存在問題
行政首長負責制導致行政效率不高
現在，政令不通，上行下不效，行政效率不高是一種比較普遍的現象。 比如治理礦難，中央政府下的力度不可謂不大，除了人大通過《安全生產法》，國務院還制定了大量法規，下發了許多關於整頓和檢查的通知，但礦難仍有增無減。 廣東 大興礦難後，國務院又下發了限令在煤礦投資入股的公務員一個月內撤資的通知，如今限期已過，卻並未見顯著成效。在治理礦難方面如此，在其它方面，如兌付農民工被欠工資，治理環境污染，教育亂收費，舉凡實行行政首長負責制的重大問題，大抵如此。這是為什麼？
問題的出現當然有多種原因，如不正之風的蔓延，幹部素質不高，行政不作為盛行，而原因之一則出在行政首長負責制本身。
行政首長負責制本沒有錯，全世界絕大多數國家都是實行這種管理體制，但在中國則不然。一是從《憲法》角度講，中國是 中國共產黨領導下的 多黨合作制， 地方政府都在黨委領導下工作；二是從《黨章》角度講，地方黨委集體決定重大問題，行政首長雖身兼黨委副書記，也只有一票的權力；三是實際工作中，地方黨委書記擁有重大問題的最後決定權，可以說，沒有他的點頭，行政首長在許多重大問題上是作不了決定的。
還是以礦難治理為例。要大力宣傳中央政府關於治理礦難的的方針政策，必須動用媒體，而媒體由宣傳部管理，宣傳部屬黨委系列，“行政首長”理論上無權領導；查處幹部違紀是紀委的職責，而地方黨委的紀委書記與“行政首長”同為地方黨委副書記；查處幹部違法的檢察院與法院和地方政府同屬“一府兩院”，均由 人民代表大會選舉產生，“行政首長”不能指揮“兩院”院長，何況中間還夾著個政法委；“行政首長”要撤換不合格的領導幹部，任用自以為合格的幹部，也不那么容易，因為那怕是某廳[局，科]的副職，也要經組織部門辦好考核等事宜，經管理組織工作的副書記與黨委書記“小範圍”討論後交常委會決定。在這樣的體制下，“行政首長”最可能的狀態是勤勤懇懇，搞好上傳下達，迎送吃請，匯報請示，使整個重大問題的處理陷於空轉，使行政首長負責制流於形式。
解決上述問題的辦法，是實行地方黨委書記兼任同級行政首長的制度。
完善行政首長負責制
1、正確界定行政首長負責制的“負責”內涵.我國理論界對行政首長負責制的認識逐漸深入，但對這一行政領導制度中的核心內容“負責”的涵義至今也未曾予以明確界定。責任應該包括兩層第一層是政治責任它是指行政首長由於行使行政權不當而引起政治後果，依照憲法應承擔的責任。第二層是法律責任它是指行政首長的行為違反了法律的規定，依法應承擔的責任，包括行政責任、民事責任、刑事責任。
2、理順行政首長個人負責與黨的領導關係。首先，堅持黨的領導是完善行政首長負責制的保障。具體到行政首長負責制的實踐，那就是：（1）黨主要是通過權力機關， 把黨的路線、方針、政策形成決議，交予行政首長執行；（2 ）黨主要是對行政工作的路線、方針、政策的領導，對於具體的行政執行事務，全部由行政首長依法處理；（3 ）黨通過向權力機關推薦行政首長候選人，將素質好、水平高、政治立場堅定的黨員推薦到行政首長的領導崗位上；（4）黨對行政首長執行黨的路線、方針、 政策的效能情況實施政黨監督，向權力機關提出建議，這是完善首長負責制與堅持黨的領導的統一體。其次，進一步完善行政首長負責制就必須不斷改善黨的領導。應該做到黨對 行政事務不包辦代替，不干預插手，通過政治組織領導去實現黨對行政機關的領導。
3、健全對行政首長的法律監督機制。黨內監督存在的突出問題表現為：監督機制不順暢，紀委權力來源、依附於同級黨委，很難履行對同級黨委及其領導成員的監督制約；監督重點不明確，多為對下級監督，沒有形成以領導幹部為重點的監督機制；黨的民主生活會制度不能堅持，沒有形成有效的上下結合的黨內民主監督機制。監督的不完善是導致行政首長負責制在實施過程中產生不少問題的重要原因。
