扎嘎瀑布和二道海是牟尼溝的重要組成部分。扎嘎瀑布－享有中華第一鈣華瀑布之美譽。景區溝長 5 公里，溝內的彩池、環形瀑布、構成一幅，水在林中流、樹在水中長的奇妙風景，堪稱一座奇趣無窮的自然迷宮，令人留戀忘返。扎嘎瀑布高 104 米、寬 35 米、以每秒 23 米的流速從巨大的鈣華梯坎飛瀉而下；聲震數里，氣勢磅礴，遠看宛如千條銀色的哈達從天際飄逸而下，近看似萬斛珍珠在自然的琴弦跳躍。隨風輕飄的水霧瀰漫整個山谷、夏季瀑布被道道彩虹裝點。冬季則掛上華麗閃爍、氣派非凡、晶瑩剔透的冰簾、整個瀑布一瀉三階，第一階中間有一水簾溶洞，洞內大廳高 6 米，面積約 50 平方米，廳內鐘乳石遍布，似寶塔、似竹筍、玲瓏剔透形狀逼真。瀑布下游約 4 公里的山溪內，清澈的流水隨著地勢的高低落差渾然而為串珠似的環形彩池，池水從魚鱗疊置的環形鈣華堤坎翻滾下來，跌岩成層層的環形瀑布，一池一瀑、珠連玉串，蔚為奇觀。流水淙淙和著鳥兒的啁啾，在樹叢中，地面上縈繞婉轉。
神秘美麗的二道海和扎嘎瀑布僅一山之隔。景區為一狹長山溝，長 5 公里，鑲嵌著二道海、天鵝湖、翡翠湖等景點，個個宛如珍珠、翠玉、有的藏匿於密林之中；有的坦露於藍天之下。水面靜的含蓄，動的奔放，而水面盛開著潔白水牽花的花海，更是讓人迷戀其中，不清楚哪是花、哪是海。四季不見湖水波動，只有花潮洶湧。這“天宮妙手難描繪”的景致令人恍惚間置身於世外。把大自然的鬼斧神工在這裡演繹得淋漓盡致。過了二道海，還有三道海，四道海……。總計大小湖泊 400 多個，大小不一、形狀各異，湖水一片墨綠色、深不可測；森林、藍天和白雲倒影在湖中，融為一體。恍惚間，天和地在水中顛倒了。
茂密的原始森林，眾多的野生動物，珍貴的野生植物和名貴的野生藥材等組成了牟尼溝豐富的自然資源。由於地處青藏高原東部的岷山山脈深處。境內地勢複雜，生態環境多樣、陰坡森林多，陽坡草坡多，多達 20 余種優勢樹種，其間生活著眾多的國家一、二級保護動物和其它動物 800 余種。如：大熊貓、金絲猴、黑頸鶴、金雕等。牟尼溝既是動物的樂園，同時區內生產的野生中草藥種類也繁多，主要有、松貝、雪蓮花、蟲草等。
