電子PCR

e-PCR) e-PCR e-PCR

電子PCR ( Elect ronic PCR , e-PCR)
現已是一種常用的核苷酸序列電子分析工具, 它在DNA 片段的染色體定位、基因組測序、基因組輔助作圖、PCR 引物輔助設計和基因的克隆等方面發揮著重要作用。
e-PCR 技術是利用生物信息學資料庫作為平台, 藉助相應的分析運算軟體, 搜尋所查詢的DNA 序列(query sequence) 是否含有序列標記位點(Sequence Tagged Sit , ST S) , 根據STS 在已知基因組圖譜的位置將所查詢的DNA 序列在基因組圖譜上進行定位 。它的主要原理與BLAST 相似, 但是BLAST 是將所查詢序列與資料庫中序列的全長進行比對, 而e2PCR 是將所查詢序列與資料庫中STS 序列兩端的PCR 引物序列進行比對。在一定意義上說, BLAST 類似電子雜交技術而e2PCR 是一種無需具體實驗操作的藉助於某些生物信息數據和專用分析軟體而可以在計算機上進行的PCR技術。正如實驗室中PCR 專一性優於雜交一樣,e2PCR 比BLAST 顯示出更高的專一性
e-PCR 技術的目的是將DNA 序列定位於特定的基因組圖譜( Genomic Map) 上。因此, 基因組圖譜也是e-PCR 的基礎平台。基因組圖譜是指綜合某一生物的基因在染色體上的分布狀態、排列順序等信息而繪製成的圖例, 包括以染色體重組交換為基礎的遺傳圖譜( Genetic Map) 和以DNA的核苷酸序列為基礎的物理圖譜
套用
基因組測序與基因組作圖迄今已完成了約1000 種病毒、100 種微生物和近100 種真核生物的全基因組測序工作, 並沉澱在Genebank 資料庫中( http : / / www. ncbi. nlm. nih.gov) 。e2PCR 在其中發揮了重要的促進作用。基因組測序\基因組輔助作圖\DNA序列定位
1、序列相似性比較。就是將待研究序列與DNA或蛋白質序列庫進行比較，用於確定該序列的生物屬性，也就是找出與此序列相似的已知序列是什麼。完成這一工作只需要使用兩兩序列比較算法。常用的程式包有BLAST、FASTA等；
2、序列同源性分析。是將待研究序列加入到一組與之同源，但來自不同物種的序列中進行多序列同時比較，以確定該序列與其它序列間的同源性大小。這是理論分析方法中最關鍵的一步。完成這一工作必須使用多序列比較算法。常用的程式包有CLUSTALW等；
3、構建系統進化樹。根據序列同源性分析的結果，重建反映物種間進化關係的進化樹。為完成這一工作已發展了多種軟體包，象PYLIP、MEGA等；