登記
企業將電子賬冊按海關核銷的先後時段劃分為若干個手冊在出口退稅申報系統進行登記。電子賬冊第一個核銷階段，可視作一個手冊虛擬。虛擬的手冊號為電子賬冊號+01，電子賬冊第二個核銷階段。企業應作為一個新手冊虛擬錄入登記，虛擬的手冊號為電子賬冊號+02，如此類推。每一個虛擬手冊的計畫進口總值和計畫出口總值可以按上一核銷階段的實際進出口金額錄入，契約登記的商品編碼為企業主要出口產品的商品編碼，契約的有效期均按虛擬手冊的登記日期推算半年設定。
核銷
分段核銷
（一）企業申請核銷需提供如下紙質資料：
1、《加工貿易電子賬冊正式報核申請表》（複印件）
2、《加工貿易電子賬冊正式報核申請表（表體）》（複印件）
3、《加工貿易電子賬冊預報核申請表》（內含《本期報核報關單清單》）（複印件）
以上複印件均須由企業註明與原件相符字樣並加具公章。
電子賬冊核銷
做好上述調整工作後，其電子賬冊的核銷操作辦法，可比照紙質手冊方式操作。企業應按國稅發[2006]102號第五條規定，在取得海關本核銷階段的核銷證明後的下一個增值稅納稅申報期內，到主管稅務分局申報核銷。對之前各階段均未做核銷的手冊，分如下兩種情況進行核銷:
1、如已分階段分別虛擬多個手冊進行登記和申報的，各階段可按照上述方法分別進行核銷操作。
2、如全部進出口數據在一個虛擬手冊中申報的，之前各核銷階段之間的余料結轉相互沖消，可以不用處理，而只對最後一個核銷階段的余料進行處理後，即可對所有階段數據視作一個階段的數據一次性進行核銷。
如果企業已取用其它方法對前期階段數據進行核銷的，已核銷數據可以暫不作調整處理，待上級正式明確核銷方法後再按規定的方法調整。本通知下發後,2007年9月1日後電子賬冊的登記和核銷應按本通知要求進行操作。
電子賬冊完結的核銷
如企業結業或將取消執行電子賬冊的，企業可按如下要求調整電子賬冊的核銷數據：
（一）企業先按要求填寫《電子賬冊核銷跟蹤表》（見附表）上報主管國稅分局。 （二）企業根據退稅機關確認的《電子賬冊核銷跟蹤表》虛擬一至數份進口報關單進行金額調整申報，即可完成整個電子賬冊數據的核銷操作。
操作
余料結轉的操作
電子賬冊每一個核銷周期的“結餘料件”的確定和申報方法如下：對於轉出的金額，企業可以按《加工貿易電子賬冊正式報核申請表》中的“期末結餘料件額”欄的金額在《生產企業進料加工海關登記手冊核銷申請表》的“應調減進口料件金額——結轉至其它手冊料件”欄錄入反映。轉出的同時必須要錄入對應的轉入金額，企業可以在下一階段手冊中虛擬一正數進口報關單進行申報，金額與上述轉出額一致。
剩餘邊角料的操作
根據企業剩餘邊角料的海關代征增值稅的完稅憑證計算核定出電子賬冊該核銷階段應調減的進口料件金額，再將此金額在《生產企業進料加工海關登記手冊核銷申請表》的“應調減進口料件金額——剩餘邊角余料”欄中錄入反映。
分類
清單錄入申報
1、進口報關前，應先檢查歸併關係和電子賬冊中是否已經備案了本次需進口的料件，如果沒有備案，或備案料件與進口料件不一致(備案有誤)，則需先對歸併關係和電子賬冊進行變更(追加新料件或修改原料件部分項目)。
注意：已備案的商品需要變更商品編碼，修改前後商品編碼對應的計量單位 (法定計量單位和申報計量單位)—致的，可以直接修改。修改前後商品編碼對應的計量單位(法定計量單位和申報計量單位)不—致，則系統不允許變更，應重新備案新的商品項。每年新稅則出台後，可參照此方法，對稅號發生變化的商品進行變更修改。
2、報關清單的填制要求參考《中華人民共和國海關進出口貨物報關單填制規範》其中“預錄入編號”由接受申報的海關決定編號規則。
3、報關清單歸併成的報關單表體項數如果超過20項，系統會自動對報關清單及報關單進行拆分，一份清單申報後可生成多份報關單。
4、清單表體錄入商品時，該商品的“申報數量”和“法定數量”都必須填寫，如商品項有對應的法定第二計量單位。則必須相應填報第二數量；沒有的，不填。
