機構職責
根據以上職能調整，市畜牧水產局的主要職責是：
（一）研究擬訂全市畜牧獸醫和漁業發展戰略、中長期發展規劃、年度指導性計畫，經批准後組織實施。
（二）研究提出全市畜牧獸醫和漁業發展的政策建議，引導產業化結構合理調整和資源合理配置；參與研究擬訂畜牧獸醫和漁業法規、規章草案；研究擬訂全市飼料工業發展規劃及政策。
（三）研究擬訂全市畜牧業和漁業產業化發展規劃，推進產前、產中、產後一體化；研究提出全市畜牧業和漁業產品加工業發展建議；預測發布畜牧業和漁業生產、產品加工及市場供求經濟信息，指導行業信息網路建設。
（四）研究擬訂全市畜牧獸醫漁業科技發展規劃；組織重大科研和技術推廣；指導畜牧水產技術推廣體系建設；擬訂地方性畜牧業和漁業種苗、產品、獸藥、飼料藥物添加劑質量標準和技術標準，經批准後監督執行，研究擬訂全市飼料和飼料添加劑質量標準和技術標準。
（五）負責全市種畜禽、水產種苗、牧草種子、獸藥、獸醫醫療器械、飼料藥物添加劑的質量監測、鑑定和執法監督管理。
（六）負責地方畜禽、水產品種資源保護與開發利用，負責畜產資源和草地資源的保護、開發利用及監督管理。
（七）負責全市漁業行政執法監督管理，保護漁業資源；負責漁船檢驗和漁船漁港安全監督管理；負責漁業水域生態環境及水生野生動植物保護。
（八）按照有關規定，負責全市獸醫醫政、獸藥藥政藥檢工作，承擔動物及動物產品檢疫（不含出入境口岸動物檢疫）和動物防疫及其監督、監測、預報，組織實施動物疫病的控制與撲滅。
（九）按照許可權管理畜牧業、漁業專項資金，提出資金安排計畫，組織畜牧業和漁業重大項目的申報、審核。
（十）承辦市委、市人民政府和上級主管部門交辦的其他工作。
人員編制
長沙市畜牧獸醫水產局機關核定人員編制33名，其中行政編制30名，機關後勤服務全額撥款事業編制3名。內設辦公室、畜牧處、獸醫處、漁業處、質量安全處、飼料管理處（長沙市飼料工業辦公室）、人事處等7個處室。下轄長沙市動物衛生監督所、長沙市動物疫病預防控制中心（長沙市畜禽水產品質量檢測中心）、長沙市水生動物防疫檢疫站（長沙市漁業生態環境監測站、長沙市水產科技推廣站）、長沙市漁政漁港監督管理站、長沙市奶類發展項目辦公室等5個直屬事業單位。
領導班子
| 姓名 | 職務 | 分工 |
| 周宏兆 | 局黨組書記、局長 | 主持局全面工作 |
| 尹莉亞 | 黨組成員、副局長 | 分管獸醫、動物衛生監督、動物疫病預防控制和獸醫處、市動物疫病預防控制中心等工作，主持市動物衛生監督所工作 |
| 宋慶明 | 黨組成員、副局長 | 分管畜牧和畜牧處等工作 |
| 毛曉 | 黨組成員、副局長 | 分管漁業、漁政、水生動物防疫檢疫和漁業處、市漁政漁港監督管理站、市水生動物防疫檢疫站等工作 |
| 卞佑明 | 黨組成員、副局長 | 分管飼料、畜禽水產品質量安全和飼料管理處（市飼料工業辦）、質量安全處等工作 |
| 張仕良 | 黨組成員、紀檢組長 | 分管紀檢監察、人事、機關黨務、青年和監察室、人事處、機關黨委等工作 |
| 廖命忠 | 黨組成員、總工程師 | 分管財務、科技、項目、法律法規、政務公開、招商引資和辦公室等工作 |
| 鄧西京 | 黨組成員、工會主席 | 分管工會、關協、婦委會、市奶類發展項目辦公室等工作 |
| 蘇永忠 | 副調研員 | 協管畜禽水產品質量安全工作 |
| 吳建明 | 副調研員 | 協管財務、政務公開等工作 |
| 徐東勇 | 副調研員兼人事處處長 |
部門設定
根據上述職責，長沙市畜牧水產局設5個職能處（室）：
辦公室
協助局領導協調處理機關政務工作，承擔機關後勤服務和日常管理工作；負責綜合性報告、檔案的起草或文字把關；負責行業統計和有關經濟信息的收集、綜合、發布；組織調查研究；承辦機關文電、機要、保密、信訪、收發、檔案等工作；負責本局重大事項和決定的督辦工作；擬訂機關內部規章制度；抓好機關治安綜合治理工作。
寂綜合提出全市畜牧業和漁業中長期發展規劃、科技發展規劃、年度計畫，經批准後組織實施；負責畜牧業和漁業重大項目和科研成果的審核、申報、評審驗收及推廣；指導全市畜禽、水產品市場體系、信息網路建設的產業化工作；負責局機關的財務核算、報帳及聯絡工作；指導、審計所屬單位財務會計工作；監督所屬單位國有資產保值增值工作。
研究提出畜牧業、漁業產業政策建議和有關的法律、規章草案；根據授權承辦有關畜牧業和漁業行政複議、行政執法監督工作；指導全市畜牧業、漁業法制宣傳教育工作；參與起草畜牧業和漁業質量標準、技術標準並監督實施；組織畜牧業、漁業產品質量認證。
畜牧處
組織實施《中華人民共和國畜牧法》，研究提出全市畜牧業發展的的建議；研究擬訂豬、牛、羊、禽、兔、蜂以及其它畜禽發展規劃；調查分析畜牧業生產形勢和市場動態；提出畜牧業品種改良、結構調整、區域布局、產品加工的思路和措施；組織實施《種畜禽管理條例》，負責種畜禽監督管理，承辦種畜禽產品登記和進口初審；組織地方畜禽品種資源保護和新品種（系）的初審工作。
