起因
太祖分封
明太祖朱元璋建國伊始，因為有患於功臣在內而皇族孱弱，故而決定廣建宗室，大舉封建。朱元璋擺出一副天下至公的面孔來給封建定調子，他說：“天下之大，必建藩屏，上衛國家，下安生民，今諸子既長，宜各有爵封，分鎮諸國。朕非私其親，乃遵古先哲王之制，為久安長治之計”。（《明太祖實錄》卷五一）群臣自然不敢反對，逢迎朱元璋是“封建諸王，以衛宗社，天下萬世之公議”。
元朝的宗室分封制度，實際上是取自蒙古時期對戰爭中俘獲的人口、財產的分配。元代諸王主要是從投下封地領取賦稅收入，並非單純的裂土為王。明太祖繼承元朝舊制而有所損益，明代藩王“列爵而不臨民，分藩而不錫土”（《明史稿》列傳三，諸王）。諸王雖分封各地，擁有爵位，但藩府之外，不領有封地和臣民。由朝廷頒給“宗祿”。除明朝初期分封的寧王、燕王、晉王擁軍防邊外，其餘諸王只能掌握少數的護衛軍。在朱元璋看來，分封皇室子孫控馭各地，防止外姓臣僚跋扈，便足以“外衛邊陲，內資夾輔”，使國家固若金湯，算得上長久之計了。
明太祖有子二十六人，長子朱標封皇太子。第九子朱杞及幼子朱楠早亡。其餘諸皇子及侄孫一人先後封為藩王。
一三七○年分封諸皇子為王：朱樉封在西安，為秦王；朱朱棡封在太原，為晉王；朱棣封在北平，為燕王；朱橚先封吳王，後改封在開封，為周王；朱楨封在武昌，為楚王，朱榑封在青州，為齊王；朱梓封在長沙，為潭王；朱檀封在兗州，為魯王；明太祖侄朱文正之子朱守謙，減親王一等，封在桂林為靖江王，共九人。受封的藩王每年得祿米萬石，可在藩王府置相傅和官屬，擁有護衛軍少者三千人，多者至一萬九千人。
一三七八年第二次分封諸王：朱椿封在成都，為蜀王，朱柏封在荊州為湘王，朱桂先封豫王，後改封在大同為代王，朱楧封在甘州，為肅王，朱植封在廣寧，為遼王，共六人。
一三九一年第三次分封：朱栴封在寧夏，為慶王，朱權封在大寧，為寧王，朱楩封在岷州，為岷王，後改雲南，朱橞封在宣府，為谷王，朱松封在開原，為韓王，朱模封在潞州，為沈王，朱楹封在平涼，為安王，朱桱封在南陽，為唐王，朱棟封在安陸，為郢王，朱檥封在洛陽，為伊王，共十人。
明初封建諸王除了內鞏皇權，還要外抗北元（元朝殘餘政治勢力）。所以，朱元璋賦予了某些藩王統軍之權，特別是分封在北邊軍事要地的諸王，皆預軍務，故稱“塞王”。晉王、燕王，皆受命指揮邊防大軍，築城屯田，大將軍馮勝及傅友德，都曾受其節制，軍中大事，二王可直接奏聞。寧王受封后，也擁有軍隊，號稱“帶甲八萬、革車六千”。其餘諸王中，秦、代、肅、遼、慶、寧、谷、安等王，大體上都分布在東北、北方和西北的一條邊防線上。他們中間的諸如燕王朱棣等人在長期的軍事活動中得到應有的鍛鍊，軍事指揮才能日益提高，而政治野心也隨之萌發。
朱元璋雖然分封諸王，但是，對他們的要求一直是很嚴格的，他在給次子秦王的分封詔書中指出：“關內之民，自元氏失政，不勝其敝。今吾定天下，又有轉輸之勞，民未休息。爾之國，若宮室已完，其不急之務悉已之。”而後秦王沒有能夠完全達到乃父的目標，因而在死後被朱元璋責備說：“夫何不良於德，竟殞厥身。”朱元璋在萬里之外對諸王的生活小節也異常關注，晉王朱棡因為責罰廚師不當，朱元璋竟然親自寫信相告：“吾帥群英平亂，不為姑息。獨膳夫徐興祖，事吾二十三年未嘗折辱。怨不在大，小子識之。”嚴父兼君王的一番關愛之情躍然紙上。所以，諸王儘管權力較大，然而對於朱元璋則敬畏有加，朱元璋作為他們的父親和皇上也自然很難站在另外的角度來考慮諸王對於國家的某種潛在的威脅。
然而，有識之士對此卻是洞若觀火，明初著名能臣卓敬、葉伯巨等就先後上書指出分封的弊端所在。卓敬說：“京師，天下視效。陛下於諸王不早辨等威，而使服飾與太子埒，嫡庶相亂，尊卑無序，何以令天下？”而葉伯巨的論證就更加理論化了。他嚴正的說道：“秦、晉、燕、齊、梁、楚、吳、蜀諸國，無不連邑數十。城郭宮室亞於天子之都，優之以甲兵衛士之盛。臣恐數世之後，尾大不掉，然後削其地而奪之權，則必生觖望。甚者緣間而起，防之無及矣。”而在上書之前，葉伯巨就料到可能會遭到不測，他慨然的對朋友說：“縱無明詔，吾猶將言之，況求言乎？”他還預見封王這件事是“難見而患速。”果然，朱元璋以離間骨肉的罪名下葉伯巨於監獄，而後死於獄中，但是，葉伯巨的遠見在後來得到了充分的證實。
其實，就朱元璋自己而言，他也不是不知道分封的利弊所在，然而由於他地位的特殊，所以，他並沒有把這件事看的如何之大，直到卓敬等人一再指出後，他也不得不承認“爾言是，朕慮未及此”。可是，他說歸說，並沒有付諸於事實和行動，由於他的拖延不覺，直接導致了諸王的尾大不掉，釀就了靖難的苦果。
東角門定計
對封建諸王的感覺猶如芒刺在背的不僅僅是卓敬、葉伯巨們，還有被朱元璋稱之為“仁明孝友，天下歸心”的皇太孫朱允炆。朱允炆和他父親太子朱標不同，朱標雖然也是以仁慈、寬大著稱，然則按照封建的禮法，朱標是諸王的長兄，古有長兄代父一說，所以，朱標對於諸王來說也還是需要加以特別尊重的。而朱允炆身份與朱標不同，他是諸王的子侄輩，而且，因為被立為皇太孫的時間不長，威望沒有得以充分樹立，和皇祖的學習也沒有得到很好的施展，所以，在諸王中間特別是軍功顯赫的燕王等人看來其人不過是孺子而已。而朱允炆儘管年輕，卻也聰明，他對諸王的看法和乃祖有著截然不同的思路，作為旁觀者的他，相對於朱元璋更加貼近於現實。
