辦學歷史
1907年，巴縣舉人文國恩發起，周紹伯主持籌辦巴縣預備中學堂，選定重慶機房街(今五一路)巴縣師範班地址為臨時校址，時巴縣視學、日本宏文學院師範部畢業的曾吉芝(曾紀瑞)兼任監督(校長)。
1908年，建於會府街(渝中區石慶市蜈蚣嶺，今盲啞學校處)的新校舍落成，學校遷往會府街。學校監督(校長)數易其人，1908年為周蓮舫，1909年為周少伯，1910年為朱必謙(同盟會員)。
1911年武昌辛亥革命成功，校長朱必謙帶領巴中師生，皂衣短服，手提指揮刀，前往通遠門，斬關落鎖，迎接起義軍入城。1912年，巴中第一班畢業，招收第二班新生，這一班學生胡子昂，建國後任全國政協副主席。
1919年“五·四”運動爆發後，巴縣中學、川東師範、重慶聯中等成立“川東學生救國團”，後改名為“川東學生聯合會”，發表了《救國宣言》和《哭告同胞書》，巴中學生在教師蘭銳甫的支持下，積極參加各種愛國活動，七班學生麥國鏞當選為聯合會會長。
1921年，中國工人運動先驅鄧中夏來渝舉辦暑假講演會，會址設在巴縣中學內。
第一次國共合作時期，廣州開辦黃埔軍校、準備北伐。巴縣中學學生鄭熾昌、王德清、曾陽會、李福太、楊學孔等先後考入軍校，參加北伐，有的犧牲在戰場，有的犧牲在蔣介石反共屠刀下。
1926年，北京學生和工人代表為反對“八國通諜”，遭到野蠻屠殺。重慶各屆成立“北京慘案重慶國民外交後援會”，會上巴縣中學學生鄭鼎勛被推選為七人委員會委員，巴縣中學“破浪社”社員羅澤涵(羅西玲)也參加後援會工作。
1927年，重慶發生“三·三”慘案，巴中教師漆南薰(國民黨左派，蓮花池黨部領導人之一)被軍閥槍殺，巴中學生多人受傷，巴中學生會主席孟世珍(共產黨員)被迫撤離學校。當時，中法大學、中山中學、巴縣中學、川東師範被譽為重慶左派的四大支柱。
1928年，由於學校規模的擴大，縣政府在兩路口先農壇(今體育館處)，征地一百多畝，修建巴縣中學新校舍。
1931年“九·一八”事變後，愛國學生積極參加重慶各界反日救國活動，校長賴向農提出“救國不忘讀書，讀書不忘救國”的口號，後又提出“苦學力行，救亡圖存”的口號。
1937年抗日戰爭全面爆發，巴中組織“巴縣中學農村宣傳隊”到各地進行抗日宣傳，不少巴中學生奔赴延安。
1938年夏，為了避免日機轟炸，巴縣中學隨巴縣政府一起遷入巴縣漁洞溪石房子。
1943年秋，巴縣中學開始辦高中，招收第一個高中班，巴縣中學成為一所完全高中。
1946年，巴縣中學師生經過反覆不懈的鬥爭，迫使國民黨中央組織部及其警衛部隊遷出兩路口原巴中校舍，學校於1946年遷回。
1949年，周行野、彭立人、盧光特等地下黨領導人在巴縣中學以教書為掩護，開展地下鬥爭，國民黨軍警包圍學校，抓走學生會主席等11位同學，彭立人被囚於渣滓洞，解放前夕犧牲於中美合作所松林坡。
1950年，學校交由重慶市文教局代管，1951年5月巴縣中學正式劃歸重慶市文教局領導，並且更名“重慶市第二中學校”。
1953年秋，二中校地劃入大田灣體育場建設用地，二中遷入化龍橋交農村。該地原為饒國模同志辦的大有農場，有大片香蕉園，抗戰時期是國民黨交通銀行、農業銀行高級職員住宅區。
1954年，各校掀起學習蘇聯凱洛夫教育學的熱潮，校長張富潔總結交流了胡世榮老師的教學經驗，成為當時改革典型。
1955年，成為重慶中學唯一赴蘇參觀團代表。
1958年和1959年的高中升學考試中，二中名列前茅，1959年高考，全市文科狀元和理科探花均在重慶二中。
文化大革命期間，學校遭受災難性破壞。學校教室、桌椅、門窗，幾乎全部毀壞，圖書在破“四舊”中被焚燒，儀器被大量破壞，學校停課近三年。
文革結束，撥亂反正，學校生源枯竭，升學率下降，學校在徘徊中求索。
2000年10月，為適應渝中教育發展的需要、發揮兩校優勢，根據渝中區區委、區府決策，原重慶二中和原重慶二十九中合併為新的重慶二十九中，原重慶二十九中為走讀部，原重慶二中為住讀部。兩校合併，為名校建設提供了更大的發展空間。合併後的重慶二十九中實現了資源重組，學校在融會中逐漸壯大。
辦學條件
辦學規模
學校占地150餘畝。分走讀部和住讀部。
師資力量
學校有全國優秀教師、省優秀校長、中青年專家、研究員、特級教師、高級教師138人。青年教師優質課多次獲得省、市一等獎，學校多次獲辦學水平評估一等獎。
硬體設施
學校走讀部設有現代信息技術中心和各學科實驗室、綜合辦公樓、籃球館、體操館、圖書館。教學大樓被列為重慶市十大優秀建築、大型屋頂塑膠運動場位列全國中學之首。
住讀部按全國示範性高中標準設計建設，是一所嶄新的現代化園林式寄宿制學校。
