涵義
起訴期限行政訴訟的起訴期限由法律規定。行政訴訟法第46條規定，公民、法人或者其他組織直接向人民法院提起訴訟的，應當在知道作出具體行政行為之日起6個月內提出。行政訴訟只有起訴期限的耽誤，沒有起訴期限的中斷。只有在起訴期限內提起訴訟的行政案件，人民法院才有權對其進行司法審查。超過起訴期限起訴的行政案件，人民法院只能裁定不予受理。如果在立案受理時沒有查明，但在審理過程中查明已超過起訴期限的，人民法院應該裁定駁回起訴。
不變性
起訴期限行政訴訟起訴期限與民事訴訟時效制度不同，在行政案件的立案審查和開庭審理過程中，人民法院應主動審查起訴期限。行政訴訟法規定的6個月起訴期限是一個不變的期間，在行政訴訟法司法解釋出台後，有人對司法解釋第41條存在片面的理解，認為凡是行政機關作出具體行政行為時，未告知公民、法人或其他組織訴權或起訴期限的，其起訴期限就是2年，而排除了行政訴訟法規定的3個月的起訴期限。在司法實務中之所以產生這種認識，是因為沒有處理好行政訴訟法與司法解釋兩者之間關於起訴期限規定的聯繫，片面理解司法解釋的規定，而忽視了行政訴訟法的規定。其實，起訴期限的不變性是由法律明確規定的，即使符合司法解釋第41條規定的情形，其法定起訴期限仍然沒有改變，司法解釋第41條只是明確了起訴期限的計算起點和起訴期限的長度。 適用司法解釋第41條的前提，是公民、法人或者其他組織知道了行政機關作出的具體行政行為的內容，但行政機關在作出具體行政行為時，未告知行政相對人訴權或者起訴期限。符合司法解釋第41條規定的情形，其起訴期限計算的起點是行政相對人知道或者應當知道訴權或者起訴期限之日，起訴期限應該是從計算起點之日起3個月內。也就是說，從知道或者應當知道訴權或者起訴期限之日起3個月內不提起行政訴訟的，其起訴期限就已屆滿。例如，2006年9月1日，某行政機關在向行政相對人李某作出行政處罰時，行政處罰決定書上未告知李某訴權和起訴期限，2007年6月1日，李某通過信訪知道自己還享有訴權，並於2007年9月21日提起行政訴訟，人民法院經審查後認為，李某雖在知道具體行政行為內容之日起2年內提起了行政訴訟，但李某在知道自己有訴權之日起3個月後才提起，其起訴已明顯超過了法定起訴期限，故應依法裁定不予受理。 司法解釋第41條規定的起訴期限的長度是2年。如果公民、法人或者其他組織從知道或者應當知道具體行政行為內容之日起2年內不提起行政訴訟，無論其是否知道訴權或者起訴期限，其起訴期限均已屆滿。
起算時間
在行政訴訟法、行政訴訟法司法解釋和行政法律法規中，對行政訴訟起訴期限均有規定。
起訴期限如行政訴訟法第38條第2款規定：“申請人不服行政複議決定的，可以在收到複議決定書之日起15日內向人民法院提起訴訟。複議機關逾期不作決定的，申請人可以在複議期滿之日起15日內向人民法院提起訴訟。”
再如，郵政法、統計法、藥品管理法等規定的起訴期限為15日；森林法、海關法、土地管理法等規定的起訴期限為30日；專利法規定的起訴期限為3個月。 不同的行政訴訟，其起訴期限也不同。
那么，起訴期限從哪一天開始計算呢？
根據行政訴訟法第39條的規定，起訴期限應從公民、法人或者其他組織知道作出具體行政行為之日起計算。這裡的“知道”是指行政機關在作出具體行政行為時，書面告知行政相對人，如果法律規定可以口頭告知的，行政機關也應製作筆錄存檔。對行政機關作出具體行政行為時，雖然告知了具體行政行為的內容，但沒有告知訴權或者起訴期限的，行政訴訟法司法解釋第41條規定，起訴期限從公民、法人或者其他組織知道或者應當知道訴權或者起訴期限之日起計算，但從知道或者應當知道具體行政行為內容之日起最長不得超過2年。 與具體行政行為有法律上利害關係的公民、法人或者其他組織對具體行政行為不服的，可以依法提起行政訴訟。而行政機關在作出具體行政行為時，對有法律上利害關係的人沒有告知的義務。所以，與具體行政行為有法律上利害關係的人，在一般情況下，不可能及時知道具體行政行為的內容 。對此，行政訴訟法司法解釋第42條規定：“公民、法人或者其他組織不知道行政機關作出的具體行政行為內容的，其起訴期限從知道或者應當知道該具體行政行為內容之日起計算。對涉及不動產的具體行政行為從作出之日起超過20年、其他具體行政行為從作出之日起超過5年提起訴訟的，人民法院不予受理。”
