的目的，但只解決了眼前的問題，並沒有改變祖制；其子漢王朱高煦和趙王朱高燧仍然設立了三護衛。宣德元年（1426年），朱高煦叛亂，再次證明親王典兵不是辦法。親征平定叛亂後，明宣宗利用其威望，迫使絕大部份藩王交出了護衛，並從各個方面對宗室加以控制。此後，宗室與中央的矛盾逐漸由軍事上對政權的威脅轉變為大量增加的俸祿對中央財政的壓力 。
強化集權統治
為了更有效率地處理國務，建文四年（1402年）八月初一，朱棣令解縉、黃淮入直文淵閣，預機務。隨後擴充內閣至七人。從此內閣開始在明朝政治中發揮越來越重要的作用 ，甚至清朝仍沿用此制度。
另一方面，由於朱棣是造反稱帝的，對大臣有所猜忌，故恢復了洪武年間廢除的錦衣衛，重新開始實施明朝的特務統治。隨後，永樂十八年（1420年），朱棣又設立了東廠，令親信太監掌權，加強特務統治的同時提高了宦官的地位。有明一代，特務統治幾乎貫穿始終，成為一大特點。
由於靖難之役時，京中宦官提供的情報幫助成祖擊敗惠帝，成祖即位後便改變太祖以來禁止宦官干政的政策，開始重用宦官。一方面，明朝出現了鄭和等著名的優秀宦官，下西洋宣揚國威；另一方面，由於司禮監、東廠等宦官掌權的部門地位提高，且地方鎮守、監督採辦等重要工作皆由宦官擔任（不全為朱棣設定），埋下了日後宦官禍國的種子。
遷都北京
北京故宮鳥瞰 由於洪武年間，北方的防務多由幾位邊王（如朱棣、朱權）負責，而靖難後朱棣徙諸邊王於內地，導致華北防務空虛；又由於有唐朝之守外虛內、宋朝之守內虛外的教訓，故在軍事上，定都金陵（南京）、遙控將領守衛邊界的風險很大；“天子守國門”則可以解決這一問題。另一方面，由於南京的建文帝影響較大，在政治上考慮，作為朱棣大本營的北平更加適合作為帝都。故考慮各種因素後，朱棣決定遷都北京。
永樂元年（1403年）二月，朱棣改北平為北京，名順天府 （與元朝大都區別）；隨後遷徙各地富民於北京 。稱北京為行在。永樂年間，遷都北京的準備一直在進行，如建北京城、建宮殿、疏通漕運等；直到永樂十八年（1420年），北京皇宮（即紫禁城，故宮）和北京城建成，遂下令遷都，以南京作為留都 。
割讓大寧
明朝北境形勢 朱棣在靖難初始時曾將大寧的全部軍力（包括朵顏三衛）納入麾下，朵顏三衛在後續作戰中起到了重要作用；故朱棣稱帝後，將寧王封於南昌，永樂元年（1403年）三月把大寧封賞給朵顏三衛作酬勞 。
大寧位於遼蒙冀三省交界處，遼東—薊州—宣府弓形的中心，軍事地位相當重要；洪武十三年（1380年）收復，並建立衛所，至此廢除 。大寧可以作為遼東、薊州、宣府等地的防衛前哨，並影響其防衛效果；失去大寧，從關內到遼東就只能走山海關過錦州。此後（尤其是土木之變後），薊遼的戰事不斷。割大寧之事，多為後人所詬病 。
地區經濟
靖難之役涉及整個華北和華東地區，反覆的拉鋸戰使得淮河以北的社會經濟遭到極大的破壞 。朱棣登基後，減免了河北、河南、山東等曾為戰場的省份及其它省份的賦稅，以休養生息 。
評價
“靖難之役”是明朝歷史上第一場皇帝和藩王之間的內戰。這場戰爭是建文帝朱允炆為了鞏固自己的權力、決定削藩而引起的。
“靖難之役”是明朝歷史上影響深遠的一次政權爭奪戰，不僅導致了明朝皇位歸屬的改變，也極大影響了此後二百多年明朝政治、思想的走向。清代大學者、《〈說文解字〉注》的作者段玉裁在《明史十二論》中將“靖難之役”、景泰末年的“奪門之變”以及嘉靖初年的“大禮議”稱為影響明朝歷史走向的“三大案”。