朱元璋祖孫之間曾經有過一次簡單的對話，直接反映了他們對藩王問題的真實看法。朱元璋躊躇滿志的對朱允炆說：“現在，內里的跋扈的大臣也已經被我除掉，外面有藩王為你鎮守四邊，你以後就可以端拱而治了。”朱允炆則說：“諸王如果和朝廷一心倒也罷了，倘若諸王起兵謀反，如之奈何？”朱元璋一時語塞。朱允炆就說：“如果諸王反叛，只好請用祖制，效法漢代的做法，削藩。”朱元璋點點頭說：“沒有比這個辦法更好的了。”朱元璋自己對這番談話後來顯然沒有足夠的重視，而朱允炆則把這次談話作為自己今後的既定方針來看。
朱允炆同時還把自己的擔憂和親近的黃子澄說了，一次在東角門，朱允炆問黃子澄假如諸王謀亂怎么辦？黃子澄信心很足，他慷慨的回答道：“諸王護衛兵，才足自守。倘有變，臨以六師，其誰能支？漢七國非不強，卒底亡滅。大小強弱勢不同，而順逆之理異也。”這番大道理很讓朱允炆滿意，而後朱允炆就是套用了黃子澄的話來回答朱元璋的，史稱：東角門定計。
然而，我們仔細分析一下黃子澄的話就會發現這個主張未嘗不是好的，可是卻空泛的很。而且，胡亂套用以往的例子，不加以對實際的聯繫。再者，黃子澄不過是個書生，知經而不知權，知目的而不知手段。當然，關於這點建文君臣自己都是渾然不覺的。
當時，建文帝的智囊團的主要人物包括黃子澄、齊泰和方孝孺。其中只有齊泰一人知兵，史書上記載齊泰的發跡是這樣的：“太祖嘗問邊將姓名，泰歷數無遺。又問諸圖籍，出袖中手冊以進，簡要詳密，大奇之。”而這種知兵和真正的臨陣統馭將帥還有所不同。不過，因為有著朱元璋對他的一番獎掖，朱允炆就用他作兵部尚書。與黃子澄同參軍國事，成為實際的宰相。而方孝孺則是名重一時的老書生和當代的大儒。蜀王朱椿對他很是敬重，而朱元璋一眼看破，他說：“今非用孝孺時。”但建文對方孝孺卻是情有獨衷、破格任用，每每和他談論軍國大事，更為主要的是讓他出任《太祖實錄》的總裁和負責國家官員的改革制度的實施。
應該說朱元璋留給建文的攤子並不是一個十分令人滿意的局面，適時，中央因為屠殺而中樞乏人，而四方的藩王因為厚養而權重。而由於朱元璋實行了多年的嚴猛的政治使得地主階級不免怨聲載道，特別是朱元璋對江南地主的嚴厲打擊，讓他們倍感不快。因而，建文甫一即位，立刻宣布政治上的改良。他在詔書中稱：“永惟寬猛之宜，誕布維新之政”對於過重的賦稅，建文也許諾給予減免。朱元璋死在洪武三十一年五月，當年七月間建文帝就下詔行寬政，赦免罪犯，捐免逋（欠）租。十二月，又下詔說：“朕即位以來，小大之獄，務從寬減，獨賦稅未平，農民受困，其賜明歲天下田租之半”（《國榷》卷十一）。此後，建文元年二月，又詔均江浙田賦。太祖時江浙賦稅獨重，悉與減免，每畝納稅不過一斗。同時廢除江西、浙江、蘇州、松江等地人不準在戶部任職的規定，仍得在戶部為官（朱元璋認為這幾個地方的人很奸詐，不適合在管理財政的重要部門任職。）。
除此之外，建文君臣開始對官制也做了一定的修改，建文責成方孝孺總其事，充翰林院侍講，參據《周禮》更定官制。此事自建文元年正月起陸續進行，至四月大體告竣。所謂更定官制，其實只是某些官員品級的改定、機構的調整和官職名號的更易，並非制度上的實際改革。如六部尚書由正二品改為正一品。工部增設照磨司，兵部裁革典牧所。都察院改為御史府，設御史大夫。通政司改名通政寺。大理寺改名大理司。官員職名六部侍郎改稱侍中，原通政使改稱通政卿，大理寺卿改稱大理卿。他如太常寺卿改稱太常卿，光祿寺卿改稱光祿卿等等，大體類此。地方官制主要是改左、右布政使制，只設布政使一人。提刑按察司改為肅政按察司。這件事純粹屬於換湯不換藥，而且書生氣十足，對於建文政治的主體毫無實際用處，並從側面也反映出建文君臣的務虛和繁瑣。
然而，無論是改訂官制還是削減賦稅，這都不是建文君臣念茲在茲的大事，他們最關注的還是藩王的問題。建文問黃子澄：“先生憶昔東角門之言乎？”子澄回答：“不敢忘”。所以，朱元璋屍骨未寒的洪武三十一年冬十一月，建文帝就對那些不安分的權力極大的叔叔們動手了。
建文削藩
建文君臣動手削藩的速度並不慢，朱元璋死後不到三個月，建文帝就示意黃子澄和齊泰等人研究這件事並且付諸於行動。但是，令人不解的是，太祖賓天，諸王奔喪，這本是一個很好的機會留給建文君臣，可建文帝卻明詔諸王不得與喪。燕王走到淮安又折回了北平，後人以此論為可惜。實際上，建文帝本人不是沒有考慮到利用諸王來京的機會一舉削奪他們的權力，然而，建文帝的本意也就是他削藩的指導思想一直是沒有一個十分明確的目的，既準備奪去諸王手中的兵權，又不想丟了皇族親情和臉面。如果採取變生左右的辦法雖然避免了後來的征伐可也因此會“驚動”皇祖的陵寢，感覺對不住九泉之下的朱元璋和朱標父子。聯繫到建文帝後來討伐燕王時所下的明令：“勿使朕有殺叔父之名”。便會知道建文帝的主導思路所在了。建文帝雖然有憾於藩王的權力之於中央集權的威脅，然而，他並不想使自己復古的思想流於葉公好龍的形式，他試圖通過仁政和說教來掩蓋政治活動中必須採取的血腥的舉措，這位年輕的皇帝的東宮生活顯然是在一種寬鬆良好的氛圍中度過的。而自然不能和北疆征戰的燕王的戎馬生涯相提並論。