負責全市秸桿資源和畜禽飼料資源的開發利用；負責飼料工業發展規劃和飼料質量標準、技術標準的制訂；組織實施《中華人民共和國草原法》，負責全市草地資源的保護工作；指導全市牧草基地建設、牧草資源開發利用；負責牧草種子的質量監督管理和牧草種子登記和進口的初審工作。
獸醫藥政處
組織實施《中化人民共和國動物防疫法》，擬訂全市動物（含水產）疫病防治體系建設規劃和疫病預防規劃，經批准後監督實施；監測、預報、發布動物疫情，組織動物疫病的控制和撲滅；加強鄉鎮畜牧獸醫隊伍建設；組織實施《獸藥管理條例》，負責全市獸藥生產經營的監督管理；擬訂全市飼料及飼料添加劑質量標準和技術標準，並監督執行；研究擬訂獸藥工業發展規劃，指導獸藥生產開發；審批核發獸藥生產許可證、經營許可證、進口獸藥許可證，組織查處違法生產經營獸藥案件。
漁業處
研究提出全市漁業發展的相關政策建議；調查分析漁業生產、銷售形勢和開發動態，研究擬訂全市漁業發展規劃；提出結構調整、區域布局、質量改進、效益提高和養殖制度改革措施；負責水產種苗監督管理，組織地方水產品種資源保護和利用工作。
監督實施《中華人民共和國漁業法》等法律、法規；負責實施漁船、漁機、網具的建造規範和技術標準，依法行政漁船檢驗和漁政、漁港監督管理權；協調處理跨行政區域的漁業糾紛和案件；組織協調重大漁政執法行動；保護漁業水域環境，調查處理重大漁業水域污染事故、重大漁業違規事故和漁業船舶交通事故；負責漁業資源、水生野生動物資源保護和利用，按照許可權管理水生野生動物開發利用、捕捉與運輸；指導全市漁政隊伍建設。
人事處
負責局系統幹部任免、宣傳、思想政治、精神文明建設工作；負責局系統機構編制、人事勞資、社會保障工作；負責局機關老乾、關協、婦女、計生等工作。
機關黨支部負責機關黨群工作。
紀檢（監察）機構按有關規定設定，人員編制在機關編制總額內單列。
直屬單位
長沙市動物衛生監督所
機構簡介：
長沙市動物衛生監督所為市畜牧獸醫水產局所屬副縣級全額撥款事業單位，人員編制64名，內設辦公室、法規信息科、檢疫科、質量安全管理科、防疫監督科、執法科等6個科室。
主要職責：
1、負責指導、協調全市動物衛生監督和動物檢疫工作。
2、負責全市執業獸醫考務工作，動物診療及註冊執業獸醫的監督管理。
3、負責全市獸醫實驗室生物安全監督管理。
4、負責全市動物檢疫證明、檢疫標誌的發放和管理。
5、負責城區動物和動物產品檢疫。
6、負責對城區內有關單位和個人執行《動物防疫法》及有關動物衛生法律、法規、規章的情況進行監督、檢查和管理，糾正和處理違反動物衛生法律、法規和規章的行為，決定動物衛生監督處理、處罰。
7、承擔城區動物產品質量安全監督管理。
8、受市局委託負責獸藥管理及行政審批的辦理等工作。
長沙市物疫病預防控制中心
機構簡介：
長沙市物疫病預防控制中心（市畜禽水產品質量檢測中心）為市畜牧獸醫水產局所屬正科級全額撥款事業單位，人員編制20名，內設辦公室、防疫科、公共衛生科、質量安全檢測科和疫情監測科5個科室。
主要職責：
1、研究提出重大動物疫病（包括人畜共患病）預防控制規劃、撲滅計畫、應急預案建議，負責實施重大動物疫病和人畜共患病防控，以及常規動物疫病的防治和淨化工作。
2、負責指導全市動物疫情風險評估體系建設，實施動物疫情報告、疫病診斷、流行病學調查、疫情監測和預警預報等工作。
3、負責全市動物防疫技術仲裁、科技推廣、技術培訓等技術工作。
4、負責市局下達的動物和動物產品質量安全、獸藥、飼料、飼料添加劑的例行監測任務，並接受轄區內相關單位和個人委託檢測。
5、負責動物疫病防控物資的採購、發放和管理工作。
6、受市局委託承擔市重大動物疫病防治指揮部辦公室日常工作。
長沙市水生動物防疫檢疫站
機構簡介：
長沙市水生動物防疫檢疫站（市漁業生態環境監測站、市水產科技推廣站）為市畜牧獸醫水產局所屬正科級全額撥款事業單位，人員編制20名。
主要職責：
開展全市水生動物防疫檢疫、漁業生態環境水質監測、水產技術推廣等公益性職能工作，為提高全市水產品質量安全、促進水產養殖業持續健康發展服務。
長沙市漁政漁港監督管理站
機構簡介：
長沙市漁政漁港監督管理站為市畜牧獸醫水產局所屬正科級全額撥款事業單位，人員編制13名。
主要職責：
漁業行政執法、漁業許可管理、漁業資源保護、漁事糾紛處理、漁船管理、漁港管理、漁船安全保障、漁港行政處罰。
長沙市奶類發展項目辦公室
機構簡介：
長沙市奶類發展項目辦公室為市畜牧獸醫水產局所屬自收自支事業單位，未定級，人員編制15名。
主要職責：
接受、管理國際援助奶類項目、指導奶類項目發展、奶類技術培訓等。
