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小昭寺主樓三層，底層分門庭、經堂、佛殿三部分，周圍是轉經廊道，廊壁上遍繪無量壽佛像。頂層是漢式金瓦，金光閃閃，凌空摩天，拉薩各個方位均能看到，蔚為壯觀。小昭寺創建於公元七世紀中葉，香火延綿已逾千年。相傳文成公主入藏時帶了一尊釋迦牟尼十二歲等身赤金像，行至現在的小昭寺時，木車陷入沙地中。公主通過歷算，決定把釋迦牟尼佛像安放此處供奉，遂建小昭寺。這座寺廟由文成公主主持修建，與大昭寺同時開工，同時告竣，同時開光；大門朝東，以寄託這位公主對家鄉父母的思念。
小昭寺主神殿原來主供文成公主從長安帶來的釋迦牟尼佛像，大昭寺主神殿原來主供尼泊爾公主從加德滿都帶來的釋迦牟尼佛像，後來兩座佛像換了位。根據五世達賴喇嘛所著的《大昭寺目錄》等書記載：小昭寺最早主供佛像是文成公主帶來的釋迦牟尼佛像。松贊乾布逝世後，遵照文成公主的旨意，大昭寺和小昭寺釋迦牟尼佛像進行了對換，把尼泊爾公主帶來的釋迦牟尼佛像作為主聖供在小昭寺。
著名的拉薩上密院，也設在小昭寺內，這是格魯派僧人研讀佛經頗有成績的喇嘛進一步深造、修習密乘的地方，上密院堪布兼任小昭寺主持。
小昭寺也位於拉薩老城區距大昭寺不過1公理左右，圍繞小昭寺也有一條藏式街道，但由於主要出售居民的日常用品而未行成像八廓街一樣著名的街道。
小昭寺內供奉的釋迦牟尼佛為佛陀12歲時之等身像，是文成公主由長安攜帶進藏，成為西藏最珍貴的歷史文物，後移至大昭寺，又將公主攜帶的另一個尊佛移至小昭寺。
小昭寺與大昭寺為同期修建，據說是文成公主入蕃時，從內地召來建築師修建的，所以小昭寺的早期建築系仿漢唐風格。後幾經火焚，現存的小昭寺為晚期作品，是黃教格魯派上密院的修法之地。