“靖難之役”以後，開國功臣集團——明朝初年的“太子黨”地位急劇下降。南京是開國功臣集團的巢穴，永樂十九年（1421年），朱棣正式把明朝的首都從南京遷往北京，更加削弱了開國功臣的影響力。伴隨著開國功臣集團地位的下降，靖難功臣的影響力迅速攀升，英國公張家成了此後明朝政壇的不倒翁，長期處於最高統治集團之列。
參加者
按照朱元璋設計的制度，由皇帝、藩王、外戚、駙馬組成的家天下體制，應該能夠在權力、禮法和親情的共同作用下穩固地支持大明王朝的江山。然而，文弱的侄皇帝與身邊的書生們未能掌握制約桀驁不馴的叔王的辦法，朱元璋最初設計的制度終於釀成大禍。在這場戰爭中，皇親國戚們紛紛參戰，投向不同的兩個陣營。
| 姓名 | 身份 | 靖難時 | 靖難後 | ||
| 惠帝 | 朱允炆 | 朱元璋之孫 | 大明皇帝 | 一說自焚，一說失蹤 | |
| 成祖（燕王） | 朱棣 | 朱元璋第四子 | 燕王 | 奪位稱帝。 | |
| 周王 | 朱橚 | 朱元璋第五子 | 削爵，免為庶人，流放雲南，後被禁錮京城 | 復爵，歸藩 | |
| 齊王 | 朱榑 | 朱元璋第七子 | 削爵，免為庶人，圈禁京師 | 復爵，歸藩 | |
| 代王 | 朱桂 | 朱元璋第十三子 | 削爵，免為庶人 | 復爵，歸藩 | |
| 寧王 | 朱權 | 朱元璋第十七子 | 加入朱棣陣營，隨其靖難 | 移封南昌 | |
| 岷王 | 朱楩 | 朱元璋第十八子 | 削爵，免為庶人 | 復爵，歸藩 | |
| 谷王 | 朱橞 | 朱元璋第十九子 | 朱允炆陣營，獻南京城降朱棣 | 移封長沙 | |
| 燕王世子 | 朱高熾 | 朱棣長子 | 朱棣陣營，留守北平 | 立為皇太子 | |
| 高陽郡王 | 朱高煦 | 朱棣次子 | 朱棣陣營 | 加封漢王 | |
| 郡王 | 朱高燧 | 朱棣第三子 | 朱棣陣營 | 加封趙王 | |
| 駙馬都尉 | 梅殷 | 朱元璋女婿 | 朱允炆陣營，任淮安總兵，戰敗被俘 | 被朱棣授意謀害 | |
| 駙馬都尉 | 王寧 | 朱元璋女婿 | 向朱棣泄密，被朱允炆囚禁 | 釋放，加封永春侯 | |
| 駙馬都尉 | 李堅 | 朱元璋女婿 | 朱允炆陣營，任左副將軍，加灤城侯，被俘 | 病死 | |
| 駙馬都尉 | 胡觀 | 朱元璋女婿 | 朱允炆陣營，戰敗被俘 | 釋放 | |
| 慶城郡主 | 朱元璋侄女 | 濟南中代表朱允炆陣營到朱棣陣營議和 | |||
| 長興侯 | 耿炳文 | 朱允炆親家 | 朱允炆陣營，討伐朱棣，兵敗 | 被彈劾，上吊自殺 | |
| 駙馬都尉 | 耿璇 | 朱允炆姐夫 | 朱允炆陣營 | 稱疾不出，坐罪死 | |
| 燕府儀賓 | 袁容 | 朱棣女婿 | 朱棣陣營 | 加封駙馬都尉、廣平侯 | |
| 燕府儀賓 | 李讓 | 朱棣女婿 | 朱棣陣營 | 加封駙馬都尉、富陽侯 | |
| 魏國公 | 徐輝祖 | 朱棣妻舅 | 朱允炆陣營 | 削爵，幽禁 | |
| 大都督 | 徐增壽 | 朱棣妻舅 | 秘密參與朱棣陣營，被朱允炆斬殺 | 追封武陽侯，謚忠愍，進定國公 | |
| 曹國公 | 李景隆 | 朱允炆表兄 | 兵敗撤職，後獻城投降 | 最初得到禮遇，後被撤職囚禁 | |
相關影視
| 類型 | 播出時間 | 影視劇 |
| 電視劇 | 2000 | 《穿越時空的愛戀》 |
| 2004 | 《名揚花鼓》 | |
| 2005 | 《大明天子》 | |
| 2009 | 《鄭和下西洋》 |