而更為麻煩的是黃子澄和齊泰在商議具體削藩時意見時還不統一，黃子澄說：“周、齊、湘、代、岷諸王，在先帝時，尚多不法，削之有名。今欲問罪，宜先周。周王，燕之母弟，削周是剪燕手足也。”雖說這個總體目標是一致的，那就是一定要把燕王拉下馬來，然而一旦到了實際的實施過程中，齊泰主張首先擒燕，黃子澄不僅不同意還發表了上述的高論，這種打草驚蛇的做法居然得到了最高當局的首肯。從此後的種種大政方針的取向看，雖然建文帝是齊黃並用，實際是更傾向於黃子澄的看法，畢竟是東宮的交情在那裡擺著。
這時候卓敬另別有一番出奇的議論，卓敬給建文帝上奏摺說：“燕王智慮絕倫，雄才大略，酷類高帝。北平形勝地，士馬精強，金、元年由興。今宜徙封南昌，萬一有變，亦易控制。夫將萌而未動者，幾也；量時而可為者，勢也。勢非至剛莫能斷，幾非至明莫能察。”卓敬論述削藩的核心在於不動干戈的情況下先以遷徙的辦法消禍亂於無形，應該說是相當高明的一招。而這樣做理由光明正大，即使燕王一百個理由也不會不同意，更不會拿出祖制靖難的招牌說事。可是，這么一個“天下至計”竟然得不到建文的任何回響。卓敬其人“凡天官、輿地、律歷、兵刑諸家，無不博究”是一時的天下奇才，就連後來殺害他的明成祖也不得不承認“國家養士三十年，惟得一卓敬”的事實。朱元璋生前對卓敬非常看好，可惜建文沒有給予足夠的任用，後人以此論之，稱建文少朱棣之廟算，未及朱元璋之識人，可謂定評。
既然不願意聽從卓敬的意見，那么接下來削藩的首選的對象就是燕王同母弟周王朱橚，周王原來就有劣跡，洪武二十二年朱元璋就準備把他發落到雲南去，現在偏偏他的兒子汝南王上表告變，說他老子準備有異謀，建文帝即派遣曹國公李景隆（李文忠之子，襲父封）領兵去開封，圍周王府擒捕朱橚審訊，坐實謀反罪。洪武三十一年八月，建文帝將周王橚貶為庶人，革去王封，遷置雲南蒙化。十一月，建文帝派遣工部侍郎張昺為北平布政使，謝貴、張信掌北平都指揮使司，察舉燕王朱棣，形同監視。
周王之後，黃子澄、齊泰把矛頭對準了其他諸王，先後處置了四位藩王：代王桂封藩大同，受晉王節制。削藩行動開始後以貪虐罪，削王封，貶為庶人，幽禁大同。岷王楩原封岷州，後改鎮雲南。因西平侯沐晟（沐英子）奏其過失，廢為庶人，徒置漳州。湘王柏，封藩荊州。好讀書，尤喜道家，自號紫虛子。建文帝以王府擅殺人等罪，遣使拘捕。湘王懼禍，在王府自殺。齊王榑封藩青州。曾從燕王北征，出塞作戰，以軍事自負。建文帝將齊王召至京師，以有人告變為由，廢為庶人。這裡面湘王是建文帝於燕王之下最忌諱的一個王爺。史書上說這位湘王“開景元閣，招納俊乂，日事校仇，志在經國。喜談兵，膂力過人，善弓矢刀槊，馳馬若飛”是一個文武備足的人才，當時的朝廷戶部侍郎郭任就公開說過：“今日儲財粟，備軍實，果何為者？乃北討周，南討湘。”可見，朝廷把周王和湘王看作是燕王的兩個羽翼，必須斬之而後快。從郭任透露出來的信息我們可以得出這樣一個結論：建文帝本意就是先把燕王的兩翼砍掉，再關注一下燕王的動靜，如果燕王識趣的話，滿可以自解兵權，仍舊享受藩王的生活待遇，倘若燕王繼續頑固，那么也只有像以上那幾位王爺那樣，或死或貶。所以，建文帝他們不惜打草驚蛇。
也正因為基於這種考慮，在建文元年二月到四月之間，燕王朱棣曾經一度奉召入京師朝覲，而後安然返回北平，期間沒有任何不利於燕王的舉動發生。然而，在建文君臣的一再暗示的情況下，燕王仍舊沒有絲毫的舉動配合朝廷的指示，因此，建文帝在得到燕王府的燕山護衛百戶倪諒上變之後，毅然殺掉燕王的親信於諒、周鐸。指責燕王棣，逮捕王府官僚。而燕王朱棣呢，則偽裝瘋顛避禍，暗中密為籌劃。
朱棣不愧是一代雄主，他裝瘋賣傻的本領就是戰國的孫臏也不敢自承，據說朱棣“或者走呼街頭，奪取市人酒食，語言顛倒，或奄臥溝渠，竟日不起。”負責監視朱棣的北平布政使張昺、謝貴等去探望朱棣時，時方六月，而燕邸內“獨設一火爐，熾炭甚烈，燕王身披羔裘，兀坐爐旁”，居然同時還能瑟瑟亂抖，連呼天冷。張、謝二人與他談話，他卻東拉西扯，胡亂支應。張、謝自此相信朱棣確有病因，歸語朝廷。朝廷竟然也將錯就錯，沒有加派任何人手，僅僅以張謝二人總督其事。
可是，這一切還是沒有瞞過燕王長史葛誠的眼睛，他私下和張謝二人說：“王實無病，將為變。”又密疏報於建文帝。即使是這樣，建文帝得報之後也只是密令北平都指揮使司張信妥為辦理，沒有上升到一定的高度來看燕王的裝病和佯狂背後的深機。
這樣，一場針鋒相對、劍拔弩張的自西漢吳楚七國之亂以來的又一次因削藩引起的地方對抗中央的活話劇再一次的緩緩的拉開了它的序幕。
經過
北平起兵
建文帝早在建文元年就開始布置處理朱棣的軍事行動，他當時委派宋忠總邊兵三萬屯開平，悉簡燕王府護衛壯士以從；又以都督徐凱屯臨清，耿瓛屯山海關，互為犄角。北平原有永清左、右衛，宋忠調其左衛屯彰德，右衛屯順德以備朱棣。然而，最直接對付朱棣的還是北平的三位軍事特務頭子－－張信、張昺、謝貴，當時一個是北平布政使，一個是都指揮使，負責北平城的軍政事務，而且，他們也做了對朱棣下手的準備，史書上記載：“二人知其必有變，乃部署在城七衛及屯田軍士，列九門防守，將執王。”可是，誰也沒有想到這個計謀被張昺的部下李友直告密給朱棣，更為主要的是張信的叛變，讓建文帝的瓮中捉鱉的計畫完全落空，反而讓朱棣著了先鞭。