區別
起訴期限是行政訴訟中的名詞，訴訟時效是民事訴訟中的名詞。兩種時間間隔的規定雖然都有維護社會關係的穩定，懲罰“權利的睡眠者”的作用，但二者的區別也是很明顯的。
程式規定
起訴期限是程式性規定，訴訟時效是實體性規定
（1）起訴期限規定在《行政訴訟法》第39條和《關於執行行政訴訟法若干問題的解釋》第41條，第42條。《行政訴訟法》和《關於執行行政訴訟法若干問題的解釋》都是程式法。而訴訟時效規定在《民法通則》第135條，《民法通則》是實體法。
（2）行政案件立案後，經過審查認為超過了起訴期限，會駁回原告的起訴，所用的法律文書是“裁定書”。民事案件立案後，經過審查認為超過了訴訟時效，會駁回原告的訴訟請求，所用的法律文書是“判決書”。
（3）超過起訴期限，當事人喪失的是提起訴訟的權利，即根本無權要求進入司法程式取得保護。超過訴訟時效，當事人有權利進入司法程式要求保護，但法律拒絕為其提供保護，即當事人喪失的是“勝訴權”。
中斷、中止、延長
兩者中斷、中止、延長的法律規定不同
（1）關於中斷
《民法通則》第140條規定：“訴訟時效因提起訴訟、當事人一方提出要求或者同意履行義務而中斷。從中斷時起，訴訟時效期間重新計算”可見訴訟時效可以多次中斷，多次重新計算訴訟時效期間。而對於起訴期限卻沒有這樣的規定，起訴期限也不可能因當事人向行政機關提出要求而重新計算。
（2）關於中止
《民法通則》第139條規定：“在訴訟期間最後6個月內，因不可抗力或者其他障礙不能行使請求權的訴訟時效中止，從中止時效的原因消除之日起，訴訟時效期間繼續計算”。
《關於執行行政訴訟法若干問題的解釋》第43條規定“由於不屬於起訴人自身的原因超過起訴期限的，被耽誤的時間不計算在起訴期間內。因人身自由受到限制不能提起訴訟的，被限制人身自由的時間不計算在起訴期間內”。這條規定雖然沒有明確是起訴期間的中止，但從本質上來說與訴訟時效的中止是一至的，只不過兩者有一個區別是，訴訟時效中止的原因發生在訴訟時效期間最後6個月內，才產生中止的法律效力。而關於起訴期限的規定沒有這樣的限制。
（3）關於延長
《民法通則》第137條規定：“……有特殊情況的，人民法院可以延長訴訟時效期間”第169條規定“權利人由於由於客觀的障礙在法定訴訟時效期間不能行使請求權的，屬於137條規定的‘特殊情況’”
《行政訴訟法》第40條規定：“公民、法人或其他組織因不可抗力或者其他特殊情況耽誤法定期限的，在障礙消除後的10日內，可以申請延長期限，由人民法院決定。” 《關於執行行政訴訟法若干問題的解釋》第43條規定“由於不屬於起訴人自身的原因超過起訴期限的，被耽誤的時間不計算在起訴期間內。因人身自由受到限制而不能提起訴訟的，被限制人身自由的時間不計算在起訴期間內”
期限長度不同
普通訴訟時效的長度是兩年。普通起訴期限是六個月
價值取向不同
法律具有秩序、效率、自由、公正等價值取向。訴訟時效在追求法律的秩序和效率價值的同時，更傾向於追求法律的自由和公正價值，即更傾向於最大限度的保護權利主體的相關權益。而起訴期限在追求法律自由和公正價值的同時，更傾向於追求法律的秩序和效率價值。即更傾向於維護行政管理秩序的穩定。
司法解釋
