歷史
可考歷史中，酵子最早出現於兩宋時期。到了元代，民間已經掌握了鹼酵子的發麵方法，具體來說，將酵子、鹽、鹼加溫水調勻後，摻入麵粉之中，和成麵團。第二天，再繼續摻入麵粉，揉勻後做型，即可入籠蒸製。利用鹼的鹼性中和酵子帶給麵團的酸，使得蒸製出的饅頭更加可口。至此時，饅頭的製作工藝已經基本與現在無異。
科學解釋
目前，家庭或者個體的饅頭生產小作坊，仍然有部分使用酵子加工饅頭。酵子是以小曲或大曲等為菌種，玉米面或小麥面等為原料，經過多次發酵後用於蒸製饅頭，屬於多種混合微生物發酵體系，主要依靠酵母菌、黴菌、乳酸菌等微生物的協同呼吸作用，使得饅頭的風味和質地更加適口 。
酵子 國外對於麵團微生物的相關研究中表明，酵子（國外稱之為酸麵團）中的菌種種類組成與地理位置有很大的聯繫，換言之不同地理位置製作的酵子中含有的微生物種群不盡相同。但是起著發酵麵團的作用的一般是酵母菌。丁長河 等學者對於傳統酵頭的微生物分離試驗結果顯示，分離出來的3株酵母菌都是釀酒酵母——啤酒酵母（ Saccharomyces cerevisiae）。
酵子中的另一類主要微生物是乳酸菌，乳酸菌利用可發酵性糖產生了乳酸、醋酸、丙酸等酸性物質。加之部分酵子中可能也會混入醋酸菌，產生醋酸，所以酵子發酵的饅頭往往具有很強烈的酸味，需要在製作過程中加鹼中和。同時，乳酸菌除了產生代謝產物乳酸以外，也會形成一些抑菌物質（主要為細菌素和類細菌素），所以酵子發酵的饅頭保質期較其他發酵劑而言更久一些。國外研究發現，乳酸菌協同酵母的這種發酵方式生產的麵包可以產生更良好的風味、延長產品保質期。還由於乳酸菌對於麵團中糖類和蛋白質的分解作用，可以產生多種人體必需胺基酸、維生素（B和K）所以也使得酵子發酵的饅頭營養價值更高。
但是酵子中可能也會含有一些有害細菌，例如丁長河等學者在酵頭中發現了蠟樣芽胞桿菌（ Bacillus cereus）。這種細菌可能會引起人的食物中毒（2%-5%），患者可能出現嘔吐、腹瀉等症狀。幸而，使用酵子蒸製饅頭的過程中，高溫蒸汽基本可以將這種細菌殺滅殆盡。而蠟樣芽胞桿菌所產生的抗菌物質卻可以延長饅頭的保質期。
酵子的混合發酵體系對於饅頭風味也會產生影響。首先需要明確，饅頭的風味主要受到饅頭可以揮發出來的一些低分子化合物的作用，包括一些有機酸和醇類物質。而醇類物質和有機酸可能會進一步發生酯化反應，生成一種芳香類物質——酯類，除此以外還可能形成極少量的醛、酮類物質等。
