光緒四年（1878年）中秀才，後在廣州六榕寺附近設館教學。
光緒十九年應鄉試，中式第五名，膺五經魁，名列康有為之前。 後讀了康有為的文章，自愧不及，遂拜康有為為師，與邑人梁啓超、 盧湖父等人“萬木草堂”攻讀。除學習經史之外， 還常到雙門底“聖教書院”閱讀教會翻印的西方書籍，兼學英文。
光緒二十三年，出版《幼雅》一書，撰文《俗話說》， 主張講俗語、寫俗字。
光緒二十四年（1898年）春，陳在京參加康有為、 梁啓超組織的“保國會”。“百日維新”時期，任譯書局於事。變法失敗， 他於是年八月東渡日本，在神戶《東亞報》社主任韓文學、 主編僑本海關（日人）幫助下，遍訪各地中、國小校，考察教育方法， 受到著名教育家福澤諭吉辦的“慶應義塾”的啟發，決心進行教育救國。
光緒二十五年（1899年）初，陳榮袞回國， 撰文指出“文言之禍亡中國”，提倡報紙宜改用白話文，是我國提倡白話文的第一人。從此，他投身教育和編寫婦孺課本， 一度赴開平縣鄧氏家塾任教，不久即去澳門，在荷蘭園正街設館教學， 初名“蒙學書塾”（後改“灌根書塾”）。 是年又組織“教育學會”（後改“蒙學會”），廢止初級學生讀四書五經，使用改良的白話文課本。
光緒二十六年（1900年）， 陳編印多種婦孺讀本為教學教材，主要有《婦孺三字書》、《婦孺四字書》、《婦孺五字經》， 以通俗白話文體，動用日常生活及用品為內容， 取代傳統的啟蒙《三字經》、《千字文》、《幼學詩》， 為我國最早的白話文童蒙課本。此後十多年，他在教學中陸續編寫各種婦孺課文及參考書， 計有《婦孺新讀本》、《婦孺論說入門》、《婦孺學約》、 《婦孺中國輿地略》、《婦孺信禮材料》、《幼學文法教科書》、 《國小國文教科書》、《七級字課》、（一至五種）等等，共數十種之多。 此外，還編著《教育說略》等書，編輯《婦孺報》、《婦孺雜誌》等， 時人稱他為改革啟蒙教材的先驅。
光緒二十九年（1903年）起， 陳辦的“灌根學塾”兼收女生，為我國男女同校最早的學校之一。並且開辦佩根平民義學、 贊化平民義學、灌根勞工夜學等，受到澳門人士好評，稱他為“福翁”。
民國7年（1918年），遷灌根學堂至香港，後改稱“子褒學校”，男女生二百餘人。次年與基督教友創辦“聯愛會工讀義學”、 “聯愛女校”、“聖士提反義學”等。他所辦的學校，成績優良， 故被譽為“東方之輩斯塔洛齊”（瑞士著名兒童教育實踐家）。 知名人士如洗玉清、陳德芸、利銘澤等均受業陳門。
他曾任全國孔教協會總幹事，對弘楊孔教頗有貢獻。
民國11 年（1922年）5月29日病逝香港，終年61歲。
生平除著童蒙課本外，論著由門人收集約30萬字， 編為《陳子褒先生教育遺議》於1952年在廣州刊行。