張信是靖難之變中非常關鍵的一個人物，他自受命監視朱棣以來，一直心驚肉跳，他母親問他為什麼會這樣，他具實回答，張母大驚：“不可。汝父每言王氣在燕。汝無妄舉，滅家族。”在當時，由於道衍、金忠等人的暗中活動和布置，北平城內流傳著這樣的童謠：“莫逐燕，逐燕燕高飛，高飛上帝畿。”給朱棣製造謀反的輿論導向，而張信的母親無疑也是謠言的聽從者之一。張信本來對抓捕燕王的信心就不大，聽了母親的教誨之後，翻然改變，三次到燕王府中告變，把張昺、謝貴以及建文帝的種種布置都泄漏給朱棣，這樣朱棣才決定提前動手，以張玉的主意，攻取北平九門。而這些張昺、謝貴還蒙在鼓中，更不要說宋忠、馬宣等人了。
這時的北平九門都在張謝二人的掌握中，朱棣雖然多次領兵征伐，然則手中目前只有八百人可以作為依靠，可是，朱棣採取了快打慢的手段，利用張謝的麻痹和張信的告密利用宴飲的機會把張謝騙入府中，立刻捕殺，然後命令張玉、朱能攻取九門，張謝雖然控制了九門，然而這些部眾其中很多人原來就是朱棣的部下，對朱棣的裝瘋賣傻抱有一定的同情，再者，張謝被殺，一時群龍無首，張玉就此鑽了空子，除彭二等少數人做了頑強的抵抗之外，一天之內，北平九門連丟八個，最後一個，朱棣讓部下唐雲冒充建文帝的命令，說是天子已經答應燕王的條件了，北平統一歸燕王指揮云云，將士不明就裡，稀里糊塗的投降了，與此同時，朱棣還殺了燕王長史朝廷的內應葛誠、盧振等人，消除了內部隱患數日後，朱棣輕而易舉的控制了北平。
和建文君臣的優柔寡斷、吞吞吐吐相比，朱棣政變緊鑼密鼓、步伐緊湊且乾淨利索，北平拿下之後，朱棣立即搬出《皇明祖訓》中“朝無正臣，內有奸惡，則親王訓兵待命，天子密詔諸王統領鎮兵討平之”的條款，宣布“清君側”靖難。而這時建文君臣還不知如何措手對付這位犯上作亂的叔父，朱棣就已經攻陷通州、收服了房勝，再克薊州，殺了指揮使馬宣，斬斷宋忠的左翼。等到宋忠知道訊息之後，朱棣已經攻克了居庸關，這就等於把北平外圍基本廓清了。
宋忠是太祖朱元璋親自簡選的將領，朱元璋說他“率直無隱”，忠心是忠心，然而計謀卻不是朱棣的對手，他固守懷來，開始散布於將士中間稱：“家屬並為燕屠滅，盍努力復仇報國恩”，可是這一情報被朱棣偵知，朱棣就將計就計令其家人張故旗幟為前鋒，呼父兄子弟相問勞，宋忠的部隊立刻被瓦解了，人呼之宋忠欺我，倒戈相向，朱棣一舉渡河，殺掉宋忠，山後諸州都歸屬朱棣，谷王朱橞坐鎮宣府，聞聽朱棣造反，嚇得跑回了南京，把西大門徑直向朱棣敞開了。
奔襲大寧
建文元年八月，朝廷加長興侯耿炳文為征虜大將軍、駙馬都尉李堅、寧忠次之，率三十萬眾討伐朱棣。征虜大將軍是明初統軍將領的最高榮譽，當年也只有徐達、馮勝、藍玉三人得任，說明建文帝對耿炳文的重視程度，希望藉助老將的威名一舉擊敗朱棣。
然而，朱棣向來用兵詭譎，他沒有等到耿炳文腳跟站穩，就立刻給南軍來了個下馬威。耿炳文到達真定之後，分營滹沱河南北。以都督徐凱軍河間，潘忠、楊松駐鄚州，先鋒九千人駐雄縣。朱棣趁著南軍沒有防備，一戰消滅了雄縣的全部駐軍，而後，又在月漾橋設伏，智擒潘忠、楊松，攻陷鄚州。這時，炳文的部下張保投降朱棣把南軍的虛實具體相告，朱棣將計就計，“燕王縱保歸，使張雄、鄚敗狀，謂：北軍且至。”於是，耿炳文中計，真定一戰，耿炳文部隊“蹈借死者不可數計”，李堅、寧忠、顧成等大將都被朱棣一次擒獲，其中李堅在械送北平途中死節，顧成投降朱棣並被委為北平留守之一。
耿炳文不料朱棣這樣的動作，三戰三敗，炳文深以為恥，諱言軍報，哪知道朱棣抓住這個弱點，故意把南軍大敗的情況做了誇張的描述讓南京的建文君臣知道，果然，建文帝走馬換將，以曹國公李景隆為征虜大將軍，代耿炳文領軍，付之五十萬傾國之兵。李景隆，時人謂之“貴公子，不知兵，惟自尊大，諸宿將多怏怏不為用。”在進攻北平的過程中，部將瞿能奮勇殺敵，而李景隆居然嫉妒他的功大，命令停止，以致於功敗垂成。
由於朱棣看透李景隆無能為也的本質，所以，朱棣準備另外布置一番棋局給自己的勢力增加砝碼，那就是選擇奔襲大寧這條路走。大寧在喜峰口外，“古會州地，東連遼左，西接宣府，為巨鎮”，朱元璋第十七子朱權封於此，是為寧王，寧王也是著名的塞王之一，而且在塞王中實力最為雄厚，號稱是帶甲八萬，革車六千，而且所屬朵顏三衛騎兵皆驍勇善戰，朱棣對部將說：“曩余巡塞上，見大寧諸軍慓悍。吾得大寧，斷遼東，取邊騎助戰，大事濟矣。”另一方面，朱權本人因為在建文元年因為不配合朝廷的削藩政策，被坐削三護衛，心懷怨憤，也正是利用的好機會。於是，朱棣留世子朱高熾鎮守北平，以道衍、金忠、顧成等人輔佐，授以密計對付李景隆，自己親自簡率一萬精兵，於建文元年九月借江陰侯吳高攻取永平的機會，自劉家口間道趨大寧，詭言窮蹙來求救，寧王信之不疑，邀請朱棣入城，兄弟見面，自然大哭一番，訴說各自的委屈，朱棣極言自己是被逼無奈才起兵造反，實在殆非本意，寧王表示願意上表為朱棣申辯，幾天之後，寧王戒備更加鬆弛，朱棣就利用朱權給自己送行的機會，在城外伏下重兵，俟朱權郊迎禮畢，伏兵四起，“擁權行。三衛驍騎及諸戍卒，一呼畢集”朱棣等人擁著寧王直奔松亭關，當時，守將都指揮卜萬與都督劉真、陳亨負責松亭關的防務，陳亨準備投降朱棣，可是卜萬是強硬派，所以，陳亨不敢流露，事情被朱棣知曉後，模仿古人的伎倆，“行反間，貽萬書，盛稱萬；極詆亨”，然後，厚賞所獲大寧卒，令其“緘書衣中，俾密與萬。故使同獲卒見之，亦縱去而不與賞。不得賞者發其事。真、亨搜卒衣，得書。遂執萬下獄死，籍其家。”卜萬冤死，松亭關不守，大寧都指揮使朱鑒、寧王府長史石撰死節不降，然而，寧王全然沒有那樣的骨氣，反而為朱棣在北平一心一意的起草反抗朝廷的命令，朱棣許以中分天下的諾言，寧王不信也要信了。自此，精悍驍勇的朵顏三衛均歸朱棣所有，一時北軍兵威大振。
