阿戈爾魚龍的分類歷史非常不穩定,最初是由Wagner在1853年所敘述為魚龍屬的一種ichthyosaurus leptospondylus,部分化石被歸類於Ichthyosaurus trigonus posthumus,以及Macropterygius與短鰭魚龍的一個種(Brachypterygius extremus)。在2000年,Bardet與Fernandez決定將這些不同名字的相關化石集合建立成阿戈爾魚龍(Aegirosaurus leptospondylus)。 屬名來自於條頓神話中的海神阿戈爾。
阿戈爾魚龍屬於大眼魚龍科,是大眼魚龍的近親。
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