1956年8月於九華鎮小馬橋村創辦，原為單軌初級中學。1960年升格為縣屬完中。1963年，為貫徹、落實中共中央“調整、鞏固、充實、提高”的八字方針，保留完中體制，高中停辦5年。1968年恢復高中建制。1990年，有國中6個班，高中11個班，學生1100多人，教職工90人。2000年5月升格為南通市重點中學。同年8月，合併了原白雁橋中學，以之為薛窯中學分部。
如皋市薛窯中學地處世界長壽養生福地、中國花木盆景之都、江蘇歷史文化名城的如皋南大門，位於揚子北岸，是集南通市模範學校、南通市德育先進、南通市校園建設先進單位等多種榮譽為一體的現代化重點中學。校園布局合理，樓群輝映，松柏蒼翠，紫藤搖曳，石雕與曲廊顧盼，紅花與綠草相映，處處有勝境，四季皆如春。
五十多年風雨歲月，幾代園丁辛勤澆灌，薛中這棵桃李樹已根深葉茂，碩果纍纍。先後培養出了許多資深學者、著名專家、教授、企業家和政壇要人，每年向國家輸送一大批合格的大學生。如今的薛窯中學堅持"用先進的教育理念引領人，用和諧的校園文化薰陶人，用持續的一流質量激勵人，用實用的科研成果提升人，用豐富的實踐活動鍛造人"的辦學思想，已逐步建立起一套行之有效、獨具特色的科學管理機制，形成了“信誠 超越 和諧 至善”的校風，“修德 愛生 精業 樹人”的教風，“三思 敏學 樂群 成器 ”的學風。教育教學水平穩步提高，成為莘莘學子嚮往的知識殿堂。
近年來，學校不斷加大基礎設施投入力度，繼珠聯璧合的教學大樓、別具神韻的實驗大樓、洋溢著家庭溫馨的三幢學生公寓樓之後，學校又新建了能容納4000多人同時就餐的學生餐廳大樓以及集超前性、藝術性、實用性於一體的綜合樓等。
附：【原白雁橋中學1949年2月於營防鄉李三圩創設如皋私立勵志補習班，是中國共產黨最早在如皋創辦的學校之一。1949年9月遷址於下原鎮白雁橋村，稱私立濱江中學。1952年改為縣立白雁橋初級中學。1969年設高中部，1985年改為縣屬完中。1990年有國中6個班、高中9個班，學生800多人、教職工78人。2000年合併給如皋市薛窯中學。】