此時，李景隆也學著朱棣的辦法偷襲北平，正在雙方糾纏不休的時候，朱棣引大寧精銳趕回，李景隆大敗，逃到山東德州。建文帝聽說李景隆兵敗，問策於黃子澄，黃子澄說：“但天寒，士卒不堪，今暫回德州，待來春更進。”舊史書上多稱黃子澄為李景隆隱瞞戰敗的情況，從後來黃子澄請殺李景隆之堅決，此事似乎不確。
朱棣等李景隆等龜縮德州之際，謀攻大同，他說：“攻大同，彼（李景隆）必赴救，大同苦寒，南軍脆弱，且不戰疲矣。”誠如所料，李景隆分軍來救，自由紫荊關來援，而朱棣拖著李景隆幾十萬大軍於冬季嚴寒之中奔走，“景隆兵多凍餒死者，不見敵而還。”建文二年四月，李景隆會同援軍武定侯郭英、安陸侯吳傑、總兵官平安等統軍六十萬布防白溝河一線，朱棣也率領十三萬大軍，以張玉馭中軍，朱能將左軍，陳亨統右軍，為先鋒，丘福自領步騎殿後。白溝河一戰，由於南軍統帥多頭、號令不一、指揮失措，以致於讓北軍得手，其間，朱棣戰馬三次更換，南軍驍將瞿能、平安等幾乎殺掉朱棣，多虧朱高煦、朱能等人救助才以得免，此役，大戰良久，飛矢雨注。朱棣表現了一名統帥應有的素質，當北軍艱難支撐之際，朱棣不退反進，他言道：“吾不進，敵不退，有戰耳。”而南軍統帥李景隆、郭英（據郭英的後人說此公乃鄱陽湖水戰射死陳友諒者，朱元璋洪武功臣）膽怯不前，平安一軍雖然英勇但被朱能困住，而瞿能父子均已陣亡，南軍鮮有衝鋒大將，這時，大風忽起，北軍“乘風縱火奮擊，斬首數萬溺死者十餘萬人。郭英潰而西，景隆潰而南，盡喪其所賜璽書斧鉞，走德州。”五月，朱棣進攻德州，李景隆、郭英再逃濟南，北軍尾隨而至，圍攻濟南府。
長驅直入
李景隆在山東的喪師辱國已經表明了建文君臣在削藩戰爭中實在不是應變的行家。特別是當近臣黃子澄請求誅殺李景隆以謝天下時，建文帝不知出於何種目的居然沒有答應，黃子澄痛哭說：“大事去矣，薦景隆誤國，萬死不足贖罪！”李景隆一戰損失大軍二十萬之眾說明南軍在短時期之內已經不能完全消滅朱棣，兩軍的作戰進入相持階段。
然而，朱棣雖然取得階段性勝利，卻也不能立刻驅逐南軍，特別是進入山東之後，戰爭進入膠著狀態。山東當時的總督糧餉的鐵鉉成了朱棣的剋星之一了。鐵鉉曾經被朱元璋相當賞識，字之曰“鼎石”，為人幹練、精明、忠勇、機敏。朱棣最初的想法是“獨以得濟南，斷南北道，即畫疆守，金陵不難圖。”所以，他趁著李景隆大敗之際，揮師殺入山東就是為了濟南，可是偏偏遇上“不識時務”的鐵鉉，讓朱棣大傷腦筋。史稱：“燕兵堤水灌城，築長圍，晝夜攻擊。鉉以計焚其攻具，間出兵奮擊。”搞的朱棣焦頭爛額，鐵鉉還想出一條計策，讓城中的百姓詐降，朱棣大喜，親自統軍進入濟南，不料，“鉉伏壯士城上，候王入，下鐵板擊之”，朱棣的戰馬立斃鐵板之下，朱棣幾乎斷送了性命，懷大憤恨還，以誓殺鐵鉉為己任。朱棣初到濟南可謂“盡力以攻，期於必拔”，然而三個月過去了，濟南堅固依舊，而北軍損失大增，朱棣只好被迫還師。朱棣自起兵以來，連敗南軍，唯獨一個濟南城把他弄得毫無辦法。
李景隆敗後，建文帝以盛庸為平燕將軍，統軍對抗朱棣，適時，吳傑、平安守定州，盛庸駐德州，徐凱屯滄州，為犄角之勢。朱棣攻破滄州之後，兵薄濟寧，盛庸於東昌府之外邀擊北軍，東昌大戰就此拉開序幕，朱棣北軍仗著前兩次戰勝的驕橫，左衝右突，盛庸使用火器大面積的殺傷北軍，朱棣一時惱怒中了盛庸的計，親領少數軍隊殺進盛庸布置好的中陣，結果被重重圍困，朱能等人率領蒙古起兵解救也不能脫身，朱棣手下第一號大將張玉也被迫從督戰變成親臨戰陣，此一戰，北軍傷亡慘重，張玉為了救護朱棣被射死馬下，北軍精銳喪失殆盡，朱棣僅以百名起兵衛護逃離。這是南北之爭以來南軍取得的最大的勝利，建文帝特到太祖廟告祭朱元璋亡靈祝捷。
朱棣回師北平之後，很多將領都勸朱棣歇軍再戰，只有道衍不同意，他堅決主張再度進軍，朱棣採納了他的意見，於建文三年春三度舉兵，南出保定，盛庸和朱棣對決於夾河，盛庸雖然陣斬朱棣大將譚淵，然而自己的驍將莊得等人也都戰死，戰至酣熱之際，東北風大起，利於北軍，於是，南軍大敗，這時，朱棣部將李遠又焚糧艘於沛縣，盛庸二十萬大軍無糧草可以堅持，只好退避三舍，進入德州。
此後一年之間，南北軍互有勝負，到建文三年年底，朱棣起兵三年，僅據有北平、保定、永平三府，這時候，南京被責罰的宦官逃到北平把南京的虛實告之朱棣，朱棣大喜，問策於道衍，道衍說：“毋下城邑，疾趨京師。京師單弱，勢必舉。”朱棣就此定下長驅直入的方針。
建文四年，朱棣誓師曰：“頻年用兵，何時已平？要當臨江一決，不復返顧矣。”由館陶渡河，在肥河大敗南軍，隨後北軍攻陷東阿、汶上、鄒縣，直至沛縣、徐州，南軍平安諸將前來堵截，雙方大戰於齊眉山，建文帝調來中軍都督府都督，魏國公徐輝祖助陣。朱棣部下多有畏難情緒，朱棣大怒，大將朱能以漢高祖建業一事從中鼓勵諸將，北軍才得以成行，此次戰役，朱棣沒有撈到什麼實際好處，反而損失了大將王真、陳文、李斌，韓貴等人，然而，建文帝再度聽信讕言，調回徐輝祖，使本來戰敗的朱棣得到足夠的喘息，徐輝祖是深得乃父徐達的真傳，屬一時名將之選，徐輝祖去後，朱棣大暢其行，何福孤軍奮戰不敵北軍，靈壁一戰北軍生擒平安、陳暉等三十七將，丘福、朱能襲破盱貽，控阻盛庸於南岸。此時，朱棣已經顯得勝券在握，他表示：“鳳陽樓櫓完，淮安多積粟，攻之未易下。不若乘勝直趨揚州，指儀真，則淮、鳳自震。我耀兵江上，京師孤危，必有內變。”果然，當北軍攻克揚州之後，建文帝立刻慌作一團，派遣慶成郡主來朱棣軍中求和，朱棣冷笑道：“我連太祖封給我的燕王都不要了，還要什麼割地呢？”下令不許。