最高人民法院《關於執行行政訴訟法若干問題的解釋》第41條規定：“行政機關作出具體行政行為時，未告知公民法人或者其他組織訴權或起訴期限的，起訴期限從公民、法人或者其他組織知道或者應當知道訴權或者起訴期限之日起計算，但從知道或者應當知道具體行政行為內容之日起最長不得超過2年”；第42條規定：“公民、法人或者其他組織不知道行政機關作出的具體行政行為內容的，其起訴期限從知道或者應當知道該具體行政行為內容之日起計算。”
這兩條是關於行政訴訟的原告應當在什麼期限內起訴的規定。行政訴訟的原告既有可能是具體行政行為的行政相對人，也有可能是與具體行政行為有利害關係的非行政相對人。有的人認為不管是行政相對人還是非行政相對人，只要作為行政訴訟的原告，都應該適用41條和42條的規定。筆者認為不然。41條和42條雖然沒有明確規定應當適用的對象，但從兩條規定的內容來看，筆者認為41條只適用於行政相對人，而42條只適用於與具體行政行為有利害關係的非行政相對人。因為：
行政機關在作出行政行為之時有義務告知行政相對人行政行為的內容及相對人享有的訴權和起訴期限，而對於非行政相對人行政機關則沒有這樣的義務。41條規定：“行政機關作出具體行政行為時，未告知公民、法人或其他組織訴權和起訴期限的，……”。這一條是關於行政機關未告知相關權利就如何如何的規定，顯然是針對行政相對人的規定。如果將這一條適用於有利害關係的其他主體，我們將無法解釋下面這個問題：行政機關沒有義務告知除行政相對人外的任何人行政行為的內容，更沒有義務告知所謂的訴權和起訴期限，沒有義務就沒有責任，也就是說，即使沒有告訴也不承擔任何責任。但適用了41條後，行政機關就要承擔41條所規定的兩年的不利後果，這顯然與無義務就無責任的原則是相矛盾的。
對於非行政相對人提起訴訟時的訴訟期限的計算應當以《關於執行<行政訴訟法>若干問題的解釋》第42條的規定為依據。對於非行政相對人行政機關沒有告知其行政行為內容的義務更沒有告知其訴權和訴訟期限的義務，因此非行政相對人不存在一個知道訴權和起訴期限的問題。但如果非行政相對人知道了行政行為的內容且認為行政行為與其有法律上利害關係就可以在一定期限內提起訴訟。42條專門對此作了規定，即非行政相對人起訴期限的起算點從非行政相對人知道或應當知道行政行為內容時開始計算（不管其是否知道訴權或起訴期限）。而起訴期限應當遵循《行政訴訟法》第39條的規定即“應當在知道做出具體行政行為之日起3個月內”提起訴訟。
具體行政行為是由行政機關做出的對行政相對人實施管理的行為，依據法律規定行政機關必須採取措施讓相對人知道具體行政行為的內容，然後才能對相對人的權利義務產生影響，行政機關所實施的具體行政行為才是一個受法律認可的法律行為。如果行政機關沒有採取任何措施讓相對人知道其具體行政行為的內容，那么行政機關所作的行為就不是一個受到法律認可的法律行為，這一行為也不能對他人的權利義務造成任何影響，所謂的行政相對人也就不再是這一行為的相對人。也就是說這時的行政機關的具體行政行為根本就沒有成立，也不能對他人產生任何受法律認可的影響。因此，對於行政相對人來說不存在一個不知道行政行為內容的問題。
但42條是對不知具體行政行為內容的情況應當如何起訴作了規定，因此這一條是不適用予行政相對人的。如果行政機關作出了一定的行為，且沒有將其行為內容告知任何人，但一些公民、法人或其他組織的權益受到了行政機關所謂的具體行政行為的實際損害又當如何呢？筆者認為，公民、法人或其他組織應當提起的是民事上的侵權訴訟，而不應該是行政訴訟。因為對於權益受損害者來說，這時行政機關的行為不是一個行使管理許可權的法律行為，而是一個不應當產生任何法律後果的事實行為。所產生的損害後果不是依法律而產生的，所以應當予以彌補恢復原狀。
起訴期滿，已成為自然債，法律不再保護。
