按核算管理的資金類型分，我國設立的財政專戶主要包括四類：即專項支出財政專戶、社會保險基金財政專戶、非稅收入收繳財政專戶、外國政府和國際金融組織貸款贈款財政專戶。按照規定，設立財政專戶需有國務院及其財政部門、省級人民政府及其財政部門正式檔案作為依據 。社會保險基金財政專戶則是依據《社會保險法》設立的。
專項支出財政專戶主要是為滿足從公共預算等預算安排並按規定實行專戶管理的專項資金核算管理需要，以及滿足代管資金需要等設立的。目前，專項支出專戶資金來源主要包括：一是從國庫單一賬戶撥入。例如，《國務院關於印發<糧食風險基金實施意見>的通知》（國發[1994]31號）規定的糧食風險基金、《退耕還林條例》（國務院令第367號）規定的退耕還林資金等，均從國庫單一賬戶撥入糧食風險基金專戶、退耕還林資金專戶等管理，專門用於支付國家儲備糧油的利息費用、退耕還林糧食補助等；又如，用於開展國庫現金管理的資金，從國庫單一賬戶撥入國庫現金管理專戶，採用定期存款方式存儲，在存款到期後，將本息全部轉回國庫單一賬戶；二是從預算單位轉入。一些地方為加強預算單位資金管理，取消了預算單位實有 資金賬戶，把預算單位資金轉入相應財政專戶管理，支出時根據預算單位申請支付到最終收款人；三是繳款人上繳。例如，《國務院辦公廳關於加強汶川地震抗震救災捐贈款物管理使用的通知》（國辦發[2008]39號）規定，繳款人向民政部門捐贈的汶川地震抗震救災資金，納入救災捐贈資金專戶管理，支出時根據資金指定用途和相關部門申請支付到最終收款人。
社會保險基金財政專戶主要是為滿足基本養老保險基金、基本醫療保險基金等各類社會保險基金核算管理需要設立的。社保專戶資金來源主要包括：一是從國庫單一賬戶撥入。例如，預算安排的社會保險基金財政補助資金，從國庫單一賬戶撥入社保專戶。二是社會保險費徵收機構轉入。例如，稅務機關或社會保險經辦機構徵收的社會保險繳費收入，要及時轉入社保專戶。三是社會保險基金保值增值收入。例如，利用社會保險基金財政專戶結餘資金定期存款獲得的本息收入或購買國債兌付的本息收入，要全部轉入社保專戶。社保專戶資金支出根據社保等相關部門的申請，通過社保經辦機構支付給個人或醫療機構等相關單位。
非稅收入收繳財政專戶主要是為滿足廣大繳款人繳納款項和執收單位核對賬務需要設立的。由於傳統的向國庫經收處繳納非稅收入的做法不能提供繳款明細信息，無法滿足執收單位管理需要，也不方便繳款人繳款，為此，根據收入收繳改革方案，財政部門在非稅收入收繳代理銀行設立專戶，用於歸集各項非稅收入資金和匹配收繳信息（包括繳款人、執收單位、非稅收入項目、金額等）。非稅收入專戶資金主要來自繳款人繳款，在完成信息匹配並確認收入後，納入預算管理的資金要及時足額繳入國庫，實行“收支兩條線”；對教育收費 、彩票發行費 等按規定納入財政專戶管理的資金，則保留在財政專戶，支出時，從財政專戶撥付給預算單位。
外國政府和國際金融組織貸款贈款財政專戶主要是滿足國際貸贈款資金核算管理需要，根據貸贈款方要求開設，原則上一個項目開設一個賬戶。由於在人民銀行開設的國庫單一賬戶只能核算人民幣資金，財政部門接受的外幣貸贈款資金，以及用於償還貸款的外幣資金，按照現行外匯資金管理規定，只能在商業銀行開設賬戶進行管理。國際貸贈款專戶資金來源主要包括外國政府和國際金融組織提供的貸款和贈款，如世界銀行提供的衛生項目貸款、英國政府提供的中國結核病控制項目贈款等，資金支出時按照外國政府和國際金融組織貸款贈款管理辦法等有關規定，根據用款單位申請支付給最終收款人。
此外，過去為了對預算外資金收支統一核算和集中管理，《預算外資金管理實施辦法》規定預算外資金由財政部門建立統一財政專戶，實行收支兩條線管理 。但在2010年預算外資金納入預算管理以後 ，預算外資金財政專戶也已經取消，隨著預算外資金一同成為了歷史。