建文四年六月，江防都督僉事陳瑄以舟叛降朱棣，朱棣軍力大增，六月三日自瓜州渡江，盛庸以海艘迎戰，敗績，六月四日攻破鎮江，次日攻破龍潭，南京已經指日可下了。
建文遜國
建文帝在這次靖難之變的整個過程中可謂調度乖張、莫衷一是。齊泰、黃子澄本是謀主，一旦事情有變，建文帝竟然附允朱棣的意思，竄貶齊黃，而後有人上書以為不可，建文帝遂寢其事。削藩之初，燕王上書申救，建文帝居然覽書惻然，謂左右事宜且止，黃子澄力爭不可時，建文說：“朕即位未久，連黜諸王，若又削燕，何以自解於天下？”左顧右盼、驚惶不定，以婦人之仁來用人行政尚且不測，更不要說身臨險象橫生的政治深淵了。比之乃祖十分之一不及。
當建文四年六月之間，朱棣親領大軍南下，直逼南京時，建文帝徹底慌了，他加派大臣李景隆、茹瑺等人用方孝孺之計許以割地求和，朱棣此刻別有一番議論：“吾無罪而削為庶人，今救死，何以地為！且皇考封諸子，已各有分地矣。其縛奸臣來，吾即解甲謁孝陵歸籓。”通篇都是藉口，只有一句是真的，那就是不可能再作什麼燕王了。而是要君臨天下。
適時，朝廷內外混亂不止，有人趁機渾水摸魚，徐達的幼子徐增壽、駙馬都尉王寧、谷王朱橞、曹公李景隆就是其中主要分子。徐增壽和乃兄徐輝祖截然不同，他和這位謀反的姐夫關係最好，朱棣造反時，他竟然特立獨行的上表說：“燕王先帝（太子朱標）同氣，富貴已極，何故反？”而後，數次把南京的虛實報給朱棣知道，特別是聞聽朱棣渡江在即，更加賣力，終於被建文知曉，建文這時倒是來了能耐，親手把徐增壽斬首於殿前，而駙馬都尉王寧下獄論罪。後來朱棣進京，感於增壽為自己殉難，特加封定國公，食祿2500石，累世增封，班列功臣之首，直到明朝滅亡，由此可見增壽給朱棣提供的情報的重要性，而建文帝也居然一直容忍這么一個超級間諜在自己的身邊，不是昏聵是什麼呢？
李景隆喪師辱國，建文帝不罪，派守金川門，另有谷王朱橞因為丟棄宣府也派往金川門視事。李景隆實際早就對抵抗失去信心，暗中和朱棣已經溝溝搭搭，朱橞因為同屬藩王，而且又是一個李元吉一流的人物，自然不會認真鎮守金川門，建文帝用這樣的人給自己看家護院，焉能不敗？
北軍在建文四年六月十三日受到李景隆和朱橞的照顧（李景隆私開金川門）攻入南京，史稱“金川門之變”，就此長達四年的靖難戰爭以朱棣的全面勝利告終。
朱棣入城之後，一面榜文天下捕捉齊泰、黃子澄、徐輝祖、方孝孺等所謂奸臣，一面尋找建文帝後。關於建文帝的下落終明一代都是歷史之謎，而且一直以來困擾著朱棣。那么，建文到底是死還是逃了呢？
關於這點，《明史》、《明史紀事本末》、《國榷》等史書都有不同的看法，然而，他們同時都承認，建文帝沒有死於宮中大火，自焚而死的只有皇后馬氏。《明史·恭閔帝》中記載：“宮中火起，帝不知所終。燕王遣中使出帝後屍於火中，越八日壬申葬之。”此後，明史作者繼續交待：“或雲帝由地道出亡‘……，自後滇、黔、巴、蜀間，相傳有帝為僧時往來跡。”而官修本《明太宗實錄》和《明成祖實錄》中則記載說：“上望見宮中煙起，急遣中使往救，至已不及，中使出其屍於火中，還白上，上哭曰，果然，若是痴呆耶。”這是仿照宋太宗迫害趙德昭的做法編寫的，所以連明史都不採用這個邏輯。谷應泰所作的《明史紀事本末》中不僅否認建文帝從死，而且還把建文帝後來流落在外的詩抄給抄錄下來：“閱罷楞嚴磬懶敲，笑看黃屋寄團瓢。南來瘴嶺千層回，北望天門萬里遙。款段久忘飛鳳輦，袈裟新換袞龍袍。百官此日知何處？惟有群鳥早晚朝。”（另一首是：風塵一夕忽南侵，天命潛移四海心。鳳返丹山紅日遠，龍歸滄海碧雲深。紫微有象星還拱，玉漏無聲水自沉。遙想禁城今夜月，六宮猶望翠華臨。）以作為建文帝不死的證據。清代學者趙翼也根據建文帝的詩：“誰將玉指甲，掐破青天痕？影落江湖裡，蛟龍不敢吞”。斷定建文帝“浪跡西南，終免禍難。”
建文帝的下落一般是三種結論，一為出家說，這個例證比較多，最為明顯的是，朱棣的第一號親信大臣姚廣孝死時，朱棣問姚廣孝還有請求沒有，姚廣孝居然提出：“僧溥洽系久，願赦之。”溥洽者，建文帝主錄僧。“有言建文帝為僧遁去，溥洽知狀，或言匿溥洽所。帝乃以他事禁溥洽。”可見，這位和尚是知道建文的具體下落的，然而他始終堅不吐實，所以，朱棣恨他欲死，囚禁十餘年，直到姚廣孝張嘴，這才釋放了他。而後，從一些地方史料也可以看出來，建文出家並非空穴來風，明末大臣張居正在對答萬曆皇帝時也說過：“建文皇帝當靖難師入城，即削髮披緇，從間道走出，後雲遊四方，人無知者。”這樣的話，出家說可謂知者甚多了。
另一個為浮海說，也就是說建文蹈海而去，在《明史·鄭和傳》中提到：“成祖疑惠帝亡海外，欲蹤跡之。”鄭和第一次下西洋的主要目的就是追尋建文看來並不是虛擬。關於這點，近現代史家如范文瀾、呂振羽、吳晗等人都有文章解讀，然而，旁證比較孤立，一直不作重點研究。存疑而已。