注意：如在報關單申報時，出現提示“毛淨重錯誤”，則說明有商品項有法定第二計量單位，而漏輸第二數量，可在輸入第二數量後，再次申報。
5、輸入清單商品列表項時，貨號要同歸併關係備案的歸併前的料件成品貨號相同，並注意字母大小寫。
6、出口報關清單商品項必須正確填報“成品版本號”一欄。
7、回執詳細信息欄出現以下信息，說明申報成功：申報成功，清單拆分成N份報關單，統一編號為“18位流水號”。
8、如清單申報後，發現申報信息有誤，該份清單可不再使用；通過複製功能，複製該清單，修改後再次申報。
報關單錄入申報
1、報關單的填制要求參考《中華人民共和國海關進出口貨物報關單填制規範》
2、“預錄入編號”由接受申報的海關決定編號規則。
3、如申報的報關單被海關退單，需要修改的，涉及報關單表體商品項修改的，需複製原清單後，再次申報；如不涉及表體商品項的，可直接修改報關單後申報。
4、無紙通關企業填報出口報關單時，可選擇報關單類型為“無紙帶清單報關”，實現無紙通關。
5、報關模式：自理報關和代理報關。
聯網企業自理報關
聯網企業採用自理報關模式的，應先將本企業報關員在主管海關註冊登記並取得報關員證和報關員卡。聯網企業自理報關應先通過電子口岸客戶端申報報關清單，報關清單成功拆分後，再申報報關單。
聯網企業代理報關
聯網企業應先通過電子口岸客戶端申報報關清單，其中“申報單位編碼”填寫申報地海關預錄入公司的10位數海關代碼；報關清單申報成功後，將“申報地海關”、“申報日期”、“賬冊編號”、“清單編號”等信息告知其委託的代理報關企業；代理報關企業根據以上信息到申報地海關預錄入公司電子口岸客戶端下載清單報關單進行申報。
注意：報關清單上申報單位欄填寫哪個代理報關(預錄入)公司，哪個公司可以通過報關行專用版預錄入程式下載。
6、異地通關。
聯網企業如需異地報關的．應申請辦理電子賬冊分冊；企業主管海關應將該電子賬冊的異地報關分冊電子數據傳送到異地口岸海關，並核發紙質報關分冊。異地口岸海關憑企業主管海關核發的紙質異地報關分冊，並核對電子數據及其他有關單證，辦理通關手續。
異地代理報關企業或預錄入公司按照紙制手冊備案數據下載的方式，下載電子賬冊分冊數據，直接預錄入報關單完成申報。
7、電子賬冊備案的商品項屬於配額許可證管理等特殊商品的，在通關過程中，還需到外經貿部門審批。
電子賬冊
1、電子賬冊滾動核銷：核銷的同時可正常進出口通關，電子賬冊核銷不是清零式的核銷，允許企業科件有餘量，核銷後剩餘料件可自動轉入下期繼續使用出口。
2、電子賬冊核銷周期：核銷周期不超過180天，從電子賬冊備案之日或上次核銷次日起計算；企業進出口規模較大的企業應結合盤庫時間，適當縮減核銷周期，以便於同主管海關一起做好核銷工作。
3、核銷分兩個步驟：預報核和正式報核。
注意：預報核經海關審核通過後，才能正式報核。
4、預報核
(1)預報核要求企業申報本次核銷期內進出口涉及的所有報關單信息。需填報報核表頭和報關單的相關信息。報關單號填寫18位編號：“申報地海關編號+年份 +進出口標誌(1為進口，0為出口)+9位報關單預錄入號”。
注意：報關單範圍必須準確填報。
(2)企業向海關預報核，須提供以下數據資料：
將電子賬冊本核銷周期內的全部進出口報關單按貿易方式以時間先後順序裝訂成冊，並製作進出口報關單目錄，送海關核銷部門；
企業將本核銷周期內的全部報關單等預報核數據通過網路向海關傳送，並通知海關核銷部門。
(3)收到兩條“入庫成功”回執後，與海關聯繫。
5、正式報核
(1)正式報核要求企業在預報核經海關審核後，根據確定的報關單範圍核算保稅料件的使用情況，申報電子賬冊上每一項科件的應有數量、實有數量和消耗數量。
(2)企業向海關正式報核，須提供以下數據資料：
