海州灣海灣生態與自然遺蹟海洋特別保護區海岸類型齊全，保護區內有江蘇獨有的基岩海島、40公里沙灘、30公里基岩海岸、泥質海岸及海島森林，是典型的海洋海岸島礁自然地貌區。秦山島上有“神路”之稱的秦山島4.5公里長連島沙壩、“大將軍”和“二將軍”之稱的海蝕柱、龍王河口南岸的羽狀沙嘴，形態典型，極具科學意義。贛榆縣沿海有海濱沙礦，曾有礦金開採，縣東郊的數道貝殼沙堤，在宋莊附近保存較好，標誌著不同時期的海岸線，見證了自然演變和歷史變遷的過程。
就生態環境來說，海州灣是我國海岸南北分界、亞熱帶與暖溫帶的交界處，生物資源十分豐富，既有近岸低鹽品種，也有遠岸高鹽類群，同時分布著數百種魚蝦貝蟹等珍貴生物資源和100多種海島鳥類。竹島、無人島，原始生態系統保存完好，有天然竹林，蛇類較多，為江蘇的蛇島，地帶過渡性的特徵使其具有植物生態地理等方面的十分重要的研究和保護價值。
保護區按功能劃分為四個區：生態保護區、資源恢復區、生態環境整治區各一塊、開發利用區兩塊、三個保護點分別為龍王河口沙嘴保護點、竹島保護點、東西連島蘇馬灣保護點。
生態保護區以竹島、秦山島及連島等海島和龍王河等入海河口為中心的海洋地貌最為典型、海洋生物最具多樣性的區域，也是歷史文化遺蹟最具科學價值和保護價值、保護對象最集中的區域。通過禁止破壞海洋生態系統的開發活動，保護海岸原生動植物資源、野生鳥類棲息地和遷徙通道，保持現有的海洋及海岸生態環境和生物多樣性。