再有一說為死亡說，具體時間是在永樂二十一年前後，也就是公元1423年左右。這一說比較有力的證據就是胡濙的察訪匯報，史書上記載，胡濙一直是明成祖派往各地查詢朱允炆下落的使者，身負重任，“訪仙人張邋遢，遍行天下州郡鄉邑，隱察建文帝安在。”胡濙從永樂五年出發，到永樂十四年才回來，而後“母喪乞歸，不許。”明清大臣奪情視事一般都是軍國大事不得已而為之，胡濙的情況也算是特例之中的特例了。永樂十七年再出，永樂二十一年回來，史稱：“二十一年還朝，馳謁帝於宣府。帝已就寢，聞濙至，急起召入。濙悉以所聞對，漏下四鼓乃出。先濙未至，傳言建文帝蹈海去，帝分遣內臣鄭和數輩浮海下西洋，至是疑始釋。”這段說明是非常重要的證明，至少說明了在永樂二十一年的時候，建文帝作為帝位的威脅已經徹底排除，而排除的根據無非是建文帝本人表示無意於皇帝和他已然死亡，前者不太可能，唯獨後者是真的，也惟其後者建文帝病死才能讓朱棣放心，至此，懸案得以告一段落，而朱棣離他自己的“駕崩”也不到一年的時間了，朱棣在位二十二年，這件事纏繞了他二十一年之久。
有的史學者認為，朱棣不會花費這么大的氣力來搜尋一個無能為力復國的窩囊皇帝，然而，事實並非這么簡單，建文帝的幼子朱文圭一直被囚禁，直到英宗年間，皇帝準備釋放他，大臣還援引先皇的教訓不許可呢。而建文帝的同母弟衡王允熞、徐王允熙後來被幽禁，都是死於非命，史書說：“永樂四年十二月，邸中火，暴薨。”顯然不是正常死亡。而這時正是胡濙尋訪建文帝的前一個月，難道是偶然嗎？以朱文圭一個孺子，衡王、徐王也不過是藩王，朱棣尚且如此對待，那么，真正資格的皇帝建文，朱棣怎么可能掉以輕心呢？
然而，無論是哪一種說法，不論是建文跑到哪裡去，他終究是失敗了，而且失敗的很慘，可以說滿盤皆輸。他在削藩這么重大的事件上疏於縝密、怯於果斷、失於機謀，固然建文帝對待屬下寬厚仁慈，可是，仁而無狀、寬而無法，以致於眾人都不懷其恩，而溺其度，作為一個統治者，在必要的階段居然兒女情長、似是而非乃至狐疑不決、賞罰不明。建文帝不是一個合格的皇帝，他的遜國雖然令人同情，可並非偶然。從明初歷史發展的角度看，即使沒有朱棣的靖難之變，建文帝能不能完成或者說順利的完成從朱元璋以來的轉型也是大存疑問的，換言之，以建文帝的能力似乎不足以扭轉一個時代的格局，更不要說開創一個時代了。所以，朱棣的靖難成功何嘗不是一個歷史的必然選擇呢？
南京喋血
朱棣以勝利者的姿態昂然進入南京，然而，並不是所有人都像李景隆、朱橞那樣卑躬屈膝，也不是所有人都像徐增壽那樣甘心為朱棣驅使。朱棣甫一入城，御史連楹即刺殺朱棣，被殺後，“屍植立不仆”，眾人大驚失色，朱棣也為之膽寒。而翰林院編修楊榮則非常聰明的謁請於朱棣的馬前說：“殿下先謁陵乎，先即位乎？”一句話點醒了尚沉醉於勝利夢中的朱棣，朱棣以奉天靖難、皇明祖訓為依託起兵造反，雖則心中非作皇帝不可，然而嘴上一定是祖宗家法第一，況且，謁陵是標明統緒的頭等大事，漢光武帝就是先拜謁劉邦的高廟之後才即位的，何況朱棣向來標榜自己是太祖的孝子賢孫呢？於是，立刻布置拜謁孝陵的有關事宜，朱棣親往朱元璋的墳頭前哭訴自己的不得已，請求父親原諒自己親手廢了他老人家許立的接班人，至於楊榮，他此後一生的榮華富貴就都在這句話裡面了，連楹刺殺、楊榮見機，世間的榮枯本來就不可以同日而語的。
朱棣榮登大寶之前，下旨捉拿奸臣黃子澄、方孝孺、齊泰、卓敬、徐輝祖、鐵鉉、暴昭、練子寧等，政治總清算終於來到了。建文武將投降成風，而建文文臣的抗節不屈則是史不絕書的，而且其間可歌可泣的事跡和人物至於後世仍然傳頌不已，史稱：“忠憤激發，視刀鋸鼎鑊甘之若飴，百世而下，凜凜猶有生氣。”自宋以來的士大夫的節義至此達到高峰。而朱棣作為專制者的殘暴的一面也暴露無遺。
黃子澄是朱棣眼中的首惡，他在金川門之變後謀求海上起兵復國，被人告發被俘，堅不屈服，朱棣命令凌遲處死，族人無少長皆斬，姻黨悉戍邊庭。齊泰自然也難逃一死，不過，齊泰的很有意思，“墨白馬走，行稍遠，汗出墨脫”有點白馬非馬的味道，被抓到之後也是不屈而死，死的很慘烈。齊黃為朱棣恨之入骨，他們的妻女在他們身後也是備受凌虐，《奉天刑賞錄》之《教坊錄》中記載：“永樂十一年正月十一日，本司鄧誠等於右順門裡口奏，有奸惡齊泰的姐並兩個外甥媳婦，又有黃子澄妹四個婦人，每一日一夜，二十條漢子守著，年小的都懷有身孕，除夕生了小龜子，又有一個三歲的女兒。奉欽（旨）：‘小的長到大，便是搖錢樹兒。’”可見，他們的境遇是如何慘痛的了。
侍郎卓敬因為削藩時首獻大策，所以也沒有逃掉，不過，朱棣很欣賞卓敬的才能，先是責備他離間骨肉，卓敬不受，說：“惜先帝不用敬言耳。”繼而又派人以管仲、魏徵的故事勸於卓敬，卓敬厲聲說道：“先皇帝曾無過舉，一旦橫行篡奪，恨不即死見故君地下，乃更欲臣我耶？”朱棣還不死心，這時，因為過去的個人恩怨，姚廣孝密奏朱棣說：“敬言誠見用，上寧有今日。”朱棣這才下令族誅卓敬，而後若干年，朱棣仍舊感嘆的說：“國家養士三十年，惟得一卓敬。”
其後，暴昭、練子寧、毛泰、郭任、盧植、戴德彝、王艮、王叔英、 謝升 、丁志方 、甘霖 、董鏞 、陳繼之 、韓永 、葉福、劉端、劉璟、黃觀、侯泰、茅大芳、陳迪等人都不屈而死。而其中死節最為壯烈的應該屬鐵鉉、方孝孺、景清等人。