企業以預報核環節海關核准的報關單為基礎，按歸併後的料件向海關申報從企業計算機管理系統提取的本期應存、實存及耗用數量；必要時，可要求企業申報核算科件數據，即企業在各種貿易方式下的進出數量。
如需結合企業盤點數據審核正式報核的，企業應將確認後的盤點數據報送海關核銷部門。
(3)預報核海關審核通過後，通過數據查詢功能查詢出預報核通過的數據，將報核類型改為“正式報核”，填報“報核料件”的相關內容，報核成品、核算成品不需填報，核算料件一般也不需填報，只在主管海關要求時填報。
(4)正式報核“報核料件”填報方法：
在本核銷期內發生進口或出口耗用的料件均需報送料件使用情況，“應剩餘數量”、“消耗總數量”、“實際剩餘數量”必須填報，“邊角科數量”根據實際情況填報，沒有可填“0”。
應剩餘數量：企業根據預報核確定的報關單和電子賬冊備案的單損耗關係核算該項科件的剩餘數量，即：應剩餘數量=上期結餘數量+本期實際進口數量—本期消耗總數量。
單耗包括淨耗和工藝損耗；單耗二淨耗/1—損耗率，消耗總數量：該項料件加工已出口和已內銷的實際消耗數量(已報關，且進口已放行、出口已結關)，即：消耗總數量=出口耗用數量+內銷數量。
實際剩餘數量：報核截止日期當天實際庫存檔點所得的數量(包括半成品、成品折回料件的數量)，即：實際剩餘數量=庫存料件數量+庫存半成品成品折料數量。
(5)收到兩條”入庫成功”回執後．與海關聯繫。
6、當企業不再從事加工貿易業務時，企業在辦結電子賬冊的核銷，內銷補稅等業務，電子賬冊備案料件余料清零後，可向主管海關申請註銷電子賬冊。
其他問題
1、聯網企業用於加工貿易的不作價設備仍採用加工貿易設備手冊(D手冊)管理。
2、聯網企業海關管理類別調整為B類或C類後，可以在繳納保證金(或保函)後，繼續運行聯網監管。
3、電子賬冊備案前，應先備案歸併關係；電子賬冊變更前應先變更歸併關係，始終保持歸併關係中歸併後數據與電子賬冊備案數據一致；拷貝歸併後數據到電子賬冊功能才能正常使用。
4、海關通過“企業內部編號”+“經營單位代碼”確定單證的唯一性。需要企業內部編號的單證有：經營範圍、歸併關係、電子賬冊、電子賬冊分冊、報關清單、中期核查數據和數據報核，其中歸併關係、電子賬冊。中期核查數據和數據報核的”企業內部編號”一致，其他內部編號都不能重複使用。
5、深加工結轉：按照現行規定辦理，仍需提交《深加工結轉申請表》等紙面單證，手冊號一欄填寫電子賬冊(E賬冊)編號，不需辦理深加工結轉分冊，經主管海關審核批准後，辦理通關手續。
6、加工貿易貨物內銷：商務主管部門審批《加工貿易保稅進口科件內銷批准證》；填寫《加工貿易貨物內銷徵稅聯繫單》等紙面單證，經主管海關審核批准後，辦理通關手續。
海關總署45號公告，就加工貿易聯網企業內銷集中補稅問題進行了明確。符合條件的企業，自2003年9月1日開始就可以申請按月度集中辦理補稅手續。
進口料件內銷，首先應該到外經貿主管部門審批，對於已經取得《加工貿易保稅進口科件內銷批准證》的聯網企業，其內銷保稅貨物在核定的品種、數量和金額範圍內，經聯網企業申請並經企業主管海關同意，可按月度集中辦理內銷補稅手續。
按月度集中辦理內銷補稅手續的聯網企業，在每個核銷周期結束前，必須辦結所有的內銷補稅手續。集中補稅時要按規定徵收緩稅利息。緩稅利息的計征日期按核銷周期計算，按日計征，其起征日為上一核銷周期核銷日的次日(實施聯網監管後從未核銷的，為聯網後首批料件進口之日)，截止日為海關補徵稅款之日。
7、聯網企業出口退稅：加工貿易企業辦理出口退稅時，稅務部門要求企業提供紙質手冊複印件。由於聯網企業實行電子賬冊，無法提供紙質手冊複印件。建議按照以下做法：國稅部門憑外經貿部門出具的聯網監管業務批准證複印件、企業的申請報告和海關出具的電子賬冊編號證明辦理聯網企業出口退稅的備案手續，代替現行的逐個契約備案方案。聯網企業加工貿易產品出口。
