所內除行政組織外,設有7個專業研究室:農業綜合研究室、稻麥育種研究室、經濟作物研究室、植物保護研究室、土壤肥料研究室、畜牧研究室、果樹研究室。另設食品加工專業研究課題。
所內儀器設備齊全,具有較完善的研究手段。有試驗田289.2畝,地8.2畝,園地47.2畝,林地1.2畝,水面43.1畝。
1983年,全所有科技人員79人。研究任務主要是:丘陵地區產業結構最佳化模式和農作物栽培技術;丘陵崗坡旱地的改造和利用;雜交秈稻、粳稻、小麥、油菜、春大豆等作物新品種的選育推廣;稻、麥、瓜、果等作物病蟲害的防治,丘陵地區適生果品經濟作物如草莓、無花果、柿子等的開發利用及食草畜、禽如四季鵝等的開發利用研究;大田作物專用復肥配方研究;食品加工開發利用研究等。
1978~1985年,共獲獎47項,其中省、部級36項,市、院級11項。主要獲獎項目有:竹系26中熟類型稻種獲江蘇省重大科技成果三等獎;青林九號早熟晚粳,獲農牧漁業部優質米產品獎;丘陵地區三麥濕害研究獲農牧漁業部技術改進一等獎;褐稻虱發生規律與測報防治技術研究獲國家科技進步一等獎等。
鎮江農科所還根據需要和可能,為基層培訓技術骨幹,提供技術服務。1960~1974年,為公社農技站培訓骨幹885人。1979年,為鎮江地區棉區公社培訓技術員50人。1979~1983年,舉辦土壤化驗員訓練班兩次,為丹徒、句容、揚中等縣的土壤化驗員輔導實習,先後共90多人次。
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