運輸方式
隨著鐵路貨櫃運輸和拖車式貨櫃運輸的發展，鐵路貨櫃運輸組織工作也獲得新的發展，編開了貨櫃定期直達列車和貨櫃專用列車，雙層貨櫃列車。
類型
混雜貨櫃
混雜形式貨櫃、平板、油箱板混雜組合 成一列列車，滿足不同需要。
整列貨櫃
貨櫃占整個列車運輸部分的主體或全部，就是貨櫃列車了。
定期直達列車
整列形式-貨櫃列車1965年11月，英國開始在倫敦和格拉斯哥之間編開了貨櫃定期直達列車。這種列車定點、定線、定期、固定車底，循環運行於兩個基地站間，不需重新編組，因此運行速度快、效率高。美國開行貨櫃定期直達列車的運行速度通常與旅客列車相同，利用電子計算機編制計畫、掌握運輸情況和動態、處理運輸報告和控制貨櫃的裝卸等，實現了全部作業過程的自動化。目前，日本、聯邦德國、法國，愛爾蘭、丹麥、西班牙、民主德國和波蘭等國鐵路也相繼編開了這種列車。對於零星運送的小批量的貨櫃，往往不能為貨櫃定期直達列車所吸收，但又急需及時運送時，則可編入快運貨物列車進行運送。
貨櫃直達列車開行對貨櫃運輸的發展起到了很大的作用。但各個國家，各個不同發展時期組織直達列車的形式也不盡一致。貨櫃直達列車應如何組織要根據國家陸域的大小，主要資源的分部、鐵路運輸設備等情況加以確定，並貫徹運送速度快、服務質量優、運營成本低的原則。
專運列車
一般是指在港口站編組開行的列車。當貨櫃船到達港口時，在24小時內即可卸空，除到達港所在地區和近距離的貨櫃可由汽車輸送外，運程較遠的貨櫃則組織貨櫃專運列車運送。由於貨櫃船航行易受天氣等自然條件的影響，到港日期不很準確，貨櫃的去向和到站又不一致，因此，貨櫃專用列車雖在列車運行圖上有專門的運行線，但只能不定期地編組開行。
貨櫃專用列車與定期指直達車的相同之處在於都在鐵路運行圖上有專門的運行線，不同之處在於專運列車雖然也是大批量的貨櫃和運輸較長，但不是定期的，這種運輸可以解決貨源不均衡或者船期不定的矛盾。
雙層列車
鐵路貨櫃運輸雙層貨櫃列車 或鐵路雙層貨櫃運輸 的出現是貨櫃運輸史上的一次革命，它可以使單位運營成本降低25%-40%，同時能使運能提高30%以上，是我國鐵路貨物運輸的發展方向。我國鐵路雙層貨櫃運輸的運營還處於初始階段。
