早年生涯
馬比雍生於阿登省的聖皮埃爾蒙特的一個農民家庭。9歲被送到身為神父的叔叔家，叔叔資助他繼續求學。馬比雍12歲進入蘭斯的Bons Enfants學院（意為“好孩子”）讀書。1650年進入教區的神學院。三年之後因為叔叔的醜聞和去世，他離開了神學院，不久進入蘭斯聖蘭米修道院，成了一名莫爾派修士。苦行、學習和研究損害了他的健康。1656年他被導師派遣到Nogent的修道院，在這裡讀了大量的古代文獻。1658年到本篤會著名的考比修道院修養。1660年他在亞眠地區擔任牧師，當地平靜的生活讓他恢復了健康。1663年他到了巴黎附近的聖德尼聖殿擔任司庫[1]。
此時他在古文獻方面的才能已然顯現，在盧克·達歇里的要求下，他被調入巴黎的聖日耳曼德佩修道院這座本篤會的重要修道院和學術中心，研究中世紀文稿與歷史的著名學者常會在達歇里處聚會討論。在接下來的三年中，他編輯了聖伯爾納鐸的著作全集，於1667年出版，還在1690-1701年間進行了修訂，這部全集一直到20世紀中葉仍然被認為是標準版本。同時他協助長期研究中世紀手稿的盧克·達歇里蒐集和整理本篤派聖徒的生平事跡，1668年-1701年間出版了九卷本的本篤派使徒行傳，其中的評論部分多出自他之手[2]。
古文獻學爭論
耶穌會學者讓·博蘭德（1596-1665）在編撰鴻篇巨製《聖徒行傳》時組織了由古代文獻學者組成的編纂團體，他們致力於清理史料，確定哪部分聖徒事跡較為可靠真實，哪部分則是虛妄的傳說，這些人被稱為博蘭德學派。1675年，博蘭德學派的領袖，文獻學者丹尼爾·丕皮布羅奇撰寫了《古文獻真偽辨異序》認為某些本篤修道院的地契和墨洛溫王朝的特許狀是假的，引發了本篤會和耶穌會間的文獻學辨偽方法爭論。
本篤會公推馬比雍撰文反擊。馬比雍準備了六年時間，發表了分為六章的《古文獻學論》(1681年，1704年為了回應質疑，進行了補充)。通過自己二十年來研究不同種類的中世紀文獻和手稿的經驗。提出了古代文獻研究和辨偽的一般規則。馬比雍認為要研究古代文獻，必須仔細檢查他們的手跡、種類、封印、簽名、聲明和其他內在與外在因素，主張通過對照筆記和作者遣詞造句的風格，輔助以詢問其他文獻學者的觀點來鑑定文稿的真偽。
馬比雍寫道： “我並不否認某些文獻是偽造的，某些文獻被竄改過這一事實，但不應因為它們是偽造或是被竄改過就對其嗤之以鼻。相反，它們對於建立和留給後世一些區分文獻真偽的準則是很有必要的……在長期熟悉了這些文獻，每天都和他們打交道之後，我承擔起了這項任務。大約二十年來，我的時間與精力都投入在閱讀和考證古代的手稿、文檔和古代文獻選集上……我將它們和互相比對、權衡輕重，我也許能提出一些準則，這些準則並非源於自以為是和倉促杜撰，而是在這個以前沒有人研究的領域裡精確和經受了考驗的。”
馬比雍在書中的第一、二卷提出辨偽的普遍原則之後，在三到六卷中列舉了大量古代文稿實例來證實提出的原則的可靠性，也回擊了對於本篤會特許狀的質疑。丹尼爾·范丕皮布羅奇看到馬比雍的觀點之後，寫信表示了自己的折服，認為馬比雍提出的辨偽準則非常有價值。後世史家認為這本書標誌著古文獻學的創立，是一個真正偉大的成就，他本人也被認為是偉大的歷史學家。
晚年
馬比雍墓碑
這本書也讓法國財政大臣讓-巴普蒂斯特·柯爾貝爾注意到了馬比雍。他授予馬比雍一份津貼，但馬比雍拒絕了。不久在柯爾貝爾的支持下，馬比雍前往勃艮第（1682），瑞士、奧地利和德國（1683）尋找中世紀手稿和書籍進行禮拜儀式史和本篤會歷史的研究。柯爾貝爾的繼任者，蘭斯主教梯里爾也同樣欽佩馬比雍的才華，繼續支持他的蒐集文獻的事業。在他的建議下，馬比雍於1685年被路易十四派往義大利，蒐集古代手稿來豐富王家圖書館的館藏。此行馬比雍購回了大約3000篇手稿。
馬比雍晚年也遇到了一些爭議，他所在修道院中文化程度較低的僧侶就認為他編輯聖徒行傳過於學術化。而特拉普修道院的修士，特拉普隱修會創始人德·漢西批評他把全部精力都投入了研究中，違背了修士應致力於動手勞作的宗旨。1691年馬比雍撰寫《論修行中的研究》一書自辯，德·漢西也撰文回應。後來在勒·加繆樞機的調節下雙方和解。1698年他撰文抨擊了對墓穴中發現的“不為人知的聖徒“的遺物迷信崇拜，引起了爭議。1700年莫爾派決定出版帶評論的希波的奧古斯丁的著作。馬比雍為最後一卷寫了序言，寄給了雅克-貝尼格尼·波斯維特主教聽取他的看法，波斯維特作了大量的修改，並希望馬比雍重寫。馬比雍重寫的序言發表後招致了冉森主義者的抨擊，但教廷支持馬比雍的觀點。
1701年馬比雍被選入法蘭西文學院。1703年他傾注了十年心血的歷史考證著作《本篤派年鑑》開始出版。1707年馬比雍在前往徹里斯修道院的路上發病，三周后去世，葬於聖日耳曼德佩修道院。
身後
1798年法國革命中，聖日耳曼德佩修道院的女士小教堂被拆毀，讓·馬比雍的簡樸墓碑也被移走。後來又被重新移回聖日耳曼德佩修道院，至今仍位於修道院祭壇的後方。巴黎捷運的馬比雍站是以他命名。在《玫瑰的名字》這部小說中翁貝托·埃可虛構說小說的原手稿是讓·馬比雍在梅爾克修道院首先發現的。