鐵鉉一直到建文失敗之後才被俘，朱棣親自在御前審問他，鐵鉉“反背坐廷中嫚罵，令其一回顧，終不可”，朱棣暴怒，命人把鐵鉉劃開膝骨。鐵鉉仍然大罵不止，朱棣把鐵鉉的肉一塊一塊的割下來，煮熟之後置之於鐵鉉的口中，問鐵鉉：“甘否？”鐵鉉說：“忠臣孝子之肉有何不甘？”劊子手用屠刀把鐵鉉的嘴角豁開一直豁到耳邊，鐵鉉還是不屈服，直到牙齒被鐵錘敲碎還在不住的大罵朱棣篡位謀反，朱棣恨極，令人當場寸磔鐵鉉，把鐵鉉的屍體放入鑊中，而後焚屍揚灰，鐵鉉死年不過三十七歲，一時天下知道這件事的人都為鐵鉉的忠義所感動，直到滿清末年，《老殘遊記》的作者路過山東濟南時，還有人在講鐵鉉殉難的故事呢。
方孝孺，朱棣起兵於北平時，臨行，姚廣孝（道衍）請託於朱棣，朱棣問是何人，道衍答曰：方孝孺，並說：“城下之日，彼必不降，幸勿殺之。殺孝孺，天下讀書種子絕矣。”朱棣親口答應。其實，方孝孺本人除了做學問之外，在政治上並不高明，他給建文帝謀劃的計策要么迂腐，要么不合時宜，但是，方孝孺的氣節卻是一般人無法企及的，在建文帝出逃後，方孝孺就抱定身死社稷的願望，朱棣把他請入殿中，和藹的問：“先生毋自苦，予欲法周公輔成王耳。”欲藉助方孝孺，然而，方孝孺不為所動，針鋒相對的說：“孝孺曰：“成王安在？”朱棣答：“彼自焚死。”孝孺再問：“何不立成王之子？”朱棣說：“國賴長君。”孝孺還問：“何不立成王之弟？”朱棣已經疲於應對了，只好說：“此朕家事。”然後讓左右請方孝孺起草即位的詔書：“詔天下，非先生草不可”孝孺投筆於地，且哭且罵：“死即死耳，詔不可草。”一種說法是方孝孺寫了四個大字：“燕賊篡位。”朱棣大怒，把方孝孺下獄，並且威脅方孝孺要誅滅他的九族，方孝孺冷淡的說：“十族不懼，況乎九族？”朱棣動員方孝孺的弟子三番五次的去勸說方孝孺，爭奈方孝孺不為所動，朱棣的耐心失去的限度，最後果真下令誅殺方孝孺十族，為歷史所罕見，方孝孺臨死做詩道：“天降亂離兮孰知其由，奸臣得計兮謀國用猶。忠臣發憤兮血淚交流，以此殉君兮抑又何求？鳴呼哀哉兮庶不我尤。”他的兩個女兒先於他自殺殉節。明萬曆年間，明朝政府給方孝孺建立表忠祠，褒獎他的忠烈和節義。
景清、胡閏之死也是非常悲壯的，景清為人正直、敏達，有過目不忘的本領，初為北平參議，朱棣和他談話，“言論明晰，大稱賞”，所以，朱棣進南京之後，對景清一直準備重用的，然而，景清立志與方孝孺等人死節，所以，一日，景清暗中藏了利刃準備殺掉朱棣，不幸被發覺，朱棣大怒，責問其故，景清說：“欲為故主報仇耳。”朱棣氣極了，把景清的牙齒打掉，景清含血大罵，鮮血直噴到朱棣的衣服上，滿朝的大臣都為之驚呆。朱棣立命將景清剝皮實草，屍體凌遲。然後，“籍其鄉，轉相攀染，謂之‘瓜蔓抄’，村里為墟。”而著名的殺人方法“瓜蔓抄”就是從景清的身上開始的。這種辦法比之屠殺十族範圍還要廣大，比如景清和山東的劉固通信，於是劉固一家九族被滅。劉固兄弟遇害之時，也是憤怒到了極點，居然奪過屠刀，連殺劊子手十餘人。最後才壯烈而死。胡閏是大理寺少卿，為討平朱棣日夜謀劃，朱棣恨之入骨，殺他的時候居然採用了“灰蠡水”來剝胡閏的皮。根據《明朝小史》卷四的記載：“文皇既抄沒一族，男女二百一十七人，所居之地，一路無人煙。雨夜聞哀號聲，時見怪。”負有探訪建文下落的禮部左侍郎胡濙都看不過眼去了，回來向朱棣報告，朱棣沉默無一語，許久才解。
此外，徐輝祖和梅殷的下場也值得一提。徐輝祖在得知金川門之變後，跑到徐達的廟裡大哭不止，就是不去迎接朱棣的法駕，氣得朱棣把他抓起來，徐輝祖出示朱元璋頒給徐達家裡的鐵券，上面有功臣免死的字樣，朱棣無可奈何，而且也礙於自己的妻子徐氏和徐增壽的面子，只能把徐輝祖禁錮了事，徐輝祖於永樂五年憂鬱而死，萬曆中錄建文忠臣，廟祀南都，以輝祖居首。後追贈太師，謚忠貞。梅殷是朱元璋的女婿，尚寧國公主，他是汝南侯思祖從子，善於謀略，熟悉弓馬，朱元璋一直對他非常器重，許以輔佐皇孫的重任，梅殷不負朱元璋的厚托，當朱棣遣使假道於梅殷，以進香為名。殷答曰：“進香，皇考有禁，不遵者為不孝。”朱棣大怒，復書言：“今興兵誅君側惡，天命有歸，非人所能阻。”梅殷更狠，割使者耳鼻縱之，曰：“留汝口為殿下言君臣大義。”朱棣沮喪不已。後來又“絕舟檝以遏燕”，朱棣進京後，梅殷吞兵淮上，朱棣逼迫寧國公主寫信給梅殷讓他投降，梅殷見大勢已去，朱棣親自接見，問梅殷：“駙馬勞苦。”殷曰：“勞而無功耳。”朱棣暗恨之，其後，朱棣密令心腹前軍都督僉事譚深、錦衣衛指揮趙曦借上朝的機會把梅殷推入水中淹死。寧國公主大哭向朱棣索取丈夫，朱棣無法，只好殺人滅口把潭、趙殺掉報之於公主：“駙馬殷雖有過失，兄以至親不問。比聞溺死，兄甚疑之。都督許成來首，已加爵賞，謀害之人悉置重法，特報妹知之。”言外之意也是暗示公主不要糾纏此事，公主只好忍氣吞聲作罷。其實，公主本人也是一直反對朱棣的，史稱“主聞成祖舉兵，貽書責以大義。”只是由於兄妹的名分所關，且公主又是女流，朱棣才不便下手加害而已。
這場異常慘烈的屠殺進行了很長一段時間之後才告結束，朱棣親手導演的這幕悲劇比之乃父朱元璋的屠戮功臣有過之而無不及，而作為守節的建文文臣秉承了南宋以來的理學思想中的氣節一章，寧折不彎的舉動也被世人所敬仰，包括此後的甲申之變中明朝的士大夫不復這種剛烈的表示了。雖然，這中間不乏愚忠的成份，但是，這種不屈服於暴力的精神一直以來都是我民族很可寶貴的精神財富之一，值得給予肯定和認同。即使為朱棣百般遮掩的史書作者也承認：“由是觀之，固未可以成敗之常見論也……忠義奇節，人多樂道之者。”
結果
公元一四〇二年七月朔日，朱棣在建文群臣的血泊中祭告天地，在奉天殿正式登極，接受朝賀，詔告天下。改明年年號為永樂，是為明成祖。
